Functional analysis of a mirna putatively involved in powdery mildew disease susceptibility in barley
Arpada külleme hastalığı oluşumunda görev aldığı varsayılan bir mirna?nın fonksiyonel analizi
- Tez No: 255647
- Danışmanlar: PROF. MAHİNUR S. AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
Arpa Turkiye'deki en önemli tahıllardan biridir ve arpa verimini düşüren külleme etkeni en yaygın patojendir. Bu problem karşısında ziraat mühendisleri çözüm olarak ıslah teknolojilerine başvurarak dirençli arpa türlerini seçer ve çoğaltırlar. Fakat bu kalıcı bir çözüm sunmaz çünkü patojen bitki direçliliğini yenmek için hızla evrilimektedirler. Moleküler bitki patalogları, ürün kaybına yönelik uzun vadeli çözümler üretmek için moleküler yöntemler kullanarak bitki-patojen ilişkisinin altındaki temel mekanizmaları anlamak için çalışırlar.Bu çalışmada, miR159 aracılığıyla arpa GAMyb transkripsiyon faktör regulasyonu sunulmuştur. Külleme patojeni inokulasyonundan değişik zamanlarda alınan örneklerle yapılan mikrodizin sonuçlarına göre, miR159'un expresyon seviyesi önemli bir farklılık göstermiştir. Biyoinformatik analizler sayesinde miRNA159'un arpada GAMyb genini hedeflediği ortaya çıkmıştır. Bu ilişkiyi araştırmak için hem hedef hem de miRNA Gateway klonlama yöntemi ile GFP içeren expresyon vektörlerine klonlanıp, Agrobakteriyum aracılıgıyla Nicotiana benthamiana'ya (tütün bitkisi) transfer edilmişlerdir. GFP ile yapılan gözlemlere göre miRNA159'un in vivo olarak GAMyb'yi hedefleyerek bu genin anlatımını düşürdüğü saptanmıştır.Bu çalışma iki yönden önemli bir çalışma olarak değerlendirilebilinir; (i) bu, varsayılan bir arpa miRNAsının fonksiyonunu biyolojik yönden öne koyan ve (ii) aynı zamanda oldukça pratik ve kullanışlı moleküler tekniklerin uygulandığı bir çalışmadır.
Özet (Çeviri)
Barley is one of the most important crop species in Turkey and powdery mildew is one of the most common pathogen decreasing yield in barley. For this problem, agricultural biologists apply breeding technologies in order to select and propagate resistant barley cultivars. However, this is not a permanent solution since pathogens evolve rapidly to overcome plant resistance mechanisms. On the other hand, molecular plant pathologists are trying to understand basic mechanisms underlying plant-pathogen interactions by using molecular tools in order to develop long term solutions for preventing yield loss.In this thesis, miR159 mediated regulation of barley GAMyb transcription factor is studied. According to microRNA microarray results regarding to infection with powdery mildew pathogen Blumeria graminis f.spp hordei (Bgh) at different time points, miR159 expression level showed significant differences. Bioinformatics analysis revealed that miRNA159 targets GAMyb gene in barley. In order to investigate this relationsh?p, both miRNA and miRNA target were cloned into GFP containing expression vectors through Gateway cloning and resulting vectors were transformed into Nicotiana benthamiana through Agrobacterium mediated gene transfer. Observations based on GFP expression showed that miRNA159 targets and decreases the expression of GAMyb in vivo.To conclude, this study can be evaluated as a distinctive study for two aspects; (i) it is the first study assessing a ?putative? barley miRNA function biologically and (ii) developed a practical and effective functional assay for miRNA studies in plants.
Benzer Tezler
- Kronik hepatit C enfeksiyonunda rol oynayan hücreler arası mikroRNA'ların saptanması
Investigation of circulating microRNAs playing role in chronic hepatitis C infection
SARA ALTUNTAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Hepatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYİ
- Ewing sarkoma'da yeni metastaz biyomarkırları'nın tespit edilmesi
Identification of new metastatic biomarkers in ewing sarcoma
ESRA GÜZEL
- İn vitro endokondral kemikleşme sürecinde Natriüretik peptid reseptör-B (NPR-B) ve C-tipi natriüretik peptid (CNP) Ekspresyon ve fonksiyonlarının incelenmesi
Analysıs of the expressıon and functıon of Natrıuretıc peptıde receptor-B (NPR-B) and C-type natrıuretıc peptıde (CNP) Durıng the process of endochondral ossıfıcatıon
TÜLAY ALAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Histoloji ve EmbriyolojiPamukkale ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET ÇEVİK TUFAN
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN
- Investigation of the effect of ATP13A2 (PARK9) frameshift mutation on the protein function
ATP13A2 (PARK9) çerçeve kayması mutasyonunun protein fonksiyonuna etkisinin incelenmesi
KORAY KIRIMTAY
Doktora
İngilizce
2021
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ