Analysis of members of the SLIT-ROBO pathway as diagnostic and prognostic tools in hepatocellular carcinoma with special focus on ROBO2-associated cellular phenotype
ROBO2?ye bağlı hücresel fenotipe özel odakla SLIT-ROBO yolağı üyelerinin hepatoselüler karsinom tanı ve takibinde araç olarak analizi
- Tez No: 246240
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. TAMER YAĞCI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Hepatoselüler karsinom, yıllık yarım milyonu aşan yeni vaka sayısıyla, dünya çapında en sık rastlanan altıncı kanser türüdür. Hepatoselüler karsinom, siroz hastalarının temel ölüm sebeplerinden hepatit B ve C enfeksiyonuyla ilişkilendirilmiştir. Aflatoxin B'ye maruz kalma, kronik alkol kullanımı ve sirozu tetikleyen bütün etkenler diğer etiyolojilerdir. Hepatoselüler karsinomun erken tanısı için risk gruplarının takibi önemlidir ve bu kansere karşı spesifisitesi ve duyarlılığı daha yüksek yeni belirteçlerin geliştirilmesi gerekmektedir. Bunun yanında hepatoselüler karsinom alt tipleri için biyobelirteçlerin tanımlanması yeni terapi metodolojilerini de mümkün kılabilir. Bu çalışmada, SLIT-ROBO gen aileleri üyelerinin hepatoselüler karsinom tanı ve takibinde yeni belirteçler olarak kullanılabilirliğini inceledik.Gerçek zamanlı kuantitatif RT-PCR yöntemiyle SLIT-ROBO yolağı genlerinin hepatoselüler karsinomda ifadesini belirleyen bir imza tanımladık. ROBO1 gen ifadesinin hepatoselüler karsinom derecesine ve diferensiyasyonuna bağlı olarak değiştiğini gösterdik. Bununla beraber ROBO4 ifadesindeki azalma ve SLIT2 ifadesindeki artış, ileri derece ve kötü diferensiye hepatoselüler karsinom dokularını belirledi. Sonuçlarımız, ROBO1 ve ROBO4 ifadelerinin hepatoselüler karsinomun erken tanısında kullanılabileceğine işaret etti. Diğer bir odak olarak; AFP ifadesi bulunan iyi diferensiye bir model olan Huh7 hücrelerinde, ROBO2 gen ifadesini kalıcı bir şekilde baskıladık ve bu etkiyle ilişkili hücre fenotipini tanımladık. Bu şekilde elde edilen kalıcı tek-tip hücrelerde, ROBO2 geninin baskılanması hücrelerin bölünme hızını etkilerken yara-iyileşmesi (wound-healing) deneylerinde ölçülen göç hızına istatikselolarak anlamlı etkisi görülmedi. Bağlantılı bir mikrodizi çalışmasında ROBO2 ifadesi baskılanmış bu hücrelerle, ROBO2'yi ifade eden kontrol hücreler arasında farklı ifadelere sahip genleri inceledik. Bu incelemede CK19, CD44, ABCG2/BCRP2 hepatik öncül hücre belirteçleri ve ayrıca insanda HCC kanser kök hücre belirteci olarak öne sürülen CD133 ifadelerinin, ROBO2 ifadesi baskılanmış hücrelerde arttığını bulduk. Bunlara ek olarak KLF4 ifadesi ROBO2 ifadesi baskılanmış bu hücrelerde arttı. SLIT-ROBO yolağı ve CD133 arasında transkripsiyon seviyesinde genetik bir etkileşim bulunduğunu öne sürüyoruz.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma is the sixth most common cancer in the world, with an annual incidence exceeding half a million. It is associated mainly with hepatitis B and C viral infections; and is the main cause of death among cirrhotic patients. Aflatoxin B1 exposure, chronic alcohol consumption and virtually all cirrhosis-inducing conditions are of the other etiologies. For early diagnosis of HCC, surveillance of the risk groups is a crucial task requiring the development of novel markers for HCC with stronger sensitivity and specificity. In addition, description of biomarkers specific to hepatocellular carcinoma subtypes could identify novel targets for therapy. In this study, we analyzed members of the SLIT-ROBO gene families as novel diagnostic and prognostic markers in hepatocellular carcinoma. Wedefined an expression signature for members of the SLIT-ROBO gene families in HCC cell lines and tissues by real-time quantitative RT-PCR analysis. We showed that ROBO1 was overexpressed as stage and differentiation of the HCC proceeds. Furthermore, ROBO4 downregulation and SLIT2 overexpression marked late stage and poorly differentiated HCCs. Our results suggest that the expression of ROBO1 and ROBO4 can be used in early diagnosis of HCC. As another focus, we stably knockdowned ROBO2 expression in a model AFP positive cell line Huh7 and characterized the associated cellular phenotype. ROBO2 downregulation caused a significant decrease in proliferation rate whereas in wound-healingassay no significant difference in migration rate was observed. In addition, we performed a microarray experiment and found the differentially expressed genes between stable ROBO2 knockdown and negative clones. In this analysis, we found an overexpression of CK19, CD44, ABCG2/ BCRP1 hepatic progenitor cell markers and CD133 that is also a putative cancer stem cell marker of HCC, in stable ROBO2 knockdown clones. In addition KLF4 expression was augmented in these ROBO2 knockdown clones. We propose a genetic association between SLIT-ROBO pathway and CD133 at transcriptional level.
Benzer Tezler
- Gezegenimsi bulutsu çekirdeklerindeki örten çift yıldızlar
Eclipsing binary nuclei at the center of planetary nebulae
MELİKE AFŞAR
Doktora
Türkçe
2006
Astronomi ve Uzay BilimleriEge ÜniversitesiAstronomi ve Uzay Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. CAFER İBANOĞLU
- Geogrid-donatılı kum zemine oturan temellerin taşıma kapasitesi
Bearing copacity of footings on geogrid-reinforced sand
TEMEL YETİMOĞLU
- Klinik olarak glomerülonefrit şüphesi ile böbrek biyopsi yapılan hastalarda 'geçici reseptör potansiyel iyon kanal (TRPC) gen ailesinin' farklı ifade profillerinin incelenmesi
Study of different expression profiles of 'transient receptor potential ion channel (TRPC) gene family' in patients undergoing renal biopsies with clinically suspected glomerulonephritis
MELTEM SEZİŞ DEMİRCİ
- Resimde benlik ve ötekilik bağlamında portre
Portrait in the context of 'self' and 'otherness' in painting
EHSAN GHANBARZAD KHAJEH
Sanatta Yeterlik
Türkçe
2023
Güzel SanatlarHacettepe ÜniversitesiResim Ana Sanat Dalı
DOÇ. ZUHAL BAYSAR BOERESCU
- In vivo and in vitro analyses of mrna expression of robo2 in zebrafish in the context of pi3k/akt/tor pathway
Zebrabalığında robo2'nin pi3k/akt/tor yoluyla ilişkili olarak ın vıvo ve ın vıtro ıfade analizi
ERTUĞRUL DALKIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU