Geri Dön

Aegilops tauschii'de tuz stresine dayanikliliği sağlayacak yeni genlerin cDNA AFLP yöntemi ile belirlenmesi

Identification of novel genes expressed under salt stress by cDNA AFLP in Aegilops tauschii

PDF İndir

  1. Tez No: 238912
  2. Yazar: AYŞEN YUMURTACI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU, PROF. DR. MERAL ÜNAL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 270

Özet

Tuzluluk dünyada tahıl verimliliğini ve kalitesini önemli ölçüde etkileyen çevresel stres etmenlerinden biridir. Bu çalışmada, ekmeklik buğday (AABBDD; Triticum aestivum L. cvs. Alpu, ES14, Yıldız, Dağdaş) ve makarnalık buğday (AABB; Triticum durum L. cvs. Ç1252, Selçuklu, Meram) çeşitleri ile Aegilops tauschii genotipleri (DD; Aegilops tauschii 45 ve Aegilops tauschii 95) kullanılarak tuz stresine dayanıklılığı sağlayan D-genomuna özgü yeni genlerin belirlenmesi amacıyla morfolojik, fizyolojik ve moleküler çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Su kültürü ortamında ekmeklik ve makarnalık buğday çeşitleri ile 2 adet Aegilops tauschii genotipine (Aegilops tauschii 45 ve Aegilops tauschii 95) 8 ve 27 saat boyunca 150 mM NaCl stresi uygulanmıştır.Ekmeklik ve makarnalık buğday çeşitleri, cDNA AFLP analizlerinde ?D? genomuna özgü transkriptlerin belirlenmesinde referans materyal olarak kullanılmıştır. NaCI stresi uygulanan Aegilops tauschii genotiplerine ait yaprak örnekleri buğday D-genomuna özgü tuz stresine dayanıklılığı sağlayacak yeni transkriptlerin (gen parçalarının) belirlenmesi için cDNA AFLP analizlerinde başlangıç materyali olarak kullanılmışlardır. cDNA AFLP analizleri ile elde edilen toplam 148 adet ?D? genomuna özgün transkriptin 73 tanesi Aegilops tauschii 45 ve Aegilops tauschii 95 genotiplerinde gözlenmiştir.cDNA AFLP analizleri sonucu poliakrilamid jellerden geri kazanımı yapılmış transkriptlerin (91 adet) DNA dizi analizi reaksiyonlarının ardından transkriptlerin nükleotid-protein benzerlik taramaları (Blastx analizleri) gerçekleştirilmiştir. Blastx analizi sonuçlarına göre veritabanlarında herhangi bir protein ile benzerlik göstermeyen D-genomuna özgü 3 yeni transkript (A452B2, A453C2, A9510B3) elde edilmiştir ve transkriptlerde ?DNA Walking? çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu transkriptlerden 2 tanesi (A452B2, A453C2) 8 saat boyunca 150 mM NaCl stresi uygulaması yapılan Aegilops tauschii 45 genotipinden, 1 transkript (A9510B3) ise 27 saat boyunca 150 mM NaCl stresi uygulanmış Aegilops tauschii 95 genotipinden elde edilmiştir. Ayrıca Aegilops tauschii 45 genotipinden elde edilmiş olan A452B2 transkriptinde RACE PZR analizleri yapılmıştır. Bu transkriptlerin NaCl stresi altındaki gen anlatımlarının doğrulanması GeXP Genomelab Genetik Analiz Sistemi (Beckman Coulter) kullanılarak kantitatif düzeyde gerçekleştirilmiştir. Tuz stresine dayanıklılık sağladığı belirlenen buğday ?D? genomuna özgün 3 yeni transkript (A452B2, A453C2, A9510B3) ?National Center for Biotechnology Information? (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov) veri bankasına gönderilmiş ve NCBI tarafından sağlanan erişim numaraları (bankit 1200005-FJ853755, bankit 1200049-FJ853756, bankit 1200057-FJ853757) ile tüm bilim insanlarının hizmetine sunulmuştur.Bu tez çalışması ile elde edilen yabani buğday ?D? genomuna özgün yeni transkriptlerin (gen parçalarının), verimi yüksek ancak tuz stresine duyarlı olan kültüre alınmış buğday genotiplerinin iyileştirilmesi amacıyla bitki ıslah programlarında kullanılması hedeflenmektedir.

Özet (Çeviri)

Salinity is one of the major abiotic stresses that adversely affects crop productivity and quality in the world. In this study, for the determination ofD-genome specific new gene resources which are responsible for the salt stress tolerance, morphological, physiological and molecular studies were performed by using bread wheat (AABBDD; Triticum aestivum L. cvs. Alpu, ES14, Yıldız, Dağdaş), durum wheat (AABB; Triticum durum L. cvs. Ç1252, Selçuklu, Meram) cultivars and Aegilops tauschii genotypes (DD; Aegilops tauschii 45 ve Aegilops tauschii 95). Bread wheat cultivars, durum wheat cultivars and two Aegilops tauschii genotypes (Aegilops tauschii 45 and Aegilops tauschii 95) were treated with 150 mM NaCI stress during 8 and 27 hours in hydroponic culture. Bread and durum wheat cultivars were used as reference materials to identify D-genome specific transcripts in cDNA AFLP analyses. Leaf samples belong to Aegilops tauschii genotypes which were applied NaCI stress, were used as starting material for cDNA AFLP analyses to identify D-genome specific novel transcripts for salt stress tolerance. A total of 73 out of 148 ?D? genome specific transcripts obtained by cDNA AFLP were observed in Aegilops tauschii 45 and Aegilops tauschii 95 genotypes.Following DNA sequence analysis reactions of the transcripts recovered from the polyacrylamide gels after cDNA AFLP analyses, nucleotide-protein similarity screening of transcripts (Blast x analyses) were performed. Based on the Blastx results, three D-genome specific novel transcripts (A452B2, A453C2, A9510B3) were identified which shows no similarity with any known protein in databanks and DNA walking studies were performed on these transcripts. Two of these transcripts (A452B2, A453C2) were obtained from Aegilops tauschii 45 genotype treated with 150 mM NaCI stress during 8 hours and one transcript (A9510B3) was obtained from Aegilops tauschii 95 genotype treated with 150 mM NaCI stress during 27 hours. Furthermore, RACE PCR analyses were conducted on A452B2 transcript obtained from Aegilops tauschii 45. In order to confirm the gene expressions under NaCI stress of these transcripts at quantitative level GeXP Genomelab Genetic Analysis System (Beckman Coulter) was used. Three wheat D-genome specific novel transcripts (A452B2, A453C2, A9510B3), to be proofed for providing tolerance in response to salt stress, were submitted to National Center for Biotechnology Information? (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov) databank and they are avaliable and under service for all scientists with accession numbers (bankit 1200005-FJ853755, bankit 1200049-FJ853756, bankit 1200057-FJ853757) provided by NCBI.The wild wheat D-genome specific novel transcripts (gene regions) obtained in this thesis, are aimed to be used in the plant breeding programs for the improvement of high yielding but salt stress susceptible cultivated wheat genotypes

Benzer Tezler

  1. Tez No

    178703

    Genetic variation for salt and zinc defficiency tolerance in Aegilops tauschii

    Aegilops tauschii'de tuz stresi ve çinko eksikliğine dayaniklilik için genetik varyasyon

    EMEL YEŞİL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Mühendislik ve Doğa Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL ÇAKMAK

  2. Tez No

    119466

    Genetic relationship of wild and primitive wheat species from Turkey based on microsatellite markers and ancient DNA analysis

    Türkiye'den yabanıl ve ilksel buğday türlerinin mikrosatelit belirteçleri ve arkeolojik DNA analizine dayalı genetik ilişkileri

    HATİCE BİLGİÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA

  3. Tez No

    245967

    Akdeniz bölgesine uygun ekmeklik buğdaylarda (Triticum aestivum L.) d-genomundaki değişimlerin SSR markörleri yoluyla belirlenmesi

    Identify via SSR markers changes in d-genome of appropriate bread wheats (Triticum aestivum L.) to Mediterranean region

    VOLKAN VUSLAT OKYAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    ZiraatMustafa Kemal Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA ERAYMAN

  4. Tez No

    112343

    Makarnalık buğdaylarda çinko eksikliğine dayanıklı genotiplerin belirlenmesi ve dayanıklılığın belirleyicisi olan mekanizmaların araştırılması

    Selection of durum wheat genotypes with high resistance to zinc deficiency and determination of mechanisms affecting resistance

    ÖZLEM ÇAKMAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Toprak Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ZÜLKÜF KAYA

  5. Tez No

    420262

    Next-generation sequencing and physical mapping of wheat chromosome 5D and comparison with its wild progenitor

    Buğday 5D kromozomunun yeni-nesil dizilemesi, fiziksel haritalaması ve yabani atasıyla karşılaştırılması

    BALA ANI AKPINAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HİKMET BUDAK

Geri Dön