Epigenetic regulation of SLIT-ROBO pathyway in hepatocellular carcinoma
SLIT-ROBO yolağının hepatoselüler karsinomada epigenetik düzenlenmesi
- Tez No: 246571
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. TAMER YAĞCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Hepatoselüler karsinoma kemoterapiye dayanıklı, saldırgan ve kötü prognozla seyreden bir kanser türüdür. Bu yüzden HCC'nin ilerlemesinde etkisi olan moleküler bileşenlerinin ortaya çıkarılması sadece teşhis ve takip araçlarının iyileşmesine katkıda bulunmakla kalmayıp, yeni tedavi hedefi olabilecek moleküllerin bulunmasına da olanak sağlayabilir. Daha önce grubumuz tarafından SLIT-ROBO genlerinin hepatoselüler karsinomada farklı ifade örüntülerine sahip oldukları gösterildi. Bu genlerin etkisizleştirilmesinde rol alan mekanizmalarına ait detayları öğrenebilmek için SLIT1, SLIT3, ROBO2 ve ROBO3 genlerinin aşırı metillenme durumlarını 4 adet AFP ifadesi yüksek- iyi farklılaşmış (Huh7, Hep3B, PLC/PRF5 ve HepG2) ve 4 adet AFP ifadesi düşük- az farklılaşmış (SKHep1, FOCUS, Snu387 ve Snu423) karaciğer kanseri hücre hattında araştırdık. İlk olarak, araştırılan bütün genlerin ifadelerini 5-Aza-dC kullanılarak arttırılabileceğini gösterdik. Daha sonra, SLIT- ROBO genlerinin metillenme durumlarını metilasyona özel PCR reaksiyonu ile araştırdık. Araştırılan bütün genlerin en azından kısmi olarak metillenmiş oldukları, buna ek olarak da ROBO3 geninin aşırı metillendiğini gösterdik. in-silico araştıma sonuçları ROBO2 geninin 5' ucunun yukarısında yer alan bölgelerin potansiyel bir CpG adacığı, birinci intron içerisinde bir yükseltici, ve bir promotör bölge içerdiğini ortaya çıkardı. Bu CpG adacığına ait primerler kullanılarak yapılan PCR reaksiyonları bu bölgenin bir gen düzenleyici alan olduğunu destekledi. Dolayısıyla, SLIT- ROBO yolağının metilasyon analizlerinin HCC hastalarında da araştırmak yerinde olacaktır. Bunun yanında aşırı ifade edilen ROBO1'e zıt bir etki gösteren ROBO3 geniyle yapılacak mekanistik çalışmalar ROBO3/ROBO1 ekseninin rolünü aydınlatabilecek ve ROBO3'ün HCC'de bir tümör baskılayıcı gen olma potansiyeline ışık tutabilecektir.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma is an aggressive, chemotherapy-resistant cancer and the prognosis of affected patients is very poor. Therefore, unraveling molecular components of hepatocarcinogenesis not only leads to the improvement of diagnostic and prognostic tools but also may reveal novel therapeutic targets. We previously defined the differential expression of SLIT-ROBO genes in HCC. To explore the mechanisms of the inactivation of these genes, we analyzed the hypermetylation of SLIT1, SLIT2, ROBO2 and ROBO3 genes in a group of HCC cell lines consisting of four high-AFP expressing well-differentiated (HUH7, Hep3B, PLC/PRF5 and HepG2) and low-AFP expressing poorly-differentiated cell lines (Focus, SKHep1, Snu387 and Snu423). We first demonstrated that the transcription of all studied genes can be rescued upon treatment of cell lines with 5-Aza-2?-deoxycytidine (5-Aza-dC). Next, we analyzed the methylation of SLIT-ROBO genes by methylation specific PCR. All genes were found to be at least partially methylated, except ROBO3, which displayed a heavily methylated pattern. in silico analyses of the 5? upstream sequence of ROBO2 gene revealed a putative promoter region, an enhancer in the first intron and a CpG island. Methylation ?specific PCR amplification of ROBO2 by using primers selected from this CpG island supports the potential of this region as a gene regulatory site. Therefore, it is worthy to extend the methylation analyses of SLIT-ROBO pathway in HCC patients. Furthermore, mechanistic studies on ROBO3, which was shown to counteract the overexpressed ROBO1 effects may shed light into the role of ROBO3/ROBO1 axis and the potential of ROBO3 as a tumor suppressor gene in HCC.
Benzer Tezler
- Akut miyeloid lösemide WNT sinyal yolağındaki genlerin DNA mikroarray analizi ile tanımlanması
Identification of Wnt signaling pathway genes in acute myeloid leukemia with DNA microarray analysis
BUKET ALTINOK
Doktora
Türkçe
2011
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASUMAN SUNGUROĞLU
- Tuz stresi sırasında çeltik (Oryza sativa) bitkisinde sodyum (Na+) taşıyıcılarının epigenetik düzenlenmesi
Epigenetic regulation of sodium (Na+) transporters in rice during salt stress
MERVE KESKİNOĞLU
- Epigenetic regulation of cancer-testis gene expression
Kanser-testis gen ifadesinin epigenetik denetlenmesi
AYDAN BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ O. GÜRE
- Imatinib mesilat-dirençli ve dirençsiz kronik myeloid lösemi hücre hatlarında bim ve bid proapoptotik genlerinin polikomb grup proteinleri tarafından epigenetik regülasyonu
Epigenetic regulation of bim and bid proapoptotic genes by polycomb group proteins in imatinib mesylate resistant and non-resistant chronic myeloid leukemia cell lines
SÜREYYA BOZKURT
Doktora
Türkçe
2010
Tıbbi BiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASUMAN SUNGUROĞLU
- Kronik böbrek yetersizliği olan hastalarda CYP3A4 enzim aktivitesinin epigenetik düzenlenmesi
Epigenetic regulation of CYP3A4 enzyme in patients with chronic renal failure
NERGİS KILIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEHER KARSLI ÇEPPİOĞLU