Rasyonel ve evolusyoner enzim dizaynı yolu ile iki (ß?)8 ?barrel enziminin katalitik aktivitelerinin değiştirilmesi
Interconverting the catalytic activities of two (ß?)8 ?barrel enzymes by rational and evolutionary design
- Tez No: 256912
- Danışmanlar: PROF. DR. AZMİ TELEFONCU, PROF. DR. REİNHARD STERNER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 187
Özet
TIM fıçı olarak da bilinen (ß?)8-fıçı, enzimlerin fonksiyon, stabilite ve evrimsel özelliklerinin anlaşılmasında mükemmel bir modeldir. Triptofan biyosentez yolundaki üç TIM fıçı, yapısal benzerlikleri ve korunmuş fosfat bağlanma bölgeleri nedeniyle ıraksak evrimle oluşmuş enzimlere en iyi örneklerdir. Yapısal benzerliklere dayanarak fosforibozil antranilat izomeraz (TrpF) ve bifonksiyonel triptofan sentaz ?-altbiriminin (TrpA) gen duplikasyonu ve farklılaşma sonucu ortak bir öncüden evrimleştikleri öne sürülmüştür.Bu çalışmada TrpA'ya TrpF aktivitesi kazandırılması için yönlendirilmiş evrim yaklaşımı kullanıldı. trpA geninde error-prone PCR veya DNA shuffling yöntemleri kullanılarak hazırlanan gen kütüphanelerinden in vivo komplementasyon yoluyla TrpF aktivitesine sahip varyantlar seçildi ve in vitro TrpF aktiviteleri belirlendi. TrpF'ye TrpA aktivitesi kazandırılması için rasyonel dizayn yoluyla belirlenen amino asit değişiklikleri gerçekleştirildi ve TrpF varyantının TrpA aktivitesi kazanıp kazanmadığı araştırıldı.
Özet (Çeviri)
The (ß?)8-barrel, which is also known as TIM barrel, is an excellent model to investigate the functional, stability, and the evolutionary properties of enzymes. Three TIM barrels in the tryptophan biosynthetic pathway are the clearest examples of divergently related enzymes because of the structural similarities and conserved phosphate binding sites. Based on the structural similarities, it has been postulated that phosphoribosylanthranilate isomerase and the ?-subunit of the bifunctional tryptophan synthase are descendants of a common ancestor from which they diverged by gene duplication and diversification.In this study, we used the directed evolution approach in order to establish TrpF activity on the protein scaffold of TrpA. In vivo complementation was used to select the variants with TrpF activity from the gene libraries, which were generated using error-prone PCR or DNA shuffling. In vitro TrpF activities of the variants were measured. For the establishment of TrpA activity on TrpF, the amino acid exchanges which were obtained from the rational design, were introduced. It was investigated whether TrpF variant gained TrpA activity.
Benzer Tezler
- Rasyonel ve irrasyonel ikiliğinin the Sandman grafik romanları bağlamında değerlendirilmesi
Evaluation of the rational and irrational duality in the context of the Sandman graphical novels
İREMCAN GÜNGÖR
Doktora
Türkçe
2022
İletişim BilimleriKocaeli Üniversitesiİletişim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ARSLANTEPE
- Rasyonel ve Maksimumlu Fark Denklemlerinin Çözümü
Rasyonel ve Maksimumlu Fark Denklemlerinin Çözümü
BURAK OĞUL
Doktora
Türkçe
2019
MatematikKırgızistan-Türkiye Manas ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAHREDDİN ABDULLAYEV
DOÇ. DR. DAĞISTAN ŞİMŞEK
- Rasyonel ve duygusal fayda bağlamında kriz iletişimi: Havacılık sektörü örneği
Crisis communication in the context of rational and emotional benefit: Case of aviation sector
EBRU NİLGÜN SERENGİL
Doktora
Türkçe
2023
Sivil HavacılıkMaltepe ÜniversitesiDisiplinlerarası İletişim Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BELİS GÜLAY
- Türkiye'de gelir idaresinin yeniden yapılandırılması çalışmaları ve dünya uygulamaları
Restructuring studies of revenue administration in Turkey and world implementations
FİKRET ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Kamu YönetimiAnkara ÜniversitesiKamu Yönetimi ve Siyaset Bilimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABUZER PINAR
- A study of Lebesgue constants in barycentric rational and multivariate polynomialinterpolation
Barycentric rasyonel ve çok değişkenli polinom interpolasyon yöntemleri içinLebesgue sabitleri üzerine bir çalışma
BAYRAM ALİ İBRAHİMOĞLU
Doktora
İngilizce
2013
MatematikUniversiteit AntwerpenMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ANNIE CUYT
PROF. DR. MUSTAFA BAYRAM