Geri Dön

Kimliklendirme ve nesep tayini için otozomal snp lokuslarının belirlenmesi ve validasyonu

Determination and validation of autosomal snp loci for identification and paternity testing

PDF İndir

  1. Tez No: 242122
  2. Yazar: ÖZLEM BÜLBÜL
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. HAVVA ALTUNCUL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Adli Tıp, Genetik, Forensic Medicine, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Adli Tıp Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Adli bilimlerde kimliklendirme ?ngiliz Sir Francis Dalton'un parmakizi sırt modelanalizini bulması ile basladı. Daha sonra bu amaçla serolojik testler (kan grupları, HLA),polimorfik eritrosit enzim ve serum proteinleri (AK, GLO, GC vb.), RFLP (restriksiyon parçauzunluğu polimorfizmi), VNTR (değisik sayılı ardısık tekrar dizinleri, minisatellit) lokuslarıkullanılmıstır. Son yılarda ise çok yaygın olarak STR (kısa ardısık tekrar dizinleri,mikrosatellit) lokusları kullanılmaktadır. Ancak degrade örneklerle çalısırken her zaman STRlokuslarının genotipini tayin etmek mümkün olmamaktadır. Son zamanlarda karsılasılansorunların üstesinden gelmek üzere SNP'ler (tek nükleotid polimorfizmi) tercih edilmektedir.Bu tez çalısmasının amacı adli bilimlerde kullanımı giderek artmakta olan ve gelecekte STRlokuslarının yerini alacağı öngörülen SNP lokuslarının analizi için alt yapının olusturulmasıve validasyon çalısmalarının yapılmasıdır.Bu çalısmada 29 SNP (rs2831700, rs873196, rs1382387, rs2111980, rs2056277,rs1024116, rs727811, rs1413212, rs938283, rs1979255, rs1463729, rs2076848, rs1355366,rs907100, rs354439, rs2040411, rs737681, rs2830795,rs251934, rs914165, rs10495407,rs1360288, rs964681, rs1005533, rs8037429, rs891700, rs1335873, rs1028528, rs1528460)lokusunun validasyonu için AmpF?STR® Identifiler? PCR kitine ait miktarı bilinen 9947Akodlu pozitif kontrol DNA örneği (0.10 ng/?l) ve ?stanbul Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsü AdliMoleküler Genetik Laboratuarına basvuran ve aydınlatılmıs onay formu vererek, adli bilimleralanında bilimsel çalısmalar yapılmasına izin veren rasgele seçilmis 29 kisiden alınan ağız içisürüntüsü (buccal swab) veya kan lekesi kullanılmıstır. Arastırmada DNA izolasyonu Fenol-Kloroform-?zoamil alkol yöntemi ve QIAamp® DNA Mini Kit kullanılarak yapıldı. DNAmiktarı spekrofotometre veya florometre yöntemi ile belirlendi. Genotip tayiniminisekanslama tekniğine dayalı SNaPshot reaksiyonu ile gerçeklestirildi.Validasyon çalısmasında hassasiyet, tekrar edilebilirlik, kesinlik parametreleri velaboratuarlar arası karsılastırmalar yapıldı. Ayrıca ?stanbul Üniversitesi, Adli Tıp Enstitüsü,Adli Moleküler Genetik laboratuarına basvuran gönüllü 29 sağlıklı bireyin genotipleriçıkarıldı ve dört aile için babalık testi yapıldı.Arastırma sonunda validasyon ve optimizasyon çalısması basarı ile gerçeklestirildi.Yirmi dokuz bireye ait genotip tayini yapıldı ve 29 SNP lokus ile kisilerin birbirindenayrılabildiği gözlendi. Ayrıca önceden STR analizleri ile akrabalık iliskileri belirlenmis 4 aileiçin yapılan babalık tayininde elde edilen sonuçların gerçeğe uygun olduğu tespit edildi.

Özet (Çeviri)

Human forensic identity testing can trace its modern origins to the late 19th centuryBritish physician/geneticist Sir Francis Galton, recognized the utility of fingerprint ridgepattern analysis for forensic use. After That blood-group antigen typing (blood groups, HLA),and other laboratory techniques for detection of inherited variants in blood cell enzymes orserum proteins (AK, GLO, GC etc.), RFLP and VNTR loci were widely used for paternitytesting in both civil paternity and criminal paternity. In the last years STRs are usually used.But it is not possible to get the whole genotype especially we we confront a highly degradedsamples. Recently SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) are being used in ForensicSciences to solve such problems. The aim of this study is to validate SNPs loci in laboratoryconditions so that these may be use to replace STR system in future.In this study, parameters to test 29 SNP (rs2831700, rs873196, rs1382387, rs2111980,rs2056277, rs1024116, rs727811, rs1413212, rs938283, rs1979255, rs1463729, rs2076848,rs1355366, rs907100, rs354439, rs2040411, rs737681, rs2830795,rs251934, rs914165,rs10495407, rs1360288, rs964681, rs1005533, rs8037429, rs891700, rs1335873, rs1028528,rs1528460) loci have been validated using AmpF?STR® IdentifilerTM PCR Kit 9947APositive control DNA samples (0.10 ng/?l) in Istanbul University, Institute of ForensicSciences Molecular Genetics laboratory. DNA samples of whole blood and buccal swabsfrom 29 healthy induvidual were being collected from different part of Istanbul. In this study,DNA was extracted using phenol-chloroform-isoamyl alcohol method and QIAamp® DNAMini Kit method. Quantity of DNA was determined by using spectrophotometer andflourometer. Genotypic analysis was performed using minisequensing SNaPshot reaction kit.We tested and validated the accuracy, presicion, sensitivity, reproducibility, externalproficiency and material modifications. We also genotyped 29 healthy volunteers successfullyand 4 paternity cases from different families were tested using the validated method.We succesfully validated and optimized 29 autosomal SNPs. We not only genotyped29 indivudal for the described loci but also calulated the the discrimination power of 29 SNPs.Furthermore, the validated method and technique was being used on four paternity cases andobtained results shows that these validated 29 SNP loci can be used in laboratory successfullyfor genotyping.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    107899

    Kemik dokusunda DNA çekitleme ve tipleme yöntemleri

    Başlık çevirisi yok

    HAVVA ALTUNÇUL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERSİ KALFOĞLU

  2. Tez No

    751130

    İ.Ü. -C Adli Moleküler Genetik Laboratuvarında 2012-2020 yılları arasında kimliklendirilmesi yapılan olguların demografik özellikleri ve alel sıklıklarının belirlenmesi

    Determination of demographic characteristics and allele frequencies of cases identified in the İ.Ü. -C Forensic Molecular Genetics Laboratory between 2012-2020

    ÖMER KARATAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FARUK AŞICIOĞLU

    PROF. DR. EMEL HÜLYA YÜKSELOĞLU

  3. Tez No

    344074

    Biyolojik örneklerin telomer kısalmasına bağlı yaş tayini

    Age determination from biological samples according to telomere shortening

    NEŞE GÜLÜM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU

  4. Tez No

    857079

    Erkek tipi kelliğe ait SNP markırlarının adli fenotiplemede kullanımı

    The use of male pattern baldness SNP markers in forensic phenotyping

    MELEK ŞENIŞIK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK

  5. Tez No

    247769

    X kromozomuna bağlı 8 STR lokusunun polimorfizmi ve adli bilimlerdeki önemi

    Polymorphism and importance in forensic sciences of eight X-STRs loci

    ERHAN AÇAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Adli Tıpİstanbul Üniversitesi

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU

Geri Dön