Geri Dön

Dynamics of gene regulatory cell cycle network in Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae'nin hücre döngüsü ağının gen regulasyon dinamiği

  1. Tez No: 245397
  2. Yazar: NEŞE ARAL
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU, YRD. DOÇ. DR. DENİZ YURET
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Bölümü
  12. Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 65

Özet

Bu tezde Saccharomyces cerevisiae hücresinin, hücre döngüsü içindeki gen regülasyon dinamiği incelendi. Hücre döngüsünü kontrol eden genlerin zaman içindeki ekspresyon değerlerini bulmak için matematiksel yöntem olarak asenkron biçimde güncellenen Bool tipi ağlar kullanıldı. Dinamiğin çekicileri ve bunların kararlılığı stokastik transfer matrisi kullanılarak incelendi. Rastgele ağlar ile karşılaştırıldığında hücre döngüsü ağının değişik dinamik özellikler sergilediği gösterildi. Sistemin sırayla geçtiği durumları gözlemlemek için bir entropi ölçüsü tanımlandı. Deneylerde görülen G1, S, G2 ve M fazlarının, ağın entropisinin yerel ekstremum noktalarına karşılık geldiği gözlendi.

Özet (Çeviri)

In this thesis, the genetic regulatory dynamics within the cell cycle network of the yeast Saccharomyces cerevisiae is examined. As the mathematical approach, an asynchronously updated Boolean network is used to model the time evolution of the expression level of genes taking part in the regulation of the cell-cycle. The attractors of the model's dynamics and their stability are investigated by means of a stochastic transition matrix. It is shown that the cell cycle network has unusual dynamical properties when compared with similar random networks. Furthermore, an entropy measure is employed to monitor the sequential evolution of the system. It is observed that the experimentally identi¯ed cell cycle phases G1, S, G2 and M correspond to the stages of the network where the entropy goes through a local extremum.

Benzer Tezler

  1. Ökaryot model organizmalarda sentromer fonksiyonu genetik düzenleyici dinamik ve mutasyonel sağlamlık analizi

    Genetic regulatory dynamics and mutational robustness analysis of centromere function in eukaryote model organisms

    EMİR HALİKİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyofizikEge Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ÖZGÜR MASALCI

    YRD. DOÇ. DR. İPEK ŞAHİN

  2. Oscillations and chaos in gene network models

    Gen ağ modellerinde osilasyon ve kaos

    BÜŞRA ARIKAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyomühendislikKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEM ÖZEN

  3. Transkripsiyon faktörü p53 tümör supressör proteininin p60-katanin (KATNA1) promotoru ile etkileşimi

    Interaction between transcription factor p53 tumor suppressor and p60-katanin (KATNA1) promoter

    MEHTAP KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ

  4. Coherent organization in gene regulatory networks

    Gen düzenleme ağlarında uyumlu örgütlenme

    NEŞE ARAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU

  5. SH-SY5Y nöroblastom hücre hattının farklılaştırılmasında HN1'in etkisi

    HN1's effect in SH-SY5Y neuroblastoma cell line differentiation

    TİLBE ÖZAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyomühendislikEge Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ