SNP mikroarray yöntemi ile kalıtsal metabolik hastalıklardan sorumlu genlerin tanımlanması
Identification of disease-causing genes in inherited metabolic diseases by SNP microarray method
- Tez No: 563706
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DİDEM YÜCEL YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Genetik haritalama, kalıtsal metabolik hastalıklar, mikroarray, SNP, Homozygosity mapping, inherited metabolic disease, microarray, SNP
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Kalıtsal metabolik hastalıklar protein, karbonhidrat ve yağ asitlerinin sentez ya da yıkım yolaklarındaki bozukluklar sonucu ortaya çıkan kalıtsal tek gen bozukluklarıdır. Bu çalışmada, kompleks fenotip sergileyen ayrıntılı klinik ve laboratuar çalışması yapılmış ve otozomal çekinik kalıtım modeli gösteren metabolik/nörometabolik hastalık sahibi altı ailede genom boyu genotiplendirme ve homozigotluk haritalaması analizleri ile hastalıktan sorumlu gen lokusunun bulunması ve bu lokuslarda yer alan aday genlerdeki hastalık nedeni olan mutasyonun saptanması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında genom boyu genotiplendirme için etkin bir metot olan Affymetrix 250K SNP Mikroarray yöntemi kullanılmış olup, otozomal çekinik kalıtım modeli esas alınarak yapılan haplotip analizleri sonucunda metabolik/nörometabolik hastalığı olan ailelerde C19orf70, CLN8, COA7, HIKESHI, MAG ve SNX14 genleri hastalıktan sorumlu aday genler olarak belirlenmiştir. Belirlenen aday genlerin tüm ekzonları otomatik DNA dizi analizi yöntemi ile mutasyonlar açısından taranmıştır. Mutasyon analizleri sonucunda, SNX14 geninde c.1108+1181_2108-2342del, C19orf70 geninde IVS3-2A>G, HIKESHI geninde ise c.160G>C;p.Val54Leu mutasyonları olmak üzere daha önce tanımlanmış üç mutasyon, CLN8 geninde ise yeni bir mutasyon c.221G>A;p.Gly74Asp mutasyonu saptanmıştır. Çalışma kapsamına alınan aileler, konvansiyonel metotlar ile (metabolit tarama, enzim analizleri, radyolojik incelemeler ya da tek gen mutasyon taramaları) bilinen metabolik/nörometabolik hastalıkların disiplinler arası ayrıntılı çalışmalar ile dışlandığı, tanı konulamamış hastalardır. Bu çalışma ile yüksek ölçekli SNP çipleri kullanılarak ailelerde hastalıklardan sorumlu lokus ve genler başarılı bir şekilde belirlenmiştir. Homozigotluk haritalama yöntemi, özellikle etkilenmiş bir ya da iki hasta çocuğun olduğu çekirdek ailelerde hastalıktan sorumlu genlerin bulunması bakımından oldukça etkin bir şekilde kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Inherited metabolic diseases are single gene disorders resulting from defects in the synthesis or degradation pathways of proteins, carbohydrates and fatty acids. In this study, it was aimed to find the genetic loci responsible for these diseases and identifying the disease causing mutations in candidate genes in this loci through genome-wide genotyping and homozygosity mapping analysis in six families with undiagnosed metabolic /neurometabolic disease by detailed clinical and laboratory studies showing genetic disease with autosomal recessive mode of inheritance. Affymetrix 250K SNP microarray, which is an effective method for genome-wide genotyping was used in the study; as a result of haplotype analyzes in the families based on autosomal recessive inheritance model, C19orf70, CLN8, COA7, HIKESHI, MAG and SNX14 genes were identified as candidate genes responsible for metabolic/neurometabolic diseases. All exons of identified candidate genes were screened for mutations by automated DNA sequencing method. The mutation analysis revealed three previously identified mutations: c.1108+1181_2108-2342del in the SNX14 gene, IVS3-2A>G in the C19orf70 gene, c.160G>C;p.Val54Leu in the HIKESHI gene and novel c.221G>A;p.Gly74Asp mutation in CLN8 gene. The families included in the study were undiagnosed patients, who were examined with detailed interdisciplinary study for known metabolic/neurometabolic diseases by conventional methods (metabolite screening, enzyme analysis, radiological examinations or single gene mutation screening). In this study, genetic locus and disease causing genes in these families were successfully identified using high-throughout SNP chips. The homozygosity mapping approach was used very efficiently to find genes responsible for diseases, especially in nuclear families with one or two affected children.
Benzer Tezler
- Kalıtsal retina dejenerasyonlarında DNA mikroarray yöntemiyle yüksek ölçekli genom taraması
High-throughput genome screening by DNA microarray in inherited retinal degenerations
DİDEM YÜCEL
Doktora
Türkçe
2010
GenetikHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
PROF. DR. AY ÖĞÜŞ
- Doğu anadolu bölgesinde hemolitik anemili çocuklarda glukoz 6 fosfat dehidrogenaz genindeki mutasyonların mikroarray sistemi ile tesbiti
Determination of G6PD gene mutations by microarray system in children with hemolytic anemia in east anatolia region.
HASAN DOĞAN
Doktora
Türkçe
2007
GenetikAtatürk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MEVLİT İKBAL
- Moleküler etiyolojisi aydınlatılamamış cinsiyet gelişim bozukluğu hastalarında mikroarray yöntemi ile kopya sayısı değişikliklerinin saptanması ve klinik varyasyonlarla ilişkilendirilmesi
Detection of copy number variations by microarray in disorders of sex development of unexplained molecular etiology and association with clinical findings
MURAT ÇAĞLAR KARATAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SAMİM ÖZEN
- Lösemi hastalarında mikroarray analizinin tanıya, risk sınıflamasına ve tedaviye katkısının araştırılması
The contribution of microarray analysis to diagnosis, risk classification, and treatment in leukemia patients
MUSTAFA OĞUZ ACAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikAnkara ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE ILGIN RUHİ
- Nöropsikiyatrik ilaç kullanımında yeni nesil dizileme yöntemi ile tanı paneli geliştirilmesi
The development of pharmacogenetics diagnostic panels with next generation sequencing methods in neuropsychatric drug use
NİGAR DUYGU TORLAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. FAHRİ AKBAŞ