Geri Dön

Determination of genetic diversity in national olive collection (Olea europaea L.) using SSR and SRAP markers and development of SNP marker for traceability of memecik olive cultivar

Ulusal zeytin koleksiyonundaki (Olea europaea L.) genetik çeşitliliğin SSR ve SRAP markörleri kullanılarak belirlenmesi ve memecik zeytin çeşidinin izlenebilirliği için SNP markörlerinin geliştirilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 266613
  2. Yazar: NESLİHAN IŞIK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ANNE FRARY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Genetik varyasyon, Genetic variation
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada, 13 SSR ve 12 SRAP işaretleyicisi kullanılarak Türk zeytinkoleksiyonunu tanımlanmıştır. SSR işaretleyicilerine dayalı çeşitlilik çalışmada 3yabancı çeşitte eklenmiştir ve genetik çeşitlilik için iki terimli data Qiaxcel programındatespit edilmiştir ve NTSYS programında gruplanmıştır. Yabancı çeşitler, ulusalçeşitlerle 0.27 benzerlik ile gruplanırken Türk çeşitleri 0.55 benzerlikle gruplanmıstır ve0.85 R değeri vermiştir. SRAP işaretleyicileri kullanılarak, Türk çeşitleri arasında 0.83korelasyon ile minimum benzerlik 0.66 bulduk. Elde edilen 2 matrix (SSR ve SRAPmatrixleri) karşılaştırıldı ve benzerlikleri 0.23 olarak bulundu. Çizilen filogenetik ağacıdesteklemesi için ordination testleri (PCA) her iki marker sistemi için degerçekleştirilmiştir ve ağaçlarında görülen ile aynı gruplanmıştır. Bir diğer amacımızMemecik çeşidinin izlenebilirlik testi için SNP işaretleyicisi geliştirmekti. İhraç edilen11 zeytin çeşidinin Anthocyanidin synthase genleri dizilendi ve Biolign program ilesıralandı. Memecik çeşidini bir kere de ayıran tek bir SNP bulunamadı bu yuzden ardarda kullanılmak üzere SNP kombinasyonu yapıldı. Bu sebeple aynı anda 2 probkullanılarak Memecik çeşidi diğer ihraç edilen 10 çeşitten ayrıldı. Memecik çeşidiniizlemek için SNP markörü bulmanın yanısıra Trabzon Yağlık Çeşidini izlemek içinSNP markörü geliştirdik.

Özet (Çeviri)

In this study genetic diversity of the Turkish olive collection was successfullycharacterized by using 13 SSR and 12 SRAP markers. For SSR marker analysis, wealso added 3 European accessions to the national cultivars and binominal microsatellitedata were detected by Qiaxcel software and clustered by NTSYS program. TheUPGMA dendrogram showed good fit with the distance matrix (r = 0.85). While theoutgroups were clustered with 0.27 similarity to national accessions, Turkish accessionsclustered with 0.55 minimum similarity. Using SRAP markers we found 0.66 minimumsimilarity among Turkish accessions with a good fit between the distance data andUPGMA dendrogram (r = 0.83). The SSR and SRAP distance matrices were comparedand they were found to correlated at r =0.23. To support the tree, ordination tests (PCA)for each marker system were performed and similar clustering was seen as in the trees.The other aim of this research was to develop SNP markers for traceability of Memecikaccessions. We sequenced the anthocyanidin synthase gene of 11 exported oliveaccessions and aligned using Biolign program. There was no unique SNP that could beused to separate Memecik from the other accessions so we used a combination of SNPs.By using two probes at the same time, Memecik accession was distinguished from theother 10 exported accessions. In addition to find the SNP marker to trace Memecikaccession, we developed the SNP marker to trace Trabzon Yağlık accessions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    453624

    Determination of genetic diversity of rhododendron species in turkey

    Türkiye orman güllerinin genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

    İSMAİL TUĞBERK KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜGE TÜRET

  2. Tez No

    631012

    Development of single nucleotide polymorphism markers using genotyping by sequencing technique for determination of genetic diversity and population structure in hazelnut

    Fındıkta genetik çeşitlilik ve popülasyon yapısının belirlenmesi için dizileme ile genotipleme tekniği kullanılarak tek nükleotid polimorfizm markörlerinin geliştirilmesi

    ERTUĞRUL GAZİ YANAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Genetikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SAMİ DOĞANLAR

  3. Tez No

    657603

    Türkiye'de Cuscuta campestris Yunck'in genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

    Determination of genetic diversity of Cuscuta campestris Yunck. in Turkey

    AYŞE ÖZBEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    ZiraatVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAN KAYA

  4. Tez No

    449173

    Mikrosatellit belirteçleri ile doğal kum zambağı (Pancratium maritimum L.) populasyonlarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi

    Determination of genetic diversity in natural populations of sea daffodil (Pancratium maritimum L.) with microsatellite markers

    CEREN ELİBOL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BotanikNamık Kemal Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BEHİYE BANU BİLGEN

  5. Tez No

    487829

    Akdeniz orta yükselti kuşağı (401-800 m) kızılçam (Pinus brutia Ten.) döl denemesinde gövde formu ve bazı büyüme karakterleri bakımından genetik çeşitlilik

    Genetic diversity of stem form and some growth characteristics of Turkish red pine (Pinus brutia Ten.) progeny trial in Mediterranean middle elevation zone (401-800 m)

    ALPER AHMET ÖZBEY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Ormancılık ve Orman MühendisliğiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN GÜLCÜ

Geri Dön