The phylogenetic analysis of Pinus nigra Arnold subspecies pallasiana varieties with respect to non-coding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Pinus nigra Arnold alt tür pallasiana varyetelerinin filogenetik analizi
- Tez No: 255307
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Pinaceae ailesinin yarısından çoğunu kuzey yarımkürenin vejetasyonunun büyük bir bölümünü kapsayan Pinus cinsi oluşturmaktadır. Pinus cinsi içinde Pinus nigra türü Türkiye' nin büyük bölümünde bulunmaktadır. Avrupa karaçamının bir alt türü olan Anadolu karaçamı (Pinus nigra Arnold subspecies pallasiana) Torosların orta yükseltilerinde, Türkiye' nin batı ve kuzey Anadolu dağlarında doğal olarak yaygındır. Anadolu karaçamının 5 varyetesi bulunmakla birlikte iyi bilinen 3 varyetesi vardır. Bunlar, Pinus nigra alttür pallasiana var. pallasiana, Pinus nigra Arnold alttür pallasiana var. pyramidata (primidal karaçam, ?Ehrami Karaçam?), ve Pinus nigra Arnold alttür pallasiana var. şeneriana (?Ebe Karaçamı?).Bu amaçla tür içinde ve kloroplast DNA' nın kodlanmayan trn bölgesi üzerinde 3 farklı takson (iyi bilinen 3 varyete) örneklenmiştir. Bunlar Pinus nigra Arnold alttür pallasiana, Pinus nigra Arnold alttür pallasiana var. pyramidata ve Pinus nigra Arnold alttür pallasiana var. şeneriana. Anadolu karaçamı varyete bakımından incelenmiştir. Ayrıca hangi bölgenin daha çeşitli olduğunu belirlemek için 3 tane trn bölgesi incelenmiştir. Bu çalışmadaki bütün moleküler analizler MEGA versiyon 4.0 ve Arlequin 2.000 yazılımlarıyla yapılmıştır.Çalışılan trn bölgeleri ve parsimonik bölgelere göre 3 Anadolu karaçamı taksonunun genetik çeşitliliğini göz önüne alırsak, sonuçlar şunu göstermiştir ki P. nigra alttür pallasiana var seneriana diğer iki taksona göre daha polimorfiktir. Ayrıca trn zincirlerindeki farklılıklar karşılaştırıldığında en uzak taksonun P. nigra subp pallasiana var pyramidata olduğu gösterilmiştir.Kurulan filogenetik ağaçta, P.nigra subsp pallasiana var pyramidata bireylerinin bir grup oluşturduğu gözlemlenmiştir. Fakat diğer taksonlar yayılmış bir dağılım göstermiştir. Bu sonuç var pyramidata`nın en farklı takson olduğunu göstermektedir.Yapılan bu çalışmaya göre P. nigra alttür palasiana var pallasiana ile diğer iki varyeteler arasında belirgin bir türleşme yoktur. FarklılıklarınAnadolu karaçamının büyümesi ve şekil almasında görev alan genlerde meydana gelen muhtemel mutasyonların sonucunda olduğu söylenebilir.
Özet (Çeviri)
More than half of the Pinaceae is including in genus Pinus covers the large parts of vegetation of northern hemisphere. The Anatolian Black Pine is one of the subspecies of European Black Pine, growing naturally as a widespread mid elevation species of Taurus, western Anatolian and northern Anatolian Mountains of Turkey.Although it is disputed that there are 5 varieties of Anatolian black pine but three of these are well recognized. These are Pinus nigra subsp. pallasiana var. pallasiana, Pinus nigra Arnold subsp. pallasiana var. pyramidata (pyrimidal black pine) and Pinus nigra Arnold subsp. pallasiana var. seneriana.To determine the genetic relationship between Anatolian black pine and its well recognized varieties, 3 different taxa of Anatolian black pine (well recognized varieties) were sampled in the natural range of species and non-coding trn regions of chloroplast DNA (cpDNA) were sequenced to assess the genetic structure of the species. Three sectors of trn region were examined.Analysis was assessed with using MEGA version 4.0 and Arlequin 2.000 softwares.Considering genetic diversity of three Anatolian black pine taxa with respect to trn regions and parsimonic sites, the result showed that P. nigra subsp pallasiana var seneriana was more polymorphic than other two taxa. Also, the most distant taxon that show differences in trn sequences when compared to other taxa was P. nigra subp pallasiana var pyramidata.The constructed phylogenetic tree showed that individuals of P.nigra subsp pallasiana var pyramidata were grouped together. However, other two taxa showed a dispersed allocation in the tree. This result indicates that var pyramidata was the most distant taxon.According to present study, there is no clear speciation between varieties and var pallasiana. The differences between them may be a result of mutation which may have occured in the genes coding for growth and form of Anatolian black pine.
Benzer Tezler
- The phylogenetic analysis of Picea orientalis populations from Northeastern Turkey with respect to non-coding trn and matK regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn ve matK bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Kuzeydoğu Anadolu'daki Picea orientalis populasyonlarının filogenetik analizi
ALİ MURAT GÜLSOY
- Molecular phylogenetics of Turkish abies (Pinaceae) species based on matK gene regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki matK gen bölgesinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarlarının filogenetik analizi
MEVLÜDE ALEV ATEŞ
- Molecular phylogenetic position of Turkish abies (Pinaceae) based on noncoding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarının filogenetik analizi
FUNDA ÖZDEMİR DEĞİRMENCİ
- Türkiye'nin Akdeniz Bölgesi'nde Kızılçam (Pinus brutia Ten.) ormanlarında dağılış gösteren Calosoma sycophanta L. (Coleoptera, Carabidae)'nın populasyon yapısının moleküler ve geometrik morfometrik yöntemlerle incelenmesi
Population genetics and geometric morphometrics of Calosoma sycophanta L. (Coleoptera, Carabidae) distributed inPinus brutia Ten. forests of the Mediterranean Region of Turkey
İSMAİL BURAK KARACEYLAN
Doktora
Türkçe
2020
BiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALİ TABUR
DOÇ. DR. İSMAİL ŞEN
- Comparative sequence analysis of the internal transcribed spacer 2 region of Turkish red pine (Pinus brutia ten.) and natural aleppo pine (Pinus halepensis mill.) populations from Turkey
Türkiye kızılçam (Pinus brutia ten.) ve halep çamı (Pinus halepensis mill.) populasyonlarında İTS-2 bölgesinin karşılaştırmalı dizi analizi
CANSU ÖZGE TOZKAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ZEKİ KAYA