Vankomisinin bağlanma modunun teorik olarak hesaplanması
A theoretical study of binding mode of vancomycin
- Tez No: 255016
- Danışmanlar: PROF. DR. NECMETTİN PİRİNÇÇİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 50
Özet
Moleküler dinamik simülasyonları (amber v9) ile vankomsinin N-Ac-D-Ala-D-Ala, N-Ac-D-Ala ve asetat ligantları ile oluşturdukları komplekslerin bağlanma enerjileri ve moleküler tanıma özellikleri bulundu. Ayrıca moleküler dinamik simülasyon ile desteklenmiş MM-PBSA yardımıyla vankomsinin N-Ac-D-Ala-D-Ala, N-Ac-D-Ala ve asetat ligantları ile oluşturdukları komplekslerin bağlanma serbest enerji değerleri sırasıyla -24.68 kcal mol-1, -17.10 kcal mol-1 ve -17.70 kcal mol-1 olarak hesaplandı. Hesaplamalar sonucu elde edilen sonuçlar literatürdeki değerlerle mukayese edilebilir seviyede olup bu yöntemlerin bu tür sistemler için güvenilir neticeler verebileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
The binding mode and the complex ability of vancomycin against the analogue of peptidogylcons, N-Ac-D-Ala-D-Ala, and N-Ac-D-Ala and acetate were studied by molecular dynamic calculations and MM-PBSA. The calculations produce similar binding mode and recognition cites for the complexes of vancomycin with ligands compared to the experimental results in literatures. The binding free energies (?Gbind) obtained from MM-PBSA calculations are -24.68 kcal mol-1, -17.10 kcal mol-1 and -17.70 kcal mol-1 for N-Ac-D-Ala-D-Ala, and N-Ac-D-Ala and acatate, respectively. These are quite comparable to experimental ones if one ignores the overestimation of binding energies of charged species by MM-PBSA since the method utilizes the continuum solvation model and ignores solute-solvent interactions . So the results prove that the method is reliable for predictions of binding energies of similar systems.
Benzer Tezler
- Deniz suyundan izole edilen enterokok suşlarının virulans faktörlerinin incelenmesi
Investigation of virulence factors of enterococci strains isolated from sewater
İPEK ADA
- Statistical analysis of the inhibitory effects of lactoferrin against multi-drug resistant pathogens
Laktoferrinin çoklu ilaç dirençli patojenlere karşı inhibitör etkisinin istatistiksel analizi
ASAAD KAREEM HASAN HASAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EFEHAN ULAŞ
- Yenidoğanlarda antibiyotik toksisitesinin yakın kızılötesi spektroskopi ile değerlendirilmesi
Evaluation of antibiotic toxicity by near infrared spectroscopy in neonates
ÖZHAN AKYOL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UMUT SELDA BAYRAKCİ
- Vankomisine dirençli enterococcus faecium klinik izolatlarında crıspr-cas sistemi kullanılarak, glikopeptid direnci ile ilgili gen düzenlenmesinin yapılması
Gene editing of glycopeptide resistance in vancomycin-resistant enterococcus faecium clinical isolates using the crispr-cas system
GÜLŞEN GÜNEL
Doktora
Türkçe
2024
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Korneal kollajen çapraz bağlama tedavisinin deneysel bakteriyel keratit modelindeki etkisinin araştırılması ve topikal antibiyotik tedavisi ve kombine tedavi ile karşılaştırılması
Investigation of the effects of corneal collagen cross-linking treatment on an experimental bacterial keratitis model and comparison of topical antibiotic treatment with the combined treatment
BEGÜM BULAM KILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Göz HastalıklarıBaşkent ÜniversitesiCerrahi Tıp Bilimleri Bölümü
PROF. DR. DİLEK DURSUN ALTINÖRS