Geri Dön

Site-saturation mutagenesis of crucial residues in NAD+/NADP+ specificity of formate dehydrogenase from candida methylica

Candida methylica format dehidrogenaz?ın NAD+/NADP+ spesifitesi için kritik bölgelerin bölge saturasyon mutagenezi

PDF İndir

  1. Tez No: 251027
  2. Yazar: GÜLŞAH PAR
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 77

Özet

Bu çalışmada, Candida methylica format dehidrogenaz enziminin NADP+ koenzimine karşı aktivitesinin arttırılması amacıyla proteinlerin yeniden dizayn edilmesinde kullanılan yönlendirilmiş evrim metodlarından bölge-saturasyon mutagenez yöntemi kullanılmıştır. Koenzim bağlama bölgesinde koenzim spesifitesinden sorumlu bölgeler, Pseudomonas. sp.101 ve Candida boidinii FDH kristal yapılarına dayanarak Insight II (Accelrys) programı ile oluşturulan cmFDH homoloji modeli ile belirlenmiştir. Belirlenen D195, Y196 ve Q197 bölgelerine dejenere primerler ile bölge-saturasyon mutagenezi uygulanmış ve mutant kütüphaneleri oluşturulmuştur. Etkili mutantlar, kolorimetrik taramama metoduyla belirlenmiştir. Taranan yaklaşık 400 koloniden 27 birey NADP+ koenzimine karşı aktivite göstermiştir. Bu sonuçlar, belirlenen bölgelerin NAD(P)+ spesifitesinde önemli bölgeler olduğunu göstermiştir, ayrıca NADP+-spesifik cmFDH geliştirilmesinde umut verici olmuştur.

Özet (Çeviri)

In this project, we used site saturation mutagenesis, which is a technique using a directed evolution approach to redesign of proteins to improve the KM of Candida methylica FDH towards NADP+. In the coenzyme binding domain, the amino acid residues which are responsible for the coenzyme specificity were determined by using Insight II (Accelrys) program on a homology model of cmFDH based on Pseudomonas. sp.101 and Candida boidinii FDH crystal structure. Site saturation mutagenesis with degenerate primers to the determined residues D195, Y196, Q197 was applied and mutant libraries were constructed. The efficient mutants have been screened by using colorimetric screening assay. 27 candidates have shown activity towards NADP+ from nearly 400 screened colonies. These results reveal that, these residues are important in controlling the cofactor specificity of formate dehydrogenases, and promising for developing NADP+-dependent cmFDH enzyme.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    610371

    Protein engineering applications on industrially important enzymes

    Endüstriyel öneme sahip enzimlerin protein mühendisliği uygulamaları

    GÜLŞAH ÖZGÜN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  2. Tez No

    329618

    Theileria annulata'nın enolaz enzimini kodlayan genin intronsuz olarak klonlanması, enzimin ifade edilmesi, saflaştırılması ve kinetik karakterizasyonu

    Cloning of enolase gene without intron, expression, purification and kinetic characterization of the enzyme from Theileria annulata

    EBRU ÇAYIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyokimyaYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK BALIK

  3. Tez No

    166997

    Analysis of self-processing mechanism of galactose oxidase by site-directed mutagenesis and heterologous expression in Escherichia coli

    Galaktoz oksidazın kendini işleme mekanizmasının alan-hedefli mutajenezle analizi ve Escherichia colide heterolog ekspresyonu

    BURÇAK GENÇER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL

    PROF. DR. MİCHAEL MCPHERSON

  4. Tez No

    654125

    Gossypium hirsutum format dehidrogenaz enzimi üzerine bölge doygunluk mutasyonu uygulamaları

    Site saturation mutagenesis applications on Gossypium hirsutum formate dehydrogenase enzyme

    KÜBRA ATİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMEL ORDU

  5. Tez No

    342757

    Saturation mutagenesis of Toluene/o-Xylene Monooxygenase at alpha subunit residues F176, F196 and Q204 for the regiospecific hydroxylation of aromatics

    Toluen/o-Ksilen Monooksijenazın alfa altbirim F176, F196 ve Q204 pozisyonlarının aromatiklerin hidroksilasyonu için saturasyon mutagenezi

    BURCU SÖNMEZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyoteknolojiFatih Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL SCHARA

Geri Dön