Geri Dön

From genome scan to disease gene identification

Genom taramasından hastalık geni tanımlanmasına

  1. Tez No: 232499
  2. Yazar: SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ASLİ TOLUN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 145

Özet

Bu çalışmada, aşağıda ismi geçen beş kalıtımsal hastalığın genom ölçeğinde gerçekleştirilmiş olan tarama sonuçları kullanılmıştır. Bu sonuçlar parametrik bağlantı programları ile değerlendirilmiş, anlamlı bölgeler ayrıntılı olarak haritalanarak aday gen incelemeleri yapılmıştır.Yarık-El/Ayak Yapısal Bozukluğu (SHFM), el ve ayakların merkezi uzantılarını etkileyen gelişimsel bir bozukluktur. Yaptığımız bağlantı analizi sonucunda bu bozukluktan etkilenen aynı aileden 12 birey ile 1 asemptomatik bireyde kromozom 12q13.11-q13'te ortak yeni bir SHFM bölgesi tanımladık. Daha sonra aday gen çalışması ile WNT10b geninde homozigot olarak seyreden p.R332W mutasyonunu bulduk. SHFM fenotipinin ortaya çıkmasında ikinci bir bölgenin katkıda bulunduğunu veya baskılayıcı bir gen varyantın asemptomatik bireyde hastalığın ortaya çıkmasını engellediğini düşünmekteyiz. Bu çalışmamız WNT10b gen mutasyonunun el ve ayak gelişimini etkilediğini ve SHFM fenotipinin çekinik bir mutasyonla ilişkilendirilebileceğini gösteren ilk çalışma olarak kaydedilmiştir.Hipomiyelinizasyon ve Konjenital Katarakt çekinik geçişli bir beyaz madde hastalığıdır. Bu hastalığa DRCTNNB1A genindeki mutasyonların yol açtığı çalışmamız sürerken bildirildi. Çalışmamız kapsamında bulduğumuz bu gen içindeki büyük bir delesyonun tüm hastalarda katarakta neden olmadığını gösterdik.Koni ve Çubuk Distrofisinin çekinik geçişli bir çeşidini çalıştık. Çalışmamızda bu hastalık kromozom 17p13.2-p13.1'e haritalandı ve hastalık geninin retinaya özel Guanil Siklazı üreten GUCY2D geni olduğu gösterildi. Mutasyonun bulunduğu protein katalitik bölgesinde daha önce tanımlanan mutasyonlar çocukluk körlüğünün yaygın bir nedeni olan Leber'in konjenital amorozisi ile ilişkilendirilmişti. Çalıştığımız hastalarda gözlemlenen nispeten hafif fenotip, mutasyonun katalitik aktiviteyi tam olarak durdurmadığına veya fenotipin başka bölgeler tarafından da etkilendiğine işaret etmektedir.Son olarak, hipertansiyonla seyreden çekinik gecişli bir zeka geriliği türü ile dominant bir artrogriposis sendromu sırasıyla kromozom 7q21.3-q31.1 ve 13q31.3-q32.1'ye haritalandı.

Özet (Çeviri)

In the framework of this study, genome wide linkage scans of the following five inherited disorders were evaluated with parametric programs and suggestive loci were subsequently investigated with fine-mapping studies and candidate gene approach.Split-Hand/Foot Malformation (SHFM) affects the central rays of the autopod. We identified a novel SHFM locus at 12q13.11-q13 and a homozygous WNT10b mutation (p.R332W) in all affected individuals plus in an asymptomatic female. We propose that either a second locus contributes to the manifestation of SHFM phenotype or a suppressor locus prevented trait manifestation in the non-penetrant female. This is the first reported WNT10b mutation on the pathogenesis of limb development and recessive mutation in SHFM.Hypomyelination and congenital cataract is a recessive white matter disorder caused by mutations in gene DRCTNNB1A. Here we report a large intragenic deletion that does not lead to congenital cataract in all of the patients in an afflicted family.A novel form of recessive cone rod dystrophy was mapped to chromosome 17p13.2-p13.1, and the disease gene was identified as GUCY2D encoding the retinal guanylyl cyclase gene. The mutation (p.I949T) resided in the catalytic domain of the protein where other mutations had previously been associated with Leber congenital amaurosis, a common cause of childhood blindness. The milder phenotype observed in our patients implicate that either the mutation does not disturb the catalytic activity completely or modifier locus/loci interfere with the phenotype.Lastly, a recessive form of mental retardation and a dominant arthrogryposis syndrome were mapped to chromosomes 7q21.3-q31.1 and 13q31.3-q32.1, respectively.

Benzer Tezler

  1. Linkage analysis and candidate gene approach in three disorders

    Üç hastalıkta bağlantı analizi ve aday gen yaklaşımı

    YEŞERİN YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASLIHAN TOLUN

  2. Konya bölgesinde gestasyonel diabetes mellitus hastalarında panreatik β-hücre AYP-bağımlı potasyum kanal (katp) proteini kir6.2'yi şifreleyen KCNJ11 geninin taranması

    Screening of kcnj11 gene encoding kir6.2 that is pancreatic β-cell atp-dependent potassium channel (KATP) protein at patients with gestational diabetes mellitus in Konya region

    SEVGİ BOZKURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Tıbbi BiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HİLAL ARIKOĞLU

  3. Gelişimsel kalça displazisi ile ilişkili gen/ genlerin araştırılması

    Research of the gene/genes associated with developmental hip displasia

    KADRİ KARAER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    GenetikGazi Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. E. FERDA PERÇİN

    PROF. DR. A. NURTEN AKARSU

  4. Türkiye'de işitme kaybı segregasyonu gösteren ailelerde moleküler genetik çalışmalar

    Molecular genetic studies in Turkish families segregating hearing loss

    NEVRAH NAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Tıbbi BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. GÜVEN LÜLECİ

  5. Dispeptik Hastalardan Üretilen Helicobacter pylori Kökenlerinde Klaritromisin Direnç Nedeni Yeni Mutasyonlar ve Bunların Fenotipik Dirence Etkileri

    New Point Mutation Associated with Clarithromycin Resistance in Helicobacter pylori Strains İsolated From Dyspeptic Patients and Their Effects on Phenotypic Clarithromycin Resistance

    MERVE SAKLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEKİR SAMİ KOCAZEYBEK