Dynamics of gene regulatory cell cycle network in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'nin hücre döngüsü ağının gen regulasyon dinamiği
- Tez No: 245397
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU, YRD. DOÇ. DR. DENİZ YURET
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Bölümü
- Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Bu tezde Saccharomyces cerevisiae hücresinin, hücre döngüsü içindeki gen regülasyon dinamiği incelendi. Hücre döngüsünü kontrol eden genlerin zaman içindeki ekspresyon değerlerini bulmak için matematiksel yöntem olarak asenkron biçimde güncellenen Bool tipi ağlar kullanıldı. Dinamiğin çekicileri ve bunların kararlılığı stokastik transfer matrisi kullanılarak incelendi. Rastgele ağlar ile karşılaştırıldığında hücre döngüsü ağının değişik dinamik özellikler sergilediği gösterildi. Sistemin sırayla geçtiği durumları gözlemlemek için bir entropi ölçüsü tanımlandı. Deneylerde görülen G1, S, G2 ve M fazlarının, ağın entropisinin yerel ekstremum noktalarına karşılık geldiği gözlendi.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the genetic regulatory dynamics within the cell cycle network of the yeast Saccharomyces cerevisiae is examined. As the mathematical approach, an asynchronously updated Boolean network is used to model the time evolution of the expression level of genes taking part in the regulation of the cell-cycle. The attractors of the model's dynamics and their stability are investigated by means of a stochastic transition matrix. It is shown that the cell cycle network has unusual dynamical properties when compared with similar random networks. Furthermore, an entropy measure is employed to monitor the sequential evolution of the system. It is observed that the experimentally identi¯ed cell cycle phases G1, S, G2 and M correspond to the stages of the network where the entropy goes through a local extremum.
Benzer Tezler
- Ökaryot model organizmalarda sentromer fonksiyonu genetik düzenleyici dinamik ve mutasyonel sağlamlık analizi
Genetic regulatory dynamics and mutational robustness analysis of centromere function in eukaryote model organisms
EMİR HALİKİ
Doktora
Türkçe
2017
BiyofizikEge ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZGÜR MASALCI
YRD. DOÇ. DR. İPEK ŞAHİN
- Oscillations and chaos in gene network models
Gen ağ modellerinde osilasyon ve kaos
BÜŞRA ARIKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyomühendislikKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEM ÖZEN
- Transkripsiyon faktörü p53 tümör supressör proteininin p60-katanin (KATNA1) promotoru ile etkileşimi
Interaction between transcription factor p53 tumor suppressor and p60-katanin (KATNA1) promoter
MEHTAP KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- SH-SY5Y nöroblastom hücre hattının farklılaştırılmasında HN1'in etkisi
HN1's effect in SH-SY5Y neuroblastoma cell line differentiation
TİLBE ÖZAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ