Geri Dön

Development of PCR methods for detection and quantification of genetically modified maize

Genetiği değiştirilmiş mısırların tespiti ve miktar tayini için PZR yöntemleri geliştirilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 268510
  2. Yazar: HOUMAN JABBARİFARHOUD
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN, DR. REMZİYE YILMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 209

Özet

Bu çalışma mısır örneklerinde tarama, tanı ve genetik değişikliklerin miktar tayini için yöntem geliştirmeyi rapor etmektedir. Üç yıl içinde (2006-2008) Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden gelişigüzel biçimde toplam 88 örnek toplanmıştır. Önceki çalışmalarda GM pozitif olarak saptanmış olan iki mısır örneği pozitif kontrol olarak seçilmiştir. Manuel CTAB yöntemi ile DNA eldesinden sonra, örneklerde genetik değişikliklerin p35S ve tNOS bölgelerinin tespiti ile taranması için konvansiyonel PZR yöntemi kullanılmıştır. Kalitatif PZR yöntemleri ile cry ve pat genlerinin tespiti için hedefe özel tespit çalışmaları yürütülmüştür. Konstrakt-spesifik ve event-spesifik PZR deneyler Bt11, Bt10 ve Mon810 GM mısır çeşitlerinde genetik değişikliğin türünü tespit amacıyla tasarlanmıştır.Özel primerler ve reporter ve quencher boyaları ile işaretli uygun problar TaqMan prob metodu kullanarak Bt11 ve Mon810 mısır örneklerinde absolute ve relative miktar tayini yapılması için tasarlanmıştır. Absolut ve relative kantifikasyon sonuçları karşılaştırıldığında aralarında bağlantı bulunmuştur. Geliştirilen miktar tayini yöntemlerinin doğruluğunu kontrol etmek amacıyla, her örnek için üç paralel uygulama CRL valide protokoluna göre yapılmıştır. İstatistiksel analizler nicelik deneylerinin hassasiyeti ve tekrarlanabilirliğini yerinde doğrulama metotları yoluyla kontrol etmek için yapılmıştır. Bt11 ve Mon810 sistemleri için elde edilen absolute ve relative kantifikasyon Relatif Standart Sapma (RSDr) değerlerine göre doğrulama sonuçlarının çoğu ENGL'nin GDO miktar tayini ile ilgili gerekli koşulları karşılamaktadır.Tarama çalışmaları toplamda 5 örneği (H3, H48, H73, 4M, 4G) GM pozitif olarak göstermiştir. H3, H48 örneklerinin yanlızca Bt11 mısır çeşidi olarak tanısı yapılırken, 4M ve 4G örneklerinin Bt11 ve Mon810 GM mısır çeşitlerinin ikisini de içermekte olduğu gösterilmiştir. Bt11 nicelik sonuçları H3 ve 4G örneklerinin %1.06 ve %5.36 değerleri ile 0.9% eşik seviyesini aşmakta olduklarını göstermiştir. Mon810 miktarı 4M örneğinde %1.33 ve 4G örneğinde %17.32 olarak belirlenerek bu örneklerde 0.9% eşik seviyesinin üstünde olduğu belirlenmiştir. Tarama çalışmalarında GDO pozitif olarak tepit edilen H73 örneği Bt11 and Mon810 içermemektedir.Bu çalışmada geliştirilen metotların düşük maliyetleri ve ticari kitlere bağımlılığı azaltmaları sayesinde Türkiye'de GDO testlerin yaygınlaşmasına katkı sağlanabilecektir. Ancak, bu yöntemler validasyon metotları tamamlanarak diğer GM mısırları kapsayacak şekilde geliştirilmelidir.

Özet (Çeviri)

This study describes development of methods for screening, identification and quantification of genetic modifications in maize samples. Totally 88 maize samples were collected randomly throughout Turkey in three years from 2006 to 2008 and were analyzed. Two maize samples that were detected as GM positive in previous studies were selected as positive controls. Following the DNA extraction by manual CTAB method, conventional PCR methods were employed for screening of genetic modifications in samples by detecting of P-35S and T-NOS. Qualitative PCR methods were conducted for target specific detection of cry and pat genes. Construct-specific and event-specific PCR assays were designed for detection of Bt11, Bt10 and Mon810 maize events.Specific primers and corresponding probes labeled with reporter and quencher dyes were designed for both absolute and relative quantification of Bt11 and Mon810 in samples by using TaqMan probe method. Comparing the absolute and relative quantification results indicates that there is correlation between them. In order to verify the accuracy of the quantification methods, three parallel applications were conducted according to the CRL validated protocol. The statistical analyses were performed to check the precision and repeatability of the quantification experiments by in-house validation methods. Regarding the Repeatability Relative Standard Deviation (RSDr) values of absolute and relative quantifications of Bt11 and Mon810 systems majority of the validation results accomplish the ENGL requirements for quantification of GMOs.According to screening assays, the overall results indicate that five samples (H3, H48, H73, 4M, 4G) were detected as GM positive. While the samples H3 and H48 were identified as Bt11, it was shown that the sample 4M and 4G contains both of the Bt11 and Mon810 maize events. Bt11 quantification results show samples H3 and 4G respectively with 1.06% and 5.36% exceed the 0.9% threshold level. Amount of Mon810 in samples was determined as 1.33 % for 4M and 17.32% for 4G which is higher than 0.9% threshold level. Sample H73 which was detected as GM positive did not contain Bt11 and Mon810 maize events.Since the methods developed in this study reduce dependence on commercial kits they would contribute to expansion of GMO testing in Turkey with lower cost. However the methods developed in this work should be extended to other maize events and their validation procedure should be completed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    383255

    Development of reference materials for GMO detection

    GDO tespiti amacıyla referans materyallerin geliştirilmesi

    BATUHAN BİROL KESKİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

  2. Tez No

    268470

    Development of analysis methods for cry1ac and sam-k gene lines in tomato using PCR and real-time PCR

    Domatesteki cry1ac ve sam-k gen hatları için PZR ve eş-zamanlı PZR kullanılarak analiz metodlarının geliştirilmesi

    SAHRA UYGUN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. G. CANDAN GÜRAKAN

    DR. REMZİYE YILMAZ

  3. Tez No

    430909

    Yüzeyde güçlendirilmiş Raman spektroskopisi kullanılarak yüksek hassasiyette DNA analizine yönelik dönen çember amplifikasyonu yönteminin geliştirilmesi

    Development of rolling circle amplification method for high sensitivity DNA analysis using surface enhanced Raman spectroscopy

    BURCU GÜVEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Gıda MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL HAKKI BOYACI

  4. Tez No

    518219

    İşlenmiş sığır eti ürünlerinde çoklu gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (GZ-PZR) yöntemi ile tek tırnaklı hayvan etinin belirlenmesi için metot geliştirilmesi

    Development of a multiplex real time pcr assay for detection and quantification of equine meat in processed bovine meat products

    SEVDA GÖKBORA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Gıda MühendisliğiAkdeniz Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET İNAN

  5. Tez No

    313693

    The development of molecular genetic tools for detection of Salmonella pathogen

    Salmonella patojeninin belirlenmesi için moleküler genetik metotların geliştirilmesi

    KURTULUŞ GÖKDUMAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. G. CANDAN GÜRAKAN

    DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK

Geri Dön