Geri Dön

Ökaryot model organizmalarda sentromer fonksiyonu genetik düzenleyici dinamik ve mutasyonel sağlamlık analizi

Genetic regulatory dynamics and mutational robustness analysis of centromere function in eukaryote model organisms

PDF İndir

  1. Tez No: 479793
  2. Yazar: EMİR HALİKİ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZGÜR MASALCI, YRD. DOÇ. DR. İPEK ŞAHİN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyofizik, Genetik, Biophysics, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 131

Özet

Bu tezde Boole tipi gen düzenleyici ağların matematiksel modeli kullanılarak, Saccharomyces cerevisiae model organizmasının hücre döngüsü içerisinde aktif görevler alan Sentromer bölgesi genlerinin düzenleyici dinamiği incelenmiştir. Biyolojik veritabanlarından model organizmanın ilgili genlerini içeren gen düzenleyici ağ kurulmuş ve tüm olası hücre fenotipleri gen düzenlenmesine tabi tutularak sistemin çekicileri elde edilmiştir. Çekicilerdeki gen ifadelerinin hücre döngüsü içerisindeki değişimleri elde edilerek biyolojik veriler ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca tüm sistemin, literatürdeki diğer gerçel ağlar ile davranışsal karşılaştırılmaları da yapılmıştır. Bununla birlikte Boole tipi gen düzenleyici ağlarda mutasyonel bir gen susturulması modellenmiş ve literatürdeki ağlar ile birlikte oluşturulan ağımıza da uygulanmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda mutasyonel sağlamlık yorumlanmıştır.

Özet (Çeviri)

In this thesis, using the mathematical model of Boolean gene regulatory networks, the regulatory dynamics of the genes of the centromere regions, which are actively involved in the cell cycle of the Saccharomyces cerevisiae model organism, have been examined. A gene regulatory network containing the relevant genes of the model organism from the biological databases was established and all possible cellular phenotypes were subjected to gene regulation and attracted to the system. The gene expressions in attractors were compared with the biological data by obtaining changes in the cell cycle. Behavioral comparisons of the whole system with other real networks in the literature have also been made. However, a mutated gene silencing was modeled in Boolean type gene regulatory networks and applied to our network along side with the networks in the literature. Mutational robustness was interpreted in the direction of the obtained results.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    199485

    Functional characterization of Loc115098: A novel gene conserved in eukaryotic genomes

    Ökaryotik canlılarda korunmuş olan Loc115098 geninin işlevsel tanımlandırılması

    ESRA KARAKÖSE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    Biyokimyaİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. UYGAR HALİS TAZEBAY

  2. Tez No

    874307

    Omic analyses of stress-resistant Saccharomyces cerevisiae

    Strese dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin omik analizleri

    ENES FAHRİ TEZCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

  3. Tez No

    434278

    The effect of blue light on unicellular organisms at transcriptome level

    Mavi ışığın tek hücreli organizmaların transkriptom profiline etkisi

    MEHMET TARDU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI

  4. Tez No

    435848

    A genetic approach to reveal determinants of mitochondrial tail-anchored protein targeting

    Tail-anchored proteinlerinin mitokondriye yönlendirilmelerini sağlayan etkenleri ortaya cıkarabilecek bir genetik yöntem

    ABDURRAHMAN KESKİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CORY DAVID DUNN

  5. Tez No

    312126

    Prediction of potential inhibitors against Yersinia yope and Salmonella sope by virtual screening and docking

    Potansiyel Yersinia yope ve Salmonella sope karşıtı inhibitörlerin sanal tarama ve doklama ile tahmini

    GİZEM ÖZBÜYÜKKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KUTLU ÖZERGİN ÜLGEN

    YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

Geri Dön