Geri Dön

Rasyonel ve evolusyoner enzim dizaynı yolu ile iki (ß?)8 ?barrel enziminin katalitik aktivitelerinin değiştirilmesi

Interconverting the catalytic activities of two (ß?)8 ?barrel enzymes by rational and evolutionary design

PDF İndir

  1. Tez No: 256912
  2. Yazar: SERAP EVRAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AZMİ TELEFONCU, PROF. DR. REİNHARD STERNER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

TIM fıçı olarak da bilinen (ß?)8-fıçı, enzimlerin fonksiyon, stabilite ve evrimsel özelliklerinin anlaşılmasında mükemmel bir modeldir. Triptofan biyosentez yolundaki üç TIM fıçı, yapısal benzerlikleri ve korunmuş fosfat bağlanma bölgeleri nedeniyle ıraksak evrimle oluşmuş enzimlere en iyi örneklerdir. Yapısal benzerliklere dayanarak fosforibozil antranilat izomeraz (TrpF) ve bifonksiyonel triptofan sentaz ?-altbiriminin (TrpA) gen duplikasyonu ve farklılaşma sonucu ortak bir öncüden evrimleştikleri öne sürülmüştür.Bu çalışmada TrpA'ya TrpF aktivitesi kazandırılması için yönlendirilmiş evrim yaklaşımı kullanıldı. trpA geninde error-prone PCR veya DNA shuffling yöntemleri kullanılarak hazırlanan gen kütüphanelerinden in vivo komplementasyon yoluyla TrpF aktivitesine sahip varyantlar seçildi ve in vitro TrpF aktiviteleri belirlendi. TrpF'ye TrpA aktivitesi kazandırılması için rasyonel dizayn yoluyla belirlenen amino asit değişiklikleri gerçekleştirildi ve TrpF varyantının TrpA aktivitesi kazanıp kazanmadığı araştırıldı.

Özet (Çeviri)

The (ß?)8-barrel, which is also known as TIM barrel, is an excellent model to investigate the functional, stability, and the evolutionary properties of enzymes. Three TIM barrels in the tryptophan biosynthetic pathway are the clearest examples of divergently related enzymes because of the structural similarities and conserved phosphate binding sites. Based on the structural similarities, it has been postulated that phosphoribosylanthranilate isomerase and the ?-subunit of the bifunctional tryptophan synthase are descendants of a common ancestor from which they diverged by gene duplication and diversification.In this study, we used the directed evolution approach in order to establish TrpF activity on the protein scaffold of TrpA. In vivo complementation was used to select the variants with TrpF activity from the gene libraries, which were generated using error-prone PCR or DNA shuffling. In vitro TrpF activities of the variants were measured. For the establishment of TrpA activity on TrpF, the amino acid exchanges which were obtained from the rational design, were introduced. It was investigated whether TrpF variant gained TrpA activity.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    167715

    Bazı rasyonel fark denklemlerinin periyodikliği, çözümleri ve kararlılığı üzerine bir çalışma

    A study on periodicty and stability solutions of some rational difference equations

    TANER KUMCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Eğitim ve ÖğretimSelçuk Üniversitesi

    Y.DOÇ.DR. CENGİZ ÇINAR

  2. Tez No

    212355

    Rasyonel sayıların öğretimindeki hatalar ve alınması gereken tedbirler

    Diagnosing the errors in teaching rational numbers and taking the required measures

    RAMAZAN ÖZÇİFÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Eğitim ve ÖğretimSelçuk Üniversitesi

    İlköğretim Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HACI SULAK

  3. Tez No

    234392

    İlköğretim 7. sınıf öğrencilerinin matematik dersi rasyonel sayılar konusu ile ilgili hata ve kavram yanılgılarının analizi

    Analysis of mistakes and concept regarding the topic of rational numbers in mathematics lesson of the seventh class in the primary education

    RAMAZAN ALKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Eğitim ve ÖğretimGazi Üniversitesi

    İlköğretim Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. SEBAHAT YETİM

  4. Tez No

    478696

    Rasyonel sayılar ve rasyonel sayılarda işlemler konusunda ters-yüz sınıf uygulamasının etkileri

    The effect of the flipped classroom practice on the rational numbers and operations with rational numbers

    FİKRETCAN GÜÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Eğitim ve ÖğretimAmasya Üniversitesi

    İlköğretim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEZİBAN ORBAY

  5. Tez No

    576326

    Ortaokul 7. sınıf rasyonel sayılar konusunun öğretiminde kavram haritası kullanımının öğrencilerin akademik başarısına ve tutumuna etkisi

    The effect of concept map usage on the academic achievement and attitude of student's in teaching secondary school 7th grade rational numbers

    SEVGİ KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Eğitim ve ÖğretimFırat Üniversitesi

    Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA AYDOĞDU

Geri Dön