Geri Dön

Automated biological data acquisition and integration using machine learning techniques

Makine ögrenmesi teknikleri kullanılarak otomatikleşmiş biyolojik veri kaynaşım ve kazancı

  1. Tez No: 237619
  2. Yazar: LEVENT ÇARKACIOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. VOLKAN ATALAY
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
  12. Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 117

Özet

İlk genom düzenleme projelerinden bu yana teknoloji, moleküler biyoloji ve büyük ölçekli transkriptom analizindeki gelişmeler çok sayıda veri birikmesine sebep olmuştur. Bu veriler farklı platformlar tarafından sağlanıp farklı labrotuvarlardan geldiklerinden dolayıderlenmiş ve ayrıntılı bir analize ihtiyaç duyulmaktadır. Bu tezde farklı veri tabanları üzerinde makine ögrenmesi teknikleri kullanarak, otomatikleşmiş biyolojik veri kaynaşım ve kazancını inceledik. Bu tez kapsamında iki farklı madencilik çalısmasına odaklandık.Birinci çalısmada ev idaresi genlerinin ifade desenlerinin nitelendirilmesi üzerinde çalıstık.Ev idaresi olan ve ev idaresi olmayan genlere ait ölçüleri karsılastırmak için metodolojilertanımladık. Ikinci çalısmada ise, gen çiftleri için isbirligi kuralları bulmak amacı ile büyükölçekli ve çoklu hetorejen veri kümelerinde kolayca isleyebilen yeni bir çerçeveyi, bi-k-bikümeleme çerçevesini, önerdik. Her iki çalısmada elde ettigimiz sonuçlar mevcut literatürile alaka ve uyum gösterdi. Bunun yanı sıra, elde ettigimiz sonuçlar biyologlar tarafındandeneylendirilmeyi bekleyen bazı yeni kavramlar da sagladı.

Özet (Çeviri)

Since the initial genome sequencing projects along with the recent advances on technology, molecular biology and large scale transcriptome analysis result in data accumulation at a large scale. These data have been provided in different platforms and come from different laboratories therefore, there is a need for compilation and comprehensive analysis. In this thesis, we addressed the automatization of biological data acquisition and integration from these non-uniform data using machine learning techniques. We focused on two different mining studies in the scope of this thesis. In the first study, we worked on characterizing expression patterns of housekeeping genes. We described methodologies to compare measures of housekeeping genes with non-housekeeping genes. In the second study, we proposed a novel framework, bi-k-bi clustering, for finding association rules of gene pairs that can easily operate on large scale and multiple heterogeneous data sets. Results in both studies showed consistency and relatedness with the available literature. Furthermore, our results provided some novel insights waiting to be experimented by the biologists.

Benzer Tezler

  1. Computational approaches to study drug resistance mechanisms

    İlaç direnç mekanizmaları için işlemsel yaklaşımlar

    ZOYA KHALID

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    Prof. Dr. İSMAİL ÇAKMAK

  2. İmalat sistemlerinin tasarlanması ve öncelik kurallarının belirlenmesinde yapay sinir ağlarının kullanılması

    Başlık çevirisi yok

    TARIK ÇAKAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    İşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYHAN TORAMAN

  3. Biyolojik işaretlerin elde edilip işlenmesi

    Biomedical signal acquisition and processing

    OSMAN OKTAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1991

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ.DR. MEHMET KORÜREK

  4. İki kanallı EKG monitörü

    Two channels ECG monitor

    SERVET MOLAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1991

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. ERTUĞRUL YAZGAN