Geri Dön

Investigation of heat stress-induced proteins of cold-adapted Pseudomonas marginalis using proteomic approach

Soğuğa uyum sağlamış Pseudomonas marginalis'in ısı etkisiyle tetiklenen proteinlerinin proteomik yaklaşımla araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 232974
  2. Yazar: ÇAĞDAŞ TAŞOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TALAT YALÇIN, YRD. DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Kimya, Biochemistry, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

Sıcaklık değişimi tüm canlı organizmaların karşılaştığı ve uyum sağlayıp yaşamlarını sürdürmeleri için ısı stresi ya da ısı şoku proteinleri olarak adlandırılan, evrimsel süreçte iyi korunmuş özel proteinleri üreterek karşılık verdiği yaygın çevresel bir stres koşuludur. Bu çalışmada, soğuğa uyum sağlamış Pseudomonas marginalis bakteri ırkı hücrelerindeki ısı stresi proteinlerinin tetiklenmesi proteomik yaklaşımla araştırılmıştır. Bakteri için en elverişli büyüme sıcaklığının belirlenmesi amacıyla 5, 10, 15, 24 ve 30?C olmak üzere beş farklı sıcaklık test edilmiştir. Bunun sonucunda, 15?C en elverişli büyüme sıcaklığı olarak gözlemlenirken 30?C ısı stresi sıcaklığı olarak saptanmıştır. Büyümenin geç logaritmik evresindeki Pseudomonas marginalis hücrelerindeki toplam protein izole edilmiş ve iki boyutlu poliakrilamit jel elektroforezi ile ayrıştırılmıştır. 15?C için 1391, 30?C için 1384 protein spotu görüntülenmiştir. Kontrol örneği (15?C) ile karşılaştırıldığında, ısı stresine (30?C) maruz bırakılmış hücrelerdeki 13 farklı protein spotu jelden kesilmiş ve jel içinde parçalama metodu ile peptitlerine parçalanmıştır. Son olarak, bu proteinler sıvı kromatografisi-tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) ve veritabanı taraması ile tanımlanmıştır. Bunların arasından ribozom geridönüşüm faktörü, evrensel stres protein ailesi ve şaperonin GroEL, ısı stresinin doğrudan algılayıcıları olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu iki ısı stresi proteinini kodlayan genler izole edilip, endüstriyel atıkların zehirli etkilerinin giderilmesinde ya da biyoremidasyonda kullanılan fakat yüksek sıcaklıklarda yaşayamayan bakteriler gibi yarar sağlayacak herhangi bir mikroorganizmaya klonlanarak bu sıcaklıklarda da etkin olmaları sağlanabilecektir.

Özet (Çeviri)

Temperature alteration is known as a common environmental stress condition which all living organisms encounter and response by producing evolutionary well- conserved specific proteins called heat stress or heat shock proteins in the cell in order to adapt and survive. In the current study, the induction of heat stress proteins in a cold-adapted bacterial strain of Pseudomonas marginalis cells grown under heat stress was investigated by proteomic approach. Five different temperatures, 5, 10, 15, 24, and 30?C, were examined for the purpose of determining the optimum growth temperature for the bacterium. Consequently, 15?C was observed as optimum temperature for growth while 30?C was established as heat stress temperature. Total proteins from Pseudomonas marginalis cells in the late exponential phase of growth at these two temperatures were extracted and separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. Totally 1391 protein spots were visualized for 15?C and 1384 protein spots for 30?C. After comparing with 15?C, 13 protein spots that were differentially expressed in the cells exposed to heat stress (30?C) were cut from the gel and fragmented into their peptides by in-gel digestion method. Finally, these proteins were identified by liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and database searching. Among them, ribosome recycling factor, universal stress protein family and chaperonin GroEL were established as direct sensors of heat stress. As a result, the genes encoding these two heat stress proteins can be isolated and cloned into any other useful microorganism such as bacteria used for detoxification of industrial waste or used in bioremediation but not capable of surviving at high temperatures so that they can be efficient at those temperatures, too.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    498488

    Psödoeksfoliasyon sendromu ve glokomu ile clusterin genetik polimorfizmleri ve clusterin gözyaşı ve aköz humor seviyeleri arasındaki ilişkinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between clusterin genetic polymorphisms and clusterin level of tear and aqueous humor in pseudoexfoliation syndrome and glaucoma

    SİNEM DEMİRKAYA BUDAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiTOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BİRSEN CAN DEMİRDÖĞEN

  2. Tez No

    139628

    Chlamydomonas reinhardtii yeşil alginde ağır metal stresi varlığında ısı şoku proteini ve metallotiyonin ekspresyonunun incelenmesi

    Expression analysis of heat shock protein and metallothionein against heavy metal stress in Chlamydomonas reinhardtii green algae

    GÜNSELİ KURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    BiyolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEZHUN GÖREN

    PROF. DR. ABDUL REZZAK MEMON

  3. Tez No

    414047

    Investigation of the effect of electrical stimulation on proteotoxic models of caenorhabditis elegans

    Elektrik stimülasyonunun caenorhabditis elegans proteotoksik modeller üzerindeki etkilerinin incelenmesi

    BAHRİYE ERKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FUNDA ŞAR

  4. Tez No

    503754

    1800mhz radyofrekans radyasyonuna maruz bırakılan sıçanların beyin dokusunda hsp27 ve p38mapk genlerinin ifade düzeylerinin araştırılması

    Investigation of hsp27 and p38mapk gene expression levels in the rat brain tissue that exposed 1800mhz radiofrequency radiation

    BADEL ARSLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    GenetikMersin Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN ARAS

  5. Tez No

    156863

    Kobaylarda radyasyon aracılı oksidatif streste bir stres proteini olarak hem-oksijenaz-1 aktivitesinin ve bazı antioksidan değerlerin incelenerek bu sistem üzerine N-asaetilsisteinin etkilerinin araştırılması

    A research of the effects of radiation induced oxidative stress on a stress protein, hemeoxygenase-1 activity and some antioxidants in guinea pigs and protective effects of N-acetylcysteine in this system

    ZERRİN TÜRKÖZER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    BiyokimyaGazi Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. AYSEL ARICIOĞLU

    PROF.DR. NURTEN TÜRKÖZKAN

Geri Dön