Genetic analysis in three inherited disorders
Üç kalıtsal hastalıkta genetik analiz
- Tez No: 232457
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Kalıtsal bir hastalıktan sorumlu genin genomdaki yeri genetik bağlantı analizi ile saptanabilir. Bu amaç için, önce alellerin hastalıkla ayrışımını ve çapraz-atlamaları belirlemek amacıyla aile fertleri polimorfik belirteçler kullanarak genotiplenir. Genotipleme sonuçları kullanılarak da hastalık lokusu haritalanır. Bu bağlamda, öncelikle genom çapında bir tarama ile aleller belirlenir. Bağlantı programları kullanılarak olası lokuslar saptanır ve sık aralıklı belirteçler ile irdelenir. Hastalık lokusunun bulunmasından sonra, aday gen yaklaşımı ile hastalığa yol açan gen kusuru ve dolayısıyla hastalıktan sorumlu gen bulunur.Bu çalışmada üç kalıtsal hastalık üzerine genetik inceleme gerçekleştirildi. Fokal dermal hipoplasi (FDH) deri, iskelet, göz, ağız ve yumuşak doku bozuklukları gösterir. X-kromozomu geçişli olması nedeniyle, tüm genom taraması gerekmedi ve yalnızca X-kromozomunun taranması yeterli oldu. Bulunan gen lokusu ince haritalanarak daraltıldı. Bu lokusta aday gen yaklaşımı için çok fazla gen bulunuyordu. Bu sırada, genlerden birinin, PORCN, FDH'a sebep olduğu rapor edildi. Gen ailede taranarak mutasyon arandı. Bir mutasyon bulunamadı, fakat hastalarda gen anlatımının düşük olduğu belirlendi.Otozomal çekinik mikrohidranensefalide (MHAC), mikrosefali ve hidranensefalinin nadir birlikteliği doğuştan görülür. Hastalık geni 16p13.13-p12.2 lokusuna haritalanmıştır. Aday gen yaklaşımı ile lokustaki genlerden üçü incelendi ve NDE1 geninde delesyon (c.1-3548_83+644del) bulundu.Akraba evliliği olmayan bir ailede beyin tümörlerinin sık görülmesi tümör oluşumuna ailesel yatkınlığı düşündürdü. Genetik bağlantı analizi sonucunda hastalık bir lokusla ilişkilendirildi, ama penetrans değerinin belirlenemez oluşu nedeniyle kesin bir sonuç elde edilemedi.
Özet (Çeviri)
Genes responsible for inherited disorders can be localized on the genome by genetic linkage analysis. Mapping of a disease locus is accomplished by genotyping the family members with polymorphic markers in order to identify crossovers and observe allele segregation with the disease. Initially, a whole-genome scan is conducted to identify genotypes. Possible loci are determined using linkage programs and then further investigated by fine-mapping using densely spaced markers. After finding the disease locus, candidate gene approach is applied to identify the causative defect and thus the gene responsible for the disease.In this study genetic investigation was performed on three hereditary diseases. Focal dermal hypoplasia (FDH) commonly manifests with dermal, skeletal, ocular, oral and soft tissue abnormalities. X-linked inheritance of the disorder allowed omitting the genome scan in favor of a dense mapping of the X chromosome. The locus found was narrowed down by fine mapping. The number of genes residing at the identified gene locus was too large to allow a simple search for the disease gene. At that time, a gene at the locus, PORCN, was reported to be the disease gene, so it was screened for mutations in the family studied. No mutation was found; however, gene expression in patients was found reduced.Autosomal recessive microhydranencephaly (MHAC) is congenital and refers to the rare co-occurrence of microcephaly and hydranencephaly, with gene locus at chromosome 16p13.13-p12.2. We applied candidate gene approach and analyzed three genes at the locus and found a deletion (c.1-3548_83+644del) in NDE1.Frequent occurrence of brain tumors was observed in a non-consanguineous family, indicating familial inheritance. Genetic linkage analysis performed related the condition to a locus; however, the results were inconclusive as the penetrance value of the condition was unascertainable.
Benzer Tezler
- Linkage analysis and candidate gene approach in three disorders
Üç hastalıkta bağlantı analizi ve aday gen yaklaşımı
YEŞERİN YILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
- Mitokondriyal yağ asidi oksidasyon bozukluğu olan 72 hastanın geriye dönük değerlendirilmesi: 32 yıllık deneyim
Retrospective evaluation of 72 patients with mitochondrial fatty acid oxidation disorders: 32 years of experience.
FIDAN AHMADOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL TOKATLI
- Gene hunt in four inherited diseases
Dört kalıtsal hastalıkta gen arama
MURAT ÇETİNKAYA
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- SNP mikroarray yöntemi ile kalıtsal metabolik hastalıklardan sorumlu genlerin tanımlanması
Identification of disease-causing genes in inherited metabolic diseases by SNP microarray method
MERVE EKŞİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİDEM YÜCEL YILMAZ