Vankomisinin bağlanma modunun teorik olarak hesaplanması
A theoretical study of binding mode of vancomycin
- Tez No: 255016
- Danışmanlar: PROF. DR. NECMETTİN PİRİNÇÇİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 50
Özet
Moleküler dinamik simülasyonları (amber v9) ile vankomsinin N-Ac-D-Ala-D-Ala, N-Ac-D-Ala ve asetat ligantları ile oluşturdukları komplekslerin bağlanma enerjileri ve moleküler tanıma özellikleri bulundu. Ayrıca moleküler dinamik simülasyon ile desteklenmiş MM-PBSA yardımıyla vankomsinin N-Ac-D-Ala-D-Ala, N-Ac-D-Ala ve asetat ligantları ile oluşturdukları komplekslerin bağlanma serbest enerji değerleri sırasıyla -24.68 kcal mol-1, -17.10 kcal mol-1 ve -17.70 kcal mol-1 olarak hesaplandı. Hesaplamalar sonucu elde edilen sonuçlar literatürdeki değerlerle mukayese edilebilir seviyede olup bu yöntemlerin bu tür sistemler için güvenilir neticeler verebileceğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
The binding mode and the complex ability of vancomycin against the analogue of peptidogylcons, N-Ac-D-Ala-D-Ala, and N-Ac-D-Ala and acetate were studied by molecular dynamic calculations and MM-PBSA. The calculations produce similar binding mode and recognition cites for the complexes of vancomycin with ligands compared to the experimental results in literatures. The binding free energies (?Gbind) obtained from MM-PBSA calculations are -24.68 kcal mol-1, -17.10 kcal mol-1 and -17.70 kcal mol-1 for N-Ac-D-Ala-D-Ala, and N-Ac-D-Ala and acatate, respectively. These are quite comparable to experimental ones if one ignores the overestimation of binding energies of charged species by MM-PBSA since the method utilizes the continuum solvation model and ignores solute-solvent interactions . So the results prove that the method is reliable for predictions of binding energies of similar systems.
Benzer Tezler
- Investigation of mutations in penicillin binding proteins in vancomycin-resistant enterococci and development of new ınhibitors as drug alternatives
Vankomisine dirençli enterokoklarda penisilin bağlayan proteinlerdeki mutasyonlarin araştirilmasi ve ilaç alternatifi olarak yeni inhibitörlerin geliştirilmesi
NEŞE ÇAĞLAYAN
Doktora
İngilizce
2024
BiyoteknolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMedikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP KANLIDERE
- Deniz suyundan izole edilen enterokok suşlarının virulans faktörlerinin incelenmesi
Investigation of virulence factors of enterococci strains isolated from sewater
İPEK ADA
- Antibiyotiklerin staphylococcus hominis klinik izolatları üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation the effects of antibiotics on staphylococcus hominis clinical isolates
SEMİH YALÇINÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU EMİNE TEFON ÖZTÜRK
- Çinko oksit nanoparçacıklar: Yeşil sentezi ve nükleer yöntemlerle antikanser potansiyelinin değerlendirilmesi
Zinc oxide nanoparticles: Green synthesis and evaluation of anticancer potential by nuclear methods
DUYGU TUĞÇE BARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
KimyaEge ÜniversitesiNükleer Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAZİLET ZÜMRÜT BİBER MÜFTÜLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE UYGUR
- Statistical analysis of the inhibitory effects of lactoferrin against multi-drug resistant pathogens
Laktoferrinin çoklu ilaç dirençli patojenlere karşı inhibitör etkisinin istatistiksel analizi
ASAAD KAREEM HASAN HASAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EFEHAN ULAŞ