Geri Dön

Tek hücrede real time PCR ile beta talasemi mutasyonlarının tanımlanması

Detection of beta-thalassemia mutations in single cells by using real time PCR

  1. Tez No: 260162
  2. Yazar: BURAK DURMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FERDA ÖZKINAY
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Genetics, Molecular Medicine, Child Health and Diseases
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 155

Özet

Ülkemizde beta talasemi mutasyonu taşıyan yaklaşık 1,5 milyon kişi bulunmaktadır. Taşıyıcı ve hasta bireylerin hasta çocuğa sahip olmamaları için bir seçenek preimplantasyon genetik tanı (PGT) dır. PGT, embriyoların anne rahmine yerleştirilmeden önce genetik tanısı yapılarak sağlıklı embriyoların seçilmesi işlemidir. Blastomer ile çalışmadan önce diğer tek hücre kaynakları ile protokol test edilmelidir. Bu çalışmada, beta talasemi mutasyonu heterozigot olarak belirlenmiş 9 bireyden ve bileşik heterozigot olarak belirlenmiş 1 bireyden elde edilen periferik kandan, mikromanipülasyonla tek lenfositler elde edilmiş ve bu kişilerin anne, babaları ve 2 ailede 2 homozigot hasta bireyle beraber genotiplendirilmiştir. Beta globin gen bölgesi ile 3 adet gen içi ve 2 adet gen dışı polimorfik markırların multipleks PCR'ı uygulanmıştır. Bu markırlar, öncesinde 100 kişiden oluşan Türk populasyonu üzerinde incelenerek heterozigotluk oranları hesaplanmıştır. İkinci PCR, nested PCR olarak dizayn edilmiş olup, her mutasyona özgün farklı sentez ettirilmiş olan Light Cycler probları kullanılmıştır. Ayrıca ilk PCR'dan elde edilen ürünler sekans cihazında incelenerek kontaminasyon ve allel dropout incelenmiştir. D11S4891, D13S314, GABRB ve D11S2362 markırları için heterozigotluk oranları %74'ün üzerinde bulundu. Seçilen 10 birey için uygulanan tek hücre PCR'ında tüm hibridizasyon probları denendi; %98 amplifikasyon başarısı ve %1 ADO saptandı. Kontaminasyon gözlenmedi. Çalışmaya alınan tüm bireylerin genotiplendirmesi başarıyla yapıldı. Bu çalışmayla elde edilen bilgi ve deneyimler, ileriki dönem tek hücre çalışmalarına ışık tutacaktır.

Özet (Çeviri)

In our country, the number of the beta-thalassemia carriers has been estimated as 1,5 million. Preimplantation genetic diagnosis (PGD) is one of the options for the carriers and beta thalassemia patients to have a healthy child. PGD is defined as the selection of the healthy embrios by genetic testing prior to implantation. The protocol has to be tested with other sources of single cells before working with blastomeres. In this study, blood obtained from heterozygotes / compound heterozygotes for beta thalassemia are used to isolate a single lymphocyte by micromanipulation. In this study, blood samples obtained from 9 patients with known heterozygote mutation and 1 with known compound heterozygote mutation were used to isolate single lymphocytes. The lympocytes, the parents of the probands and 2 children with homozygous mutation in 2 families were genotyped. Multiplex PCR including the beta globin gene region, 3 linked and 2 unlinked polymorphic markers was done. These markers were tested on 100 people from Turkish population for the calculation of heterozygosity rates. Second PCR was designed as nested PCR and seperate Light Cycler hybridization probes were used for each set of mutations. Besides, first PCR products were analyzed in the sequencer for contamination and allele dropout. The heterozygosity rates of D11S4891, D13S314, GABRB and D11S2362 markers ranged between 74% and 85%. All the hybridization probe sets were used in the selected 10 probands. An amplification efficiency rate and ADO rate were 98% and 1% respectively. No contamination was observed. The genotyping was successful for all the volunteers enrolled in the study. The knowledge and experince gathered from this study will light on further studies including PGD.

Benzer Tezler

  1. Development of single cell genetic testing strategies: Assessment of MHC compatibility, meiotic recombinations and beta-thalassemia in human embryos

    Tek hücrede genetik test yöntemlerinin geliştirilmesi: İnsan embriyolarında MHC uyumu, mayotik rekombinasyon ve beta-talasemi incelemesi

    FULYA TAYLAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ENDER ALTIOK

    PROF. DR. NEŞ'E BİLGİN

  2. Analysis of MEFV gene alternatively spliced transcripts expression patterns in cell culture models

    Hücre kültürü modellerinde MEFV geni alternatif kırpılmış transkriptlerinin ekspresyon modellerinin analizi

    İREM ABACI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI

  3. U-937 ve THP-1 hücrelerinin diferansiyasyonu ve polarizasyonunda SIK genlerinin rolü

    Role of SIK genes in differentiation and polarization of U-937 and THP-1 cells

    YASEMİN SEZİKLİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyokimyaOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALİ OKUYUCU

  4. Doksorubisin kardiyotoksisitesinde oluşan nekrotik hasarda P53 geninin rolü

    The role of P53 gene in necrotic damage of doxorubicin cardiotoxicity

    MERYEM ŞEYDA KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Eczacılık ve FarmakolojiDicle Üniversitesi

    Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL ERDİNÇ

  5. Proteozom inhibitörü bortezomib ve topoizomeraz inhibitörleri camptothesin ve etoposidin myeloid lösemi hücre hatlarında nf-κb sinyal yolağı ve apoptozis üzerine etkilerinin araştırılması

    Investigation of the effects of proteosome inhibitor bortezomibe and topoisomerase inhibitors camptothesin and etoposide on nf-κb signaling pathway and apoptosis in the myeloid leukemia cell line

    BARIŞ KERİMOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiAksaray Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAMİLE ÖZTÜRK