Geri Dön

Rasyonel ve evolusyoner enzim dizaynı yolu ile iki (ß?)8 ?barrel enziminin katalitik aktivitelerinin değiştirilmesi

Interconverting the catalytic activities of two (ß?)8 ?barrel enzymes by rational and evolutionary design

  1. Tez No: 256912
  2. Yazar: SERAP EVRAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AZMİ TELEFONCU, PROF. DR. REİNHARD STERNER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 187

Özet

TIM fıçı olarak da bilinen (ß?)8-fıçı, enzimlerin fonksiyon, stabilite ve evrimsel özelliklerinin anlaşılmasında mükemmel bir modeldir. Triptofan biyosentez yolundaki üç TIM fıçı, yapısal benzerlikleri ve korunmuş fosfat bağlanma bölgeleri nedeniyle ıraksak evrimle oluşmuş enzimlere en iyi örneklerdir. Yapısal benzerliklere dayanarak fosforibozil antranilat izomeraz (TrpF) ve bifonksiyonel triptofan sentaz ?-altbiriminin (TrpA) gen duplikasyonu ve farklılaşma sonucu ortak bir öncüden evrimleştikleri öne sürülmüştür.Bu çalışmada TrpA'ya TrpF aktivitesi kazandırılması için yönlendirilmiş evrim yaklaşımı kullanıldı. trpA geninde error-prone PCR veya DNA shuffling yöntemleri kullanılarak hazırlanan gen kütüphanelerinden in vivo komplementasyon yoluyla TrpF aktivitesine sahip varyantlar seçildi ve in vitro TrpF aktiviteleri belirlendi. TrpF'ye TrpA aktivitesi kazandırılması için rasyonel dizayn yoluyla belirlenen amino asit değişiklikleri gerçekleştirildi ve TrpF varyantının TrpA aktivitesi kazanıp kazanmadığı araştırıldı.

Özet (Çeviri)

The (ß?)8-barrel, which is also known as TIM barrel, is an excellent model to investigate the functional, stability, and the evolutionary properties of enzymes. Three TIM barrels in the tryptophan biosynthetic pathway are the clearest examples of divergently related enzymes because of the structural similarities and conserved phosphate binding sites. Based on the structural similarities, it has been postulated that phosphoribosylanthranilate isomerase and the ?-subunit of the bifunctional tryptophan synthase are descendants of a common ancestor from which they diverged by gene duplication and diversification.In this study, we used the directed evolution approach in order to establish TrpF activity on the protein scaffold of TrpA. In vivo complementation was used to select the variants with TrpF activity from the gene libraries, which were generated using error-prone PCR or DNA shuffling. In vitro TrpF activities of the variants were measured. For the establishment of TrpA activity on TrpF, the amino acid exchanges which were obtained from the rational design, were introduced. It was investigated whether TrpF variant gained TrpA activity.

Benzer Tezler

  1. Rasyonel ve irrasyonel ikiliğinin the Sandman grafik romanları bağlamında değerlendirilmesi

    Evaluation of the rational and irrational duality in the context of the Sandman graphical novels

    İREMCAN GÜNGÖR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    İletişim BilimleriKocaeli Üniversitesi

    İletişim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET ARSLANTEPE

  2. Rasyonel ve Maksimumlu Fark Denklemlerinin Çözümü

    Rasyonel ve Maksimumlu Fark Denklemlerinin Çözümü

    BURAK OĞUL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MatematikKırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi

    Matematik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FAHREDDİN ABDULLAYEV

    DOÇ. DR. DAĞISTAN ŞİMŞEK

  3. Rasyonel ve duygusal fayda bağlamında kriz iletişimi: Havacılık sektörü örneği

    Crisis communication in the context of rational and emotional benefit: Case of aviation sector

    EBRU NİLGÜN SERENGİL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Sivil HavacılıkMaltepe Üniversitesi

    Disiplinlerarası İletişim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BELİS GÜLAY

  4. Türkiye'de gelir idaresinin yeniden yapılandırılması çalışmaları ve dünya uygulamaları

    Restructuring studies of revenue administration in Turkey and world implementations

    FİKRET ÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Kamu YönetimiAnkara Üniversitesi

    Kamu Yönetimi ve Siyaset Bilimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ABUZER PINAR

  5. A study of Lebesgue constants in barycentric rational and multivariate polynomialinterpolation

    Barycentric rasyonel ve çok değişkenli polinom interpolasyon yöntemleri içinLebesgue sabitleri üzerine bir çalışma

    BAYRAM ALİ İBRAHİMOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    MatematikUniversiteit Antwerpen

    Matematik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ANNIE CUYT

    PROF. DR. MUSTAFA BAYRAM