Karaciğer fibrozisinin evrelendirilmesinde proteomiks analizi ile yeni biyomarkerların araştırılması
Searching for novel biomarkers in determination of the stages of liver fibrosis by using proteomic analysis
- Tez No: 256330
- Danışmanlar: PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Hepatik fibroz, sindirim sistemi hastalıkları arasında ölümün en sık görülen nedenidir ve sirozun gelişimi ile birlikte ilerleyen, farklı etiyolojilerdeki birçok kronik karaciğer hastalıklarının bir özelliğidir. Kronik karaciğer hastalığı olan olgularda karaciğer dokusundaki fibrozis varlığının ve miktarının değerlendirilmesi; tedavi stratejisini, tedaviye yanıtı ve prognozu belirleyen en önemli etkendir. Bu çalışmanın amacı karaciğer fibrozisinin evrelendirilmesinde proteomik analiz ile yeni biyolojik belirteçlerin araştırılmasıdır.Toplam 30 kronik HBV ve 57 kronik HCV infeksiyonu kanıtlanmış toplam 87 hasta serumu ve 32 sağlıklı kontrol analiz edilmiştir. Hastalardan alınan karaciğer biyopsi örnekleri METAVIR skorlama sistemine uygun olarak evrelendirildi. Buna göre, 24 hasta F0, 22 hasta F1, 10 hasta F2, 8 hasta F3 ve 23 hasta F4 olarak evrelendirilmiştir. Serum proteinleri IMAC30 (bakır) ve CM10 ProteinÇip dizinlerinde çalışılmış ve SELDI (?Surface-Enhanced Laser Desorption/Ionization?) ProteinÇip Sistem 4000 kütle spektrometrisinde (MS) analiz edilmiştir. Data analizinde ?Ciphergen Express software?, versiyon 3.0.1. ve ?Biomarker Patterns software? versiyon 5.0 (Ciphergen Biosystems) kullanılmıştır.Biomarker Patterns software, versiyon 5.0 (Ciphergen Biosystems) ile oluşturulan karar ağaçları ile çoklu belirteç panelleri hafif (F0,F1,F2) ve ileri evre fibrozisi (F3, F4) tanımlamıştır. F4 evresi ile karşılaştırıldığında diğer tüm fibrozis evreleri arasında ayırt edici protein pikleri bulunmuştur. Sağlıklı kontrol ile karşılaştırıldığında F0 ve F1 evreleri arasında ve F0 ile F1 arasında ayırt edici pik bulunamamıştır.Ülkemizde ilk defa SELDI-TOF MS ile yapılan bu çalışma bu teknolojinin karaciğer fibrozisinin evrelendirilmesinde uygulanabilir bir teknoloji olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın sonuçlarına göre hafif fibrozlu evreler için ayırt edici proteomik özellik bulunamamış ancak hafif ve ileri evre fibrozis grupları için ayırt edici özellikler bulunmuştur. Ayrıca siroz hastaları diğer fibrozis evreleri ve sağlıklı kontroller ile karşılaştırıldığında ayırt edici protein profili vermiştir.
Özet (Çeviri)
Hepatic fibrosis is a common feature of many chronic liver diseases of different etiologies that could lead to cirrhosis. The accurate assessment of the presence and severity of liver fibrosis is of paramount importance in determining treatment strategies, response to treatment, and prognosis in patients with chronic liver disease. The aim of this study was to investigate potential proteomic biomarkers for assessing the hepatic fibrosis using proteomic analysis.Serum samples of 87 patients with chronic liver disease (57 chronic hepatitis C, 30 chronic hepatitis B) with histological diagnosis and 32 healthy controls were analyzed. Serum samples of patients were collected on the same day the liver biopsy was performed. All liver biopsies were analyzed by the same pathologist, and fibrosis was assessed using the METAVIR index, which revealed F0 fibrosis in 24, F1 in 22, F2 in 10, F3 in 8 and F4 in 23 patients. Serum proteins were profiled on both IMAC30 copper and CM10 ProteinChip array types and analyzed using surface-enhanced laser desorption/ionization (SELDI) ProteinChip System 4000 Mass spectrometer. The comparison between mild fibrotic and severe fibrotic patients was performed using tree classification (cross-validation) depending on peak intensity with the Biomarker Patterns software, version 5.0 (Ciphergen Biosystems).Some SELDI proteomic features were found to be discriminative for mild (F0,F1,F2) vs. severe fibrosis (F3,F4). None of the proteomic features of healthy control serum profiles were found to be discriminatory when compared to those of patients with F0 and/or F1 fibrosis. No statistically significant discriminatory peak was evident between F0, F1 and F2 fibrosis.SELDI-TOF MS technology is a feasible approach for the discovery of potential biomarkers for assessing liver fibrosis. The results of this study reveal discriminatory peaks between protein profiles of cirrhotic patients and other stages of liver fibrosis and healthy controls, indicating that potential biomarkers among the proteins that are differentially expressed can be notably determined for staging mild and severe fibrosis.
Benzer Tezler
- Karaciğer fibrozisini değerlendirmede kullanılan APRI skoru, shear wave elastografi ve karaciğer biyopsi sonuçlarının karşılaştırmalı analizi
Comparative analysis of APRI score, shear wave elastography and liver biopsy results used to evaluate liver fibrosis
GÖKHAN ASLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GastroenterolojiOndokuz Mayıs Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TALAT AYYILDIZ
- Kronik hepatit B enfeksiyonlu çocuklarda karaciğer fibrozisinin noninvaziv tanı metodları ile değerlendirilmesi
Noninvasive diagnostic methods for liver fibrosis in children with chronic hepatitis B infection
FERDA DOĞAN BOZYİĞİT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
BiyokimyaCelal Bayar ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ECE ONUR
- Karaciğer fibrozisinin niceliksel değerlendirmesinde dijital görüntü incelemesi ve histopatolojik evrelemeler ile ilişkisi
A quantitative assessment of digital image analysis to measure fibrosis in liver biopsy specimens and relationship to knodell and ishak histopathological stagings
ENDER GÜNEŞ YEĞİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
GastroenterolojiMarmara ÜniversitesiGastroenteroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN CAVİT ÖZDOĞAN
- Karaciğer fibrozisinin tespiti, evrelemesi ve özefagus varis tahmininde karaciğer ve dalak MR elastografi ile T1/T2 haritalama yöntemleri
Liver and spleen MR elastography and T1, T2 mapping for the detection and staging of liver fibrosis and estimation of esophageal varices
GÖKHAN MERT ÖZYURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GastroenterolojiMersin ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAAN ESEN
- Karaciğer fibrozisinin değerlendirmesinde difüzyon ağırlıklı sanal Manyetik Rezonans Elastografi ve Ultrason Elastografi
Evaluation of liver fibrosis diffusion weighted virtual Magnetic Resonance Elastography and Ultrasound Elastography
MUSTAFA ARDA ONAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Radyoloji ve Nükleer TıpOndokuz Mayıs ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM NURAL