Geri Dön

Hepatosellüler karsinoma mikrodizin ekspresyon verilerinin in silico modellenmesi

In silico modelling of the hepatocellular carcinoma microarray expression data

PDF İndir

  1. Tez No: 242223
  2. Yazar: GÖKHAN KARAKÜLAH
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL, PROF. DR. OĞUZ DİCLE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada, HCC hücrelerinde Lityum etkisi ile meydana gelen proliferasyon inhibisyonunda, ekspresyonu transkript düzeyinde değişen genler ve bu genlerin yer aldığı sinyal yolaklarının tanımlanması için, Huh7 hücre hattı kullanılarak elde edilen ekspresyon mikrodizini veri setleri çözümlendi. İlk olarak, 48 saat, 20 mM LiCl uygulanmış ve uygulanmamış Huh7 hücrelerinden elde edilen, genom düzeyinde ekspresyon profilleri, Mikrodizin Anlamlılık Analizi yöntemi kullanılarak analiz edildi. İstatistiksel anlamlılık testi sonrası, Huh7 hücre hattında kontrole kıyasla anlamlı olarak artma ve azalma gösteren 1807 genin var olduğunu tespit edildi. (FDR<0.01). Bu genlerin, açımlama analizi sonrası, Huh7 hücre hattındaki değişim gösteren genler ile ilişkili 142 farklı sinyal yolağının olduğu bulundu ve bu yolaklardan 18 tanesi istatistiksel açıdan anlamlı olarak belirlendi (p<0.01). Ayrıca, Gen Ontolojisi terim analizi anlamlı bir şekilde artma ve azalma yönünde değişen genlerin farklı biyolojik süreçler ve moleküler işlevlerde yer aldığını gösterdi. Ekspresyon seviyeleri 4 ya da 4 kattan daha büyük artma ve azalma şeklinde değişime sahip genlerden oluşan iki ayrı gen kümesinin promotor analizi ile her bir gen kümesine ait genlerin promotor bölgesinde bulunan olası ortak nükleotit motifleri belirlendi. Sonuç olarak, veri setinden elde edilen anlamlı genlerin ek moleküler biyolojik yöntemlerle ileri çözümlemeleri, Huh7 hücrelerinde proliferasyon inhibisyonu üzerine Lityum etkisinin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılmasına yardımcı olacağına inanmaktayız.

Özet (Çeviri)

In this study, the expression microarray data sets were obtained by using Huh7 cell line were analyzed to identify the genes, expressions of those changed at transcript-level during proliferation inhibition by the action of Lithium in HCC cells, and the pathways involving those genes. Firstly, the genome-wide expression profiles obtained from Huh7 cells treated with 20 mM LiCl for 48 hours and untreated, were analyzed using Significance Analysis of Microarray method. After statistical significance testing, it was determined that there were significantly up and down regulated 1807 genes in Huh7 cell line in comparison to control condition (FDR<0.01). After annotation analysis of significantly affected genes, 142 different pathways related to significant genes in Huh7 cell line were found and 18 out of these pathways were determined as statistically significant (p<0.01). Also, Gene Ontology term analysis showed that significantly up and down regulated genes were involved in diverse biological processes and molecular functions. Through the promoter analysis of two different gene clusters bearing up and down regulated genes with 4 or greater than 4 fold change, the possible common nucleotide motifs located the promoter regions of the genes in each gene cluster was determined. In conclusion, we believe that further analysis of the significant genes obtained from the data sets with additional molecular biological methods will help to understand the underlying molecular mechanism of Lithium effects on proliferation inhibition in Huh7 cells.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    696952

    Hepatit C virüs-ilişkili hepatoselüler karsinomda moleküler patogenezin ve yeni biyobelirteçlerin biyoinformatik analiz ile araştırılması

    Investigation of molecular pathogenesis and novel biomarkers in hepatitis C virus-associated hepatocellular carcinoma by bioinformatics analysis

    YAĞMUR KURT DEMİRTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyokimyaEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVCAN ATAY

  2. Tez No

    983896

    Sağlık alanında makine öğrenmesi yöntemlerinin uygulanması: Bir açık veri seti üzerinde modellemeler ve hastalık tahmini için risk faktörlerinin belirlenmesi

    Application of machine learning methods in healthcare: Modeling on an open dataset and identification of risk factors for disease prediction

    UMUT SERHAT AKBULUT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Genetikİnönü Üniversitesi

    Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMEK GÜLDOĞAN

  3. Tez No

    266961

    Hepatoselüler karsinom gelişiminde Tiyoredoksin Etkileşimli Protein(TXNIP)'in rolü

    The role of Thioredoxin Interacting Protein in hepatocellular carcinoma development.

    AYŞİM GÖZÜKIZIL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEŞE ATABEY

  4. Tez No

    361338

    Hepatoselüler karsinoma hücrelerinin epitelyal-mezenkimal dönüşüm sürecinde mikro-RNA'ların rolünün belirlenmesi

    The role of micro-RNAs in epithelial-mesenchymal transition of hepatocellular carcinoma cells

    PEYDA KORHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Temel Tıp Bilimleri Bölümü

    PROF. DR. SAFİYE NEŞE ATABEY

  5. Tez No

    717388

    The effect of boric acid on steroid biosynthesis pathway in HepG2 cell line

    Borik asidin HepG2 hücre hattında steroid biyosentez yolağı üzerine etkisi

    ZEYNEP EDA AKYILDIZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NÜLÜFER TÜLÜN GÜRAY

Geri Dön