Gene hunt in four inherited diseases
Dört kalıtsal hastalıkta gen arama
- Tez No: 270390
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Genetik bağlantı analizi, belirli bir hastalıkla ilintili gen veya genleri saptamak için kullanılır. Hastalık bölgesinin belirlenmesi, mikrosatellit veya SNP belirteçleri alellerinin genotiplendirilmesi ve bunların ailedeki aktarımının incelenmesiyle mümkündür. Yoğun mikrosatellit belirteç haritaları ve genom çapında SNP taramalarının ulaşılabilirliği bu tarz çalışmaların önünü açmıştır. Bu çalışma çerçevesinde, dört kalıtsal hastalıkta genom tarama verileri parametrik bağlantı programları ve haplotip incelemeleri ile değerlendirilerek belirlenen anlamlı bölgeler ayrıntılı olarak haritalandırılmış ve aday genler incelemiştir.Otozomal Resesif Ataksi (ARA) kalıtımsal ataksilerin bir alt grubudur ve yavaş ilerleyen yürüyüş, el, göz hareketlerinde koordinasyonsuzluk ve konuşma bozukluğu ile tanımlanmaktadır. Çalışmaya iki ailede tümü akraba evliliğine doğmuş dokuz hasta dahil edilmiştir. Altı hastada Aprataxin geninde mutasyon bulunmuştur. Üç bilinen, üç hastada ise literatürde ilk kez tanımlanan missens mutasyonlar bulunmuştur. Diğer üç hastanın kliniklerinin tekrar değerlendirmesi, bu kişilerin hastalıklarının farklı olduğunu göstermiştir, ama bir gen bölgesi bulunamamıştır.Otozomal resesif Larsen Sendromu (LRS) büyük eklemlerdeki doğuştan çıkıklar ve yüz anomalileri ile tanımlanmaktadır. Çalışmada akraba evliliği yapmış olan yedi aile incelenmiştir. Dört ailede hastalık 17q25.3'e haritalandırılmış ve Calcium Activated Nucleotidase 1 geninde homozigot mutasyonlar bulunmuştur. Üç hastada bilinen bir mutasyon, bir ailede ilk kez tanımlanan bir mutasyon belirlenmiştir. Diğer üç ailede ise ortak bir aday bölge belirlenememiştir.Juvenil Parkinsonizm (JP), hareketlerde yavaşlama, katılık, dinlenme halinde titreme gibi klasik parkinson hastalığı belirtilerinin yanı sıra 40 yaşından önce başlaması ile karakterizedir. AK3L1 geninde bir homozigot missens değişim tüm hastalarda ve ayrıca ailedeki bir sağlıklı bireyde bulunmuştur. Toplumdan rastgele seçilen 130 kişide bu değişim bulunamamıştır. Ailede hastalığın ortaya çıkmasına etki eden veya değişimi homozigot olarak taşıyan bireyi koruyan ikinci bir bölge olduğunu düşünmekteyiz.Son olarak, otosomal resesif Doğuştan Serebellar Hipoplazi (CCLH) hastalığı akraba evliliği yapmış iki ailede çalışılmıştır. Hastalık ilerleme göstermeyen doğuştan serebellar ataksi, motor gelişim geriliği, koordinasyon bozukluğu, hipotonus ve beyinciğin gelişmemesi ile tanımlanmaktadır. Bir ailede hastalık bölgesi 6q16.1-22.1'e haritalandırılmıştır. Bölgede herhangi bir aday gen saptanamamıştır. Diğer ailede ise bu bölgeyle örtüşmeyen birçok aday bölge gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Genetic linkage analysis is applied to identify loci that harbor gene or genes associated with a disease. It is possible to map disease loci by observing alleles the segregation of microsatellite or SNP markers with the disease in families, it is possible to map disease loci. Availability of densely spaced microsatellite marker maps and genome-wide SNP scans have made such studies feasible. In the framework of this thesis, genome-wide linkage data were evaluated with parametric linkage analysis software and haplotype segregation studies for four inherited disorders. Furthermore, candidate loci identified were further investigated by fine-mapping and candidate gene approach.Autosomal Recessive Ataxia (ARA) is a subgroup of hereditary ataxias, and characterized by slowly progressive impaired coordination of gait, hands, eye movements and speech. Nine patients from two consanguineous families were included in the study. We found that Aprataxin gene was mutated in six patients. Three patients were homozygous for a known nonsense mutation, and three patients for a novel missense mutation. For the three remaining patients clinical reevaluation revealed that they were afflicted with another disease, but no responsible locus could be identified.Autosomal recessive Larsen Syndrome (LRS) is characterized by congenital large-joint dislocations and craniofacial abnormalities. Seven consanguineous families were analyzed. In four families disease was mapped to 17q25.3 and homozygous mutations were found in Calcium Activated Nucleotidase 1. Three patients had the same known missense mutation. In one family, a novel missense mutation was identified. No common candidate region could be defined for the remaining three families.Juvenile Parkinsonism (JP) is characterized by classical triad of parkinsonism signs, bradykinesia, rigidity and resting tremor and disease onset before the age of 40 years. A missense variant in AK3L1 was identified in homozygous state in all patients but also in a healthy individual in the family. This variant was not detected in any of the 130 control individuals. We propose that an undetermined second locus either contributes to the disease manifestation in patients or protects the homozygous healthy individual.Lastly, autosomal recessive Congenital Cerebellar Hypoplasia (CCLH), characterized by nonprogressive congenital cerebellar ataxia with mental retardation, delayed motor development, disturbed coordination, hypotonia and cerebellar Hypoplasia was studied in two families. In one of the families we mapped the disease to 6q16.1-22.1. No candidate gene could be defined in the region. In the other family, several candidate loci at other chromosomal regions were found.
Benzer Tezler
- Spor etiği bağlamında gen dopingi
Gene doping in the context of ethics in sports
SAİT TARAKÇIOĞLU
Doktora
Türkçe
2012
SporEge ÜniversitesiSporda Psiko-Sosyal Alanlar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİROL DOĞAN
- Su ve toprak örneklerinden biyoteknolojik potansiyele sahip bdellovibrio ve benzeri organizmaların izolasyonu ve filogenetik olarak tanımlanması
Isolation and phylogenetic identification of bdellovibrio and like organisms with biotechnological potential from water and soil samples
DİLEK ŞEKER
Doktora
Türkçe
2019
BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHMAN ÜSAME TAMER
- Bir gen modeli olarak nötral lipozomların bivalan metal iyonları ile birlikte kullanımının incelenmesi
Investigetion of the usage of neutral liposomes together with bivalent metal ions as a gene transfer model
FATMA FUNDA DEMİRSOY
- Gen kümeleme işleminin özdüzenleyici haritalar kullanılarak gen ekspresyonu, motif sıklık ve gen konum verilerinden faydalanılarak gerçekleştirimi
Clustering genes by using self-organizing maps together with gene expression, motif frequency and gene location data
ALPER ÖZDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SONGÜL ALBAYRAK
- Histon deasetilaz 8 özgül inhibitörlerin ın-vitro araştırılması
In vitro investigation of histone deacetylase 8 specific inhibitors
TENZİLE DENİZ ULUTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYAT ERDEM YURTER