From mutations to disease mechanism in rett syndrome, breast cancer, and congenital hypothyroidism
Rett sendromu, meme kanseri, ve konjenital hipotiroidizmde mutasyonlardan hastalık mekanizmasına
- Tez No: 232131
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESRA BATTALOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 187
Özet
Rett Sendromu' nun (RTT) genetik temeli toplam 71 hastada incelendi. Kesin klinik tanı alan hastaların yüzde 68.2'sinde heterojen dağılım gösteren ve hastalığa neden olduğu bilinen MECP2 gen mutasyonları tanımlanırken, ayırımcı tanı amacıyla yönlendirilen hastaların sadece yüzde 12.5'inde mutasyon belirlendi. Atipik RTT olgularında, ilk defa, gen duplikasyon mutasyonlarının hastalığa neden olabileceği gösterildi. Hastalık şiddeti skorları ile mutasyonların tipi ve konumlarının, ve XCI paterninin karşılaştırılması temeline dayanan genotip/fenotip korelasyonu gerçekleştirildi. Bulgular istatiksel olarak anlamlı bir korelasyonu göstermedi. Ayrıca bilinen tüm MECP2 gen mutasyonlarının yüzde 65'ini oluşturan ve en sık görülen yedi mutasyonun tanımlanması amacıyla yeni bir multipleks amplifikasyon refrakter mutasyon tanımlama sistemi (ARMS) geliştirildi ve geçerliliği sınandı. Bunun yanı sıra, DNA konsantrasyonunun, MECP2 ekson düzenleme bozukluklarının belirlenmesinde kullanılan SYBER yeşili boya-bazlı Gerçek Zamanlı PCR analizinin güvenilirliği ve tekrarlanabilirliği üzerindeki etkisi irdelendi. Ekson kopya sayısının belirlenmesi çalışmalarında, DNA miktarının 1-50 ng aralığında olduğu durumlarda Gerçek Zamanlı PCR analizinin güvenilir sonuçlar verdiği gösterildi.Analiz edilen tümör dokularında hHR23A gen hipermetilasyonu, hHR23B geninde korunmuş metilasyon motifleri ve transkripsiyon bağlanma bölgelerinde metilasyon belirlenmiştir. Bilgimiz dahilinde, hHR23 genlerinin metilasyonunun meme kanseri oluşumunda yer alabileceğini gösteren ilk çalışmadır.Konjenital hipotiroidizm hastasında TTF2 mutasyonu berirlenmesi ve işlevsel analizler TTF2 mutasyonlarının normal insan tiroid organogenezinde rol alan hedef genler üzerindeki farklı etkilerine işaret eden özgün kanıt sağladı. Ayrıca incelenen hasta plazma kolin esteraz yetersizliği gösteren ilk konjenital hipotiroidizm olgusudur.
Özet (Çeviri)
Genetic analysis of 71 Rett Syndrome patients revealed that MECP2 mutations were present in 68.2% of a clinically well defined group and only in 12.5% of patients with a heterogeneous phenotype. For the first time, we identified gene duplications as causative mutations in atypical RTT females. Genotype/phenotype correlation for the patients with mutations did not reveal a statistically significant correlation. Additionally, we developed a novel multiplexed ARMS assay for identification of seven common mutations accounting for almost 65 per cent of all MECP2 gene mutations. Furthermore, we showed that Real Time PCR analysis was reliable for determination of the exon copy number if the DNA amount is in range of 1-50 ng.Hypermethylation of hHR23A gene and the presence of methylated conserved motifs and transcription binding sites in hHR23B gene were observed in breast tumor tissues. To our knowledge, this is the first study suggesting the involvement of hHR23 gene methylation in breast carcinogenesis.Identification of a TTF2 mutation in a patient with Congenital Hypothyroidism and its functional study provided evidence for differential effects of TTF2 mutations on downstream target genes required for thyroid organogenesis. Additionally, our patient was the first case with CH that suffered plasma cholinesterase deficiency.
Benzer Tezler
- In silico identification of candidate MECP2 targets and quantitative analysis in Rett syndrome
MECP2 hedef genlerinin in silico tanımlanması ve Rett sendromunda niceliksel analizi
ONUR EMRE ONAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- Rett sendromu veri analizi için in silico beyin yolakları ağ modeli
In silico network model of brain pathways for rett syndrome data analysis
YUSUF ÇAĞLAR ODABAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoistatistikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YEŞİL ÇELİKTAŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ YASİN KAYMAZ
- Molecular consequences of elastin gene mutations in autosomal dominant cutis laxa and supravalvular aortic stenosis
Otozomal dominant kutis laksa ve supravalvüler aort stenozu'nda elastin gen mutasyonlarının moleküler sonuçları
SEVİNÇ AKÇAY
- A novel structural protein-protein interaction network model: Its applications on drug off-target prediction and genotype-phenotype linkage
Yeni bir yapısal protein-protein etkileşimi ağ modeli: Bu modelin ilaç uzak-hedeflerinin tahmininde ve genotip-fenotip bağlantısı kurmaktaki uygulamaları
HATİCE BİLLUR ENGİN ARAS
Doktora
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Analysis of the effect of novel PKC isozymes on autophagy and utilization of nanoparticles as a new therapeutic approach for gaucher disease
PKC izozimlerinin otofaji üzerindeki etkisinin analiz edilmesi ve gaucher hastalığı için yeni bir tedavi yaklaşımı olarak nanoparçacıkların kullanılması
ÖZLEM YEDİER
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM KUTLU