Geri Dön

PCR-DGGE tekniği ile kefir mikroflorasındaki laktik asit bakterilerinin tanımlanması

Identification of lactic acid bacteria isolated from kefir microflora by PCR-DGGE method

PDF İndir

  1. Tez No: 256442
  2. Yazar: NAZİFE KAÇMAZ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ZÜLAL KESMEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Kefir, Laktik Asit Bakterisi, PCR-DGGE, 16S rDNA, Kefir, Lactic Acid Bacteria, PCR-DGGE, 16S rRNA
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 90

Özet

Kefir beslenme ve sağlık üzerindeki olumlu etkileri her geçen gün daha iyi anlaşılan fermente bir süt ürünüdür. Kefirin karakteristik özellikleri ve sağlık üzerindeki etkilerinin mikroflora kompozisyonuna bağlı olduğu anlaşılmıştır. Ancak bu floranın sabit olmayıp birçok faktöre bağlı olarak az ya da çok değişebildiği belirtilmektedir. Bu nedenle öncelikle kefir mikroflorasının detaylı olarak ortaya konulması, kefirle ilgili araştırmalarda kritik önem arz etmektedir.Fermente ürünlere özgü nitelikleri kazandıran mikroorganizmaların tanımlanması amacıyla yoğun araştırmalar yapılmakta ve DNA'ya dayalı tanımlama teknikleri, özellikle Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) bu ürünlerin karmaşık mikroflorasınının tanımlanmasında yaygın olarak kullanılmaktadır.Bu araştırmada farklı üniversitelerden sağlanan kefir taneleri ve piyasadan temin edilen farklı marka kefirlerin laktik asit bakteri profili, PCR-DGGE ve 16S rRNA tam sekans analizi ile kullanılarak incelenmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında kefir ve kefir tanelerinden direkt olarak DNA izole edilerek PCR-DGGE analizine tabi tutulmuş ve sonuçta Lactobacillus kefiranofaciens, Aeromonas media, (Lb. buchneri Lb. kefiri, Lb. sunkii, Lb. otakiensis), Streptoccocus. thermophilus, Lactococcus lactis, Lc. raffinolactis, Paenibacillus apiarius, Bacillus sp, Aeromonas hydrophila, Bifidobacterium, Lb. helveticus, Lb. jensenii olmak üzere 12 farklı bakteri tespit edilmiştir. İkinci aşamada ise, MRS ve M17 agar ortamında geliştirilen saf bakterilere ait DNA'ların 16S rRNA tam sekans analizi yapılmıştır. Tam sekans analizi sonucunda Lc. lactis, Leuconostoc mesenteroides, St. epidermidis, St. thermophilus, Leu. pseudomesenteroides, Lb. casei, Lb. kefiri, Pseudomonas sp, Acetobacter ghanensis, Lb. diolivorans, Lb. acidophilus olmak üzere toplam 11 adet farklı bakteri tespit edilmiştir.Sonuç olarak kefir ve kefir tanelerinin bakteriyel florasını tanımlamada PCR-DGGE oldukça güçlü bir teknik olmakla beraber sonuçların güvenilirliği ve ortamın gerçek bakteri profilinin ortaya çıkarılması için diğer moleküler tekniklerle birlikte kullanılmasının gerekli olduğu düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Kefir is a fermented diary product whose positive effect on nutrition and health are understood better day by day. It has been realized that Kefir?s characteristic features and effects on health depend on microflora composition. But it is also pointed out that this flora is not stable and changes more or less depending on a number of factors. Therefore, it is of paramaount importance that kefir?s microflora be described in detail in studies on kefir.Several studies are carried out in order to define the microorganisms that bring in the specific features of fermented products and definition techiques based on DNA especially Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) is commonly used in definition of the complicated microflora of these products.In this study, lactic acid bactery profiles, PCR-DGGE and 16S rRNA supplied from kefir grains from different universities and different kefir brands from the market were examined using full sequence analysis. In the first step of the study, DNA was directly isolated from kefir and kefir grains afterwards it was analysed consequently 12 different bacteries namely Lactobacillus kefiranofaciens, Aeromonas media, (Lb. buchneri Lb. kefiri, Lb. sunkii, Lb. otakiensis), Streptoccocus. thermophilus, Lactococcus lactis, Lc. raffinolactis, Paenibacillus apiarius, Bacillus sp, Aeromonas hydrophila, Bifidobacterium, Lb. helveticus, Lb. jensenii have been determined. In the second step full sequence analysis was carried out for 16S rRNA of DNAs belonging to pure bacteries cultivated in MRS and M17 agar medium. At the end of the full sequence analysis 11 different bacteries namely Lc. lactis, Leuconostoc mesenteroides, St. epidermidis, St. thermophilus, Leu. pseudomesenteroides, Lb. casei, Lb. kefiri, Pseudomonas sp, Acetobacter ghanensis, Lb. diolivorans, Lb. acidophilus were determined.Consequently PCR-DGGE is a quite reliable technique in defining the bacterial flora of kefir and kefir grains but it should be used with the other molecular techiques for the reliability of the results and for determining the real bacteria profile of the medium.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    352310

    Characterization of microbial community in lab-scale enhanced biological phosphorus removal reactors with fluorescence in situ hybridization

    Anoksik ortamda biyolojik fosfor giderimi yapan bakteri çeşitliliğinin floresan yerinde hibritleşme (fısh) tekniği ile incelenmesi

    MEHMET SEFA ULUTAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALPER TUNGA AKARSUBAŞI

  2. Tez No

    47499

    Cystic fibrosis in Turkey : Screening of mutations in the second nucleotide binding domain of the CFTR gene

    Türkiye'de kistik fibroz : CFTR geninin ikinci nükleotid-bağlanma bölgesini kodlayan mutasyonların taranması

    ÖZLEM TOPALOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1995

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    PROF.DR. BETÜL KIRDAR

  3. Tez No

    384433

    Pnömonili sığır akciğerlerinden mycoplasma'ların izolasyonu ve 16S RDNA PCR ve DGGE ile identifikasyonu

    Isolation and identification of mycoplasmas from pneumonic lungs of cattle by 16S RDNA PCR and DGGE

    MEHMET ALİ TÜRKYILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZU FUNDA BAĞCIGİL

  4. Tez No

    611358

    Zeytin ve elma sirkesi örneklerinin polimeraz zincir reaksiyon- denatüre edici gradyan jel elektroforez (PZR-DGJE) tekniğiyle mikrobiyotasının belirlenmesi

    Determination of olive and apple vinegar microbiota by polymerase chain reaction- denaturating gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) technique

    BURCU OKTAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyomühendislikSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYTÜL BAYRAKTAR SOFU

  5. Tez No

    329624

    İstanbul Büyükşehir Belediyesi Kemerburgaz Geri Kazanım ve Kompost Tesisi'nin fermentasyon alanlarında bakteri profilinin belirlenmesi

    Profiling of bacterial community in fermentation areas of Istanbul Metropolitan Municipalty Kemerburgaz Recovery and Compost plant

    VASFİYE ESRA ÖLMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Çevre MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BESTAMİN ÖZKAYA

    YRD. DOÇ. DR. DOĞAN KARADAĞ

Geri Dön