Ökaryot model organizmalarda sentromer fonksiyonu genetik düzenleyici dinamik ve mutasyonel sağlamlık analizi
Genetic regulatory dynamics and mutational robustness analysis of centromere function in eukaryote model organisms
- Tez No: 479793
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZGÜR MASALCI, YRD. DOÇ. DR. İPEK ŞAHİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Genetik, Biophysics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
Bu tezde Boole tipi gen düzenleyici ağların matematiksel modeli kullanılarak, Saccharomyces cerevisiae model organizmasının hücre döngüsü içerisinde aktif görevler alan Sentromer bölgesi genlerinin düzenleyici dinamiği incelenmiştir. Biyolojik veritabanlarından model organizmanın ilgili genlerini içeren gen düzenleyici ağ kurulmuş ve tüm olası hücre fenotipleri gen düzenlenmesine tabi tutularak sistemin çekicileri elde edilmiştir. Çekicilerdeki gen ifadelerinin hücre döngüsü içerisindeki değişimleri elde edilerek biyolojik veriler ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca tüm sistemin, literatürdeki diğer gerçel ağlar ile davranışsal karşılaştırılmaları da yapılmıştır. Bununla birlikte Boole tipi gen düzenleyici ağlarda mutasyonel bir gen susturulması modellenmiş ve literatürdeki ağlar ile birlikte oluşturulan ağımıza da uygulanmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda mutasyonel sağlamlık yorumlanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, using the mathematical model of Boolean gene regulatory networks, the regulatory dynamics of the genes of the centromere regions, which are actively involved in the cell cycle of the Saccharomyces cerevisiae model organism, have been examined. A gene regulatory network containing the relevant genes of the model organism from the biological databases was established and all possible cellular phenotypes were subjected to gene regulation and attracted to the system. The gene expressions in attractors were compared with the biological data by obtaining changes in the cell cycle. Behavioral comparisons of the whole system with other real networks in the literature have also been made. However, a mutated gene silencing was modeled in Boolean type gene regulatory networks and applied to our network along side with the networks in the literature. Mutational robustness was interpreted in the direction of the obtained results.
Benzer Tezler
- Functional characterization of Loc115098: A novel gene conserved in eukaryotic genomes
Ökaryotik canlılarda korunmuş olan Loc115098 geninin işlevsel tanımlandırılması
ESRA KARAKÖSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Biyokimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Omic analyses of stress-resistant Saccharomyces cerevisiae
Strese dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin omik analizleri
ENES FAHRİ TEZCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
- The effect of blue light on unicellular organisms at transcriptome level
Mavi ışığın tek hücreli organizmaların transkriptom profiline etkisi
MEHMET TARDU
Doktora
İngilizce
2016
BiyolojiKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- A genetic approach to reveal determinants of mitochondrial tail-anchored protein targeting
Tail-anchored proteinlerinin mitokondriye yönlendirilmelerini sağlayan etkenleri ortaya cıkarabilecek bir genetik yöntem
ABDURRAHMAN KESKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CORY DAVID DUNN
- Prediction of potential inhibitors against Yersinia yope and Salmonella sope by virtual screening and docking
Potansiyel Yersinia yope ve Salmonella sope karşıtı inhibitörlerin sanal tarama ve doklama ile tahmini
GİZEM ÖZBÜYÜKKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU ÖZERGİN ÜLGEN
YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ