Geri Dön

SNP mikroarray yöntemi ile kalıtsal metabolik hastalıklardan sorumlu genlerin tanımlanması

Identification of disease-causing genes in inherited metabolic diseases by SNP microarray method

PDF İndir

  1. Tez No: 563706
  2. Yazar: MERVE EKŞİ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DİDEM YÜCEL YILMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Genetik haritalama, kalıtsal metabolik hastalıklar, mikroarray, SNP, Homozygosity mapping, inherited metabolic disease, microarray, SNP
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 105

Özet

Kalıtsal metabolik hastalıklar protein, karbonhidrat ve yağ asitlerinin sentez ya da yıkım yolaklarındaki bozukluklar sonucu ortaya çıkan kalıtsal tek gen bozukluklarıdır. Bu çalışmada, kompleks fenotip sergileyen ayrıntılı klinik ve laboratuar çalışması yapılmış ve otozomal çekinik kalıtım modeli gösteren metabolik/nörometabolik hastalık sahibi altı ailede genom boyu genotiplendirme ve homozigotluk haritalaması analizleri ile hastalıktan sorumlu gen lokusunun bulunması ve bu lokuslarda yer alan aday genlerdeki hastalık nedeni olan mutasyonun saptanması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında genom boyu genotiplendirme için etkin bir metot olan Affymetrix 250K SNP Mikroarray yöntemi kullanılmış olup, otozomal çekinik kalıtım modeli esas alınarak yapılan haplotip analizleri sonucunda metabolik/nörometabolik hastalığı olan ailelerde C19orf70, CLN8, COA7, HIKESHI, MAG ve SNX14 genleri hastalıktan sorumlu aday genler olarak belirlenmiştir. Belirlenen aday genlerin tüm ekzonları otomatik DNA dizi analizi yöntemi ile mutasyonlar açısından taranmıştır. Mutasyon analizleri sonucunda, SNX14 geninde c.1108+1181_2108-2342del, C19orf70 geninde IVS3-2A>G, HIKESHI geninde ise c.160G>C;p.Val54Leu mutasyonları olmak üzere daha önce tanımlanmış üç mutasyon, CLN8 geninde ise yeni bir mutasyon c.221G>A;p.Gly74Asp mutasyonu saptanmıştır. Çalışma kapsamına alınan aileler, konvansiyonel metotlar ile (metabolit tarama, enzim analizleri, radyolojik incelemeler ya da tek gen mutasyon taramaları) bilinen metabolik/nörometabolik hastalıkların disiplinler arası ayrıntılı çalışmalar ile dışlandığı, tanı konulamamış hastalardır. Bu çalışma ile yüksek ölçekli SNP çipleri kullanılarak ailelerde hastalıklardan sorumlu lokus ve genler başarılı bir şekilde belirlenmiştir. Homozigotluk haritalama yöntemi, özellikle etkilenmiş bir ya da iki hasta çocuğun olduğu çekirdek ailelerde hastalıktan sorumlu genlerin bulunması bakımından oldukça etkin bir şekilde kullanılmıştır.

Özet (Çeviri)

Inherited metabolic diseases are single gene disorders resulting from defects in the synthesis or degradation pathways of proteins, carbohydrates and fatty acids. In this study, it was aimed to find the genetic loci responsible for these diseases and identifying the disease causing mutations in candidate genes in this loci through genome-wide genotyping and homozygosity mapping analysis in six families with undiagnosed metabolic /neurometabolic disease by detailed clinical and laboratory studies showing genetic disease with autosomal recessive mode of inheritance. Affymetrix 250K SNP microarray, which is an effective method for genome-wide genotyping was used in the study; as a result of haplotype analyzes in the families based on autosomal recessive inheritance model, C19orf70, CLN8, COA7, HIKESHI, MAG and SNX14 genes were identified as candidate genes responsible for metabolic/neurometabolic diseases. All exons of identified candidate genes were screened for mutations by automated DNA sequencing method. The mutation analysis revealed three previously identified mutations: c.1108+1181_2108-2342del in the SNX14 gene, IVS3-2A>G in the C19orf70 gene, c.160G>C;p.Val54Leu in the HIKESHI gene and novel c.221G>A;p.Gly74Asp mutation in CLN8 gene. The families included in the study were undiagnosed patients, who were examined with detailed interdisciplinary study for known metabolic/neurometabolic diseases by conventional methods (metabolite screening, enzyme analysis, radiological examinations or single gene mutation screening). In this study, genetic locus and disease causing genes in these families were successfully identified using high-throughout SNP chips. The homozygosity mapping approach was used very efficiently to find genes responsible for diseases, especially in nuclear families with one or two affected children.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    270333

    Kalıtsal retina dejenerasyonlarında DNA mikroarray yöntemiyle yüksek ölçekli genom taraması

    High-throughput genome screening by DNA microarray in inherited retinal degenerations

    DİDEM YÜCEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    GenetikHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL

    PROF. DR. AY ÖĞÜŞ

  2. Tez No

    196245

    Doğu anadolu bölgesinde hemolitik anemili çocuklarda glukoz 6 fosfat dehidrogenaz genindeki mutasyonların mikroarray sistemi ile tesbiti

    Determination of G6PD gene mutations by microarray system in children with hemolytic anemia in east anatolia region.

    HASAN DOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    GenetikAtatürk Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. MEVLİT İKBAL

  3. Tez No

    728662

    Moleküler etiyolojisi aydınlatılamamış cinsiyet gelişim bozukluğu hastalarında mikroarray yöntemi ile kopya sayısı değişikliklerinin saptanması ve klinik varyasyonlarla ilişkilendirilmesi

    Detection of copy number variations by microarray in disorders of sex development of unexplained molecular etiology and association with clinical findings

    MURAT ÇAĞLAR KARATAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SAMİM ÖZEN

  4. Tez No

    907147

    Lösemi hastalarında mikroarray analizinin tanıya, risk sınıflamasına ve tedaviye katkısının araştırılması

    The contribution of microarray analysis to diagnosis, risk classification, and treatment in leukemia patients

    MUSTAFA OĞUZ ACAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE ILGIN RUHİ

  5. Tez No

    513418

    Nöropsikiyatrik ilaç kullanımında yeni nesil dizileme yöntemi ile tanı paneli geliştirilmesi

    The development of pharmacogenetics diagnostic panels with next generation sequencing methods in neuropsychatric drug use

    NİGAR DUYGU TORLAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. FAHRİ AKBAŞ

Geri Dön