Investigation of noncanonical WNT signaling network in C. elegans
Kanonik olmayan WNT sinyal yolizlerinin C. elegans?ta incelenmesi
- Tez No: 246025
- Danışmanlar: PROF. KUTLU Ö. ÜLGEN, PROF. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
Wnt proteinleri, evrim sırasında korunmuş sinyal mollekülleri olup, hayvanların embriyonik gelişme evresinde önemli rol oynarlar. Wnt proteinleri üç farklı sinyal yolizini başlatmaktadırlar. Wnt/ß-katenin sinyal yolizi kanonik sinyal yolizi iken Wnt/PCP and Wnt/Ca2+ sinyal yolizleri ß-katenin'den bağımsız çalışan kanonik olmayan sinyal yolizleridir. Wnt aktivasyonu sonucu hücre çekirdeğinde ß-katenin'in aşırı birikmesinin kansere sebep olduğu tespit edilmiştir. Öte yandan Wnt/Ca2+ sinyal yolizi ile Wnt/ß-katenin sinyal yolizinin zıt çalıştığı tespit edilmiştir. Buna göre, Wnt/Ca2+ sinyal yolizinin tümör baskılayıcı işlevi olabileceği düşünülmektedir. Caenorhabditis elegans, hastalık genlerinin incelenmesi için çok uygun bir model organizmadır. Caenorhabditis elegans, Wnt proteinlerinin türdeşlerini de bulundurmaktadır. Yapılmış olan çalışmada, hem gelişim hem de hastalık süreçlerinde rol oynayan Wnt sinyal mekanizmaları C. elegans'ta hesapsal yöntemler kullanılarak derinlemesine incelenmiştir. Wnt proteinlerinin benzer ve zıt çalışma prensiplerinin daha iyi anlaşılabilmesi için Wnt/Ca2+ sinyal yolizinin protein etkileşim ile domain etkileşim ağyapıları literatür ve türler arası benzerlik bilgileri kullanılarak yeniden yapılandırılmıştır. Yeniden yapılandırılmış sinyal yolizi sonrasında mikro düzeyde ve makro düzeyde incelenmiştir. Mikro düzeyde, yeniden yapılandırılmış sinyal yolizinde bulunan proteinlerin türler arası benzerliği ve evrim içinde korunmuşluğu incelenmiştir. Makro düzeyde, yeniden yapılandırılmış sinyal yolizinin topolojik özelliklerinin literatürde mevcut olan biyolojik ağyapılarla tutarlılığı incelenmiştir. Yeniden yapılandırılmış sinyal yolizi, Wnt/Ca2+ sinyal yolizinde bulunan proteinlerin ve domainlerin çoğunluğunu başarıyla kapsamaktadır. Bu sayede yeniden yapılandırılmış sinyal yolizi tümör baskılayıcı ilaç araştırmaları için bir başlangıç noktası olarak kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Wnt proteins, a well conserved family of signalling molecules, initiate signalling mechanisms that play important roles in embryonic development of animals. Wnt proteins activate three distinct signalling pathways. Wnt/ß-catenin pathway is the canonical signalling pathway whereas Wnt/PCP and Wnt/Ca2+ are the ß-catenin independent noncanonical pathways. Wnt-activated excessive ß-catenin accumulation in nucleus is reported to cause tumour formation in different cells. On the other hand, one of the ß-catenin independent signalling pathways; the Wnt/Ca2+ signalling pathway, is found to antagonize Wnt/ß-catenin signalling pathway. Therefore, Wnt/Ca2+ cascade may have the ability to act as a tumour suppressor. Caenorhabditis elegans as an extremely suitable model to evaluate the functions of disease genes incorporates a well conserved set of Wnt signalling proteins. In the present computational study, Wnt signalling mechanisms that are involved in the developmental processes and tumorigenesis are investigated thoroughly in C. elegans. In order to better understand the molecular basis underlying the ability of Wnt proteins performing antagonistic or similar signalling activities, the protein-protein and domain-domain interaction networks of Wnt/Ca2+ signalling proteins were reconstructed using literature information and homology based modelling. The reconstructed network is further investigated at micro scale whether the majority of the genes in Wnt/Ca2+ signalling pathway are conserved during evolution and at macro scale whether the proposed Wnt/Ca2+ signalling network is biologically significant. The reconstructed network having a scale-free topology like most of the other biological networks successfully covers most of the protein and domain interactions of the Wnt/Ca2+ signalling mechanism in humans and hence can be used in studies for identifying drug targets.
Benzer Tezler
- Meme kanseri hücrelerınde kanonik ve kanonik olmayan wnt yolaklarının baskılanması ile kanser kök hücre popülasyonunun ve dediferansiasyonun azaltılması
Decreasing cancer stem cell population and dedifferentiation in breast cancer cells by selective inhibition of canonical and non- canonical pathways of wnt signaling
TANJU TÜTÜNCÜ
- Investigation of EDA2R signaling in cancer-associated muscle wasting
Kanserle ilişkili kas kaybında EDA2R sinyallemesinin araştırılması
ŞEVVAL NUR BİLGİÇ
Doktora
İngilizce
2023
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN KIR
- Farelerde oluşturulan enflamatuvar hiperaljezi modelinde çözünebilir epoksit hidrolaz inhibisyonunun etkisinin NLRC4 inflamazomu ve antienflamatuvar NLRC3 ile ilişkilendirilerek araştırılması
Investigation of the effect of soluble epoxide hydrolase inhibition in relation to NLRC4 inflammasome and antiinflammatory NLRC3 in lipopolysaccharide-induced inflammatory hyperalgesia model in mice
ALİ CAĞLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiEczacılık Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR TUNÇTAN
- Investigation the functions of novel g-quadruplex structures in e. coli genome
E. coli genomunda bulunan yeni g-quadruplex yapılarının fonksiyonlarının incelenmesi
HÜSEYİN SAYGIN PORTAKAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyomühendislikİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA
- Meme kanseri hücre hatlarındaki (MCF-7) non-kanonik sinyal moleküllerinin leptin'e bağlı değişimlerinin incelenmesi
Investigation of non-canonic signal molecules alteration dependent on leptin in MCF-7 breast cancer cell lines
BURÇİN İREM ABAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyokimyaAdnan Menderes ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM YENİSEY