Bazı turunçgil anaçlarında demir (Fe) klorozuna dayanıklılıktan sorumlu genlerin SSCP markırlarıyla allelik çeşitliliğinin araştırılması
Determination of allelic diversity of candidate genes responsible for resistance to iron chlorosis by SSCP markers in some citrus rootstocks
- Tez No: 244228
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: SSCP, Demir Klorozu, Turunçgil, Allelik Çeşitlilik, SSCP, Iron Chlorosis, Citrus, Allelic diversity
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Turunçgil anaçlarında demir klorozundan sorumlu genlerde allelik çeşitliliği tespit etmek amacıyla SSCP analizleri gerçekleştirilmiştir. İlk olarak turunçgil EST lerinden demir klorozundan sorumlu üç aday gen belirlenmiştir. Turunçgil anaçlarını temsil eden 8 farklı turunçgil genotipi seçilerek, belirlenen aday genlere özgü PCR primerleri kullanılarak genlerin PCR amplifikasyonları gerçekleştirilmiştir ve PCR ürünlerinden direk DNA sekans yapılarak genlerin seçilen 8 genotip açısından DNA sekansları belirlenmiştir. DNA sekans sonuçlarının analizleri bilgisayar paket programları aracılığıyla yapılarak polimorfizmler belirlenmiştir. SSCP analizlerini gerçekleştirmek amacıyla bu mutasyonlu bölgeleri çoğaltacak yeni SSCP primerleri dizayn edilmiştir ve SSCP analizlerine geçilmiştir. Dizayn edilen SSCP primerleri ve tez kapsamında kullanılan toplam 35 farklı turunçgil anacına ait DNA materyalleri kullanılarak PCR reaksiyonları gerçekleştirilmiştir. PCR ürünleri poliakrilamid jel elektroforezinde koşturulmuştur, elde edilen DNA bant profillerinin cluster analizleri yapılarak dendogramlar oluşturulmuştur. Fe-S geni için elde edilen dendogramda demir klorozuna duyarlı oldukları bilinen üç yapraklı genotipleri aynı grup içinde kümelenmişlerdir, üç yapraklı melezleri ise kendi içerisinde aynı alt kollarda yer almışlardır. IRT1 geni için oluşturulan dendogramda ise benzer sonuçlar bulunmuştur, üç yapraklı ve melezleri aynı alt kollarda kümelenmişler ve mandarin genotipleri arasında yüksek bir varyasyon tespit edilmiştir. NRAMP3 geni ile PCR ürünü akrilamid jel içerisinde ayrılamadığından dolayı cluster analizleri yapılamamıştır.
Özet (Çeviri)
We performed SSCP (Single Stranded Conformation Polimorphism) analysis in order to discover allelic diversity of candidate genes responsible for iron chlorosis in citrus rootstocks. Three Iron chlorosis candidate genes were selected from existing Citrus ESTs databases and Arabidopsis thaliana genome databases. Iron-Sulfur assembly protein, Vacuolar Metal Transporter and root iron transporter candidate genes were used. Eight citrus genotypes were selected to be representative cultivars of the basic taxon of Citrus to analyse the polymorphism. Two primers were used to amplify for each gene with these eight genotypes and directly sequencing of amplified DNA of candidate genes was done from PCR products to design new SSCP primers. We developed new primers for further diversity and routine genotyping by SSCP method from the results of direct sequencing on the basic taxa. Two pair of primers were defined for each genes. SSCP-PCR analysis was performed with thirty-five citrus rootstocks and PCR product were was subjected to electrophoresis in a non-denaturing PAGE and gels were stained with silver nitrate. Neighbour joining method was used to construct dendrograms for cluster analyses. Trifoliata genotypes and their hybrids were clustered together and mandarins showed high diversity for both genes, for Fe-S gene and IRT1 gene. Dendograms could not be constructed, because the DNA profiles could not be separated in acyrlamide gel for NRAMP3 gene.
Benzer Tezler
- Bazı turunçgil anaçlarının klemantin nules mandarin çeşidinde bitki besin elementi düzeyine etkileri
Effect of various citrus rootstocks on plant nutrition elements of clementine nules mandarin varieties
MERVE İLHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLGE YILMAZ
- Aspidiotus nerii bouche (Hemiptera: Diaspididae) ve parazitoidi Aphytis melinus DeBach (Hymenoptera: Aphelinidae)'un farklı nem koşullarında bazı biyolojik özelliklerinin araştırılması
Research on some biological features of Aspidiotus nerii bouche (Hemiptera: Diaspididae) and its parasitoid Aphytis melinus DeBach (Hymenoptera: Aphelinidae) at different relative humidity level
SERPİL DEMİR
- Bazı turunçgil anaçlarında kuraklık ile ilişkili bazı hareketli genetik elementlerin (Transpozon) aktivitelerinin karşılaştırılması
Comparison of the activities of some mobile genetic elements (Transposon) associated with drought in some citrus rootstocks
MUHAMMET MUSTAFA SEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ KAÇAR
- Bazı turunçgil anaçlarında farklı eksplant kaynağı ve besi ortamlarının somatik embriyogenesis üzerine etkileri
The efficiency of different culture media and explant type of some citrus rootstock on somatic embryogenesis
BELGİN BİÇEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
- Bazı turunçgil anaçlarında kökten bitki rejenerasyonunun optimizasyonu
Optimization of plant regeneration from root explants at some citrus rootstocks
ÜLKÜ İNCEOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Bilim ve TeknolojiÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ AKA KAÇAR