Development of PCR methods for detection and quantification of genetically modified maize
Genetiği değiştirilmiş mısırların tespiti ve miktar tayini için PZR yöntemleri geliştirilmesi
- Tez No: 268510
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN, DR. REMZİYE YILMAZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma mısır örneklerinde tarama, tanı ve genetik değişikliklerin miktar tayini için yöntem geliştirmeyi rapor etmektedir. Üç yıl içinde (2006-2008) Türkiye'nin çeşitli bölgelerinden gelişigüzel biçimde toplam 88 örnek toplanmıştır. Önceki çalışmalarda GM pozitif olarak saptanmış olan iki mısır örneği pozitif kontrol olarak seçilmiştir. Manuel CTAB yöntemi ile DNA eldesinden sonra, örneklerde genetik değişikliklerin p35S ve tNOS bölgelerinin tespiti ile taranması için konvansiyonel PZR yöntemi kullanılmıştır. Kalitatif PZR yöntemleri ile cry ve pat genlerinin tespiti için hedefe özel tespit çalışmaları yürütülmüştür. Konstrakt-spesifik ve event-spesifik PZR deneyler Bt11, Bt10 ve Mon810 GM mısır çeşitlerinde genetik değişikliğin türünü tespit amacıyla tasarlanmıştır.Özel primerler ve reporter ve quencher boyaları ile işaretli uygun problar TaqMan prob metodu kullanarak Bt11 ve Mon810 mısır örneklerinde absolute ve relative miktar tayini yapılması için tasarlanmıştır. Absolut ve relative kantifikasyon sonuçları karşılaştırıldığında aralarında bağlantı bulunmuştur. Geliştirilen miktar tayini yöntemlerinin doğruluğunu kontrol etmek amacıyla, her örnek için üç paralel uygulama CRL valide protokoluna göre yapılmıştır. İstatistiksel analizler nicelik deneylerinin hassasiyeti ve tekrarlanabilirliğini yerinde doğrulama metotları yoluyla kontrol etmek için yapılmıştır. Bt11 ve Mon810 sistemleri için elde edilen absolute ve relative kantifikasyon Relatif Standart Sapma (RSDr) değerlerine göre doğrulama sonuçlarının çoğu ENGL'nin GDO miktar tayini ile ilgili gerekli koşulları karşılamaktadır.Tarama çalışmaları toplamda 5 örneği (H3, H48, H73, 4M, 4G) GM pozitif olarak göstermiştir. H3, H48 örneklerinin yanlızca Bt11 mısır çeşidi olarak tanısı yapılırken, 4M ve 4G örneklerinin Bt11 ve Mon810 GM mısır çeşitlerinin ikisini de içermekte olduğu gösterilmiştir. Bt11 nicelik sonuçları H3 ve 4G örneklerinin %1.06 ve %5.36 değerleri ile 0.9% eşik seviyesini aşmakta olduklarını göstermiştir. Mon810 miktarı 4M örneğinde %1.33 ve 4G örneğinde %17.32 olarak belirlenerek bu örneklerde 0.9% eşik seviyesinin üstünde olduğu belirlenmiştir. Tarama çalışmalarında GDO pozitif olarak tepit edilen H73 örneği Bt11 and Mon810 içermemektedir.Bu çalışmada geliştirilen metotların düşük maliyetleri ve ticari kitlere bağımlılığı azaltmaları sayesinde Türkiye'de GDO testlerin yaygınlaşmasına katkı sağlanabilecektir. Ancak, bu yöntemler validasyon metotları tamamlanarak diğer GM mısırları kapsayacak şekilde geliştirilmelidir.
Özet (Çeviri)
This study describes development of methods for screening, identification and quantification of genetic modifications in maize samples. Totally 88 maize samples were collected randomly throughout Turkey in three years from 2006 to 2008 and were analyzed. Two maize samples that were detected as GM positive in previous studies were selected as positive controls. Following the DNA extraction by manual CTAB method, conventional PCR methods were employed for screening of genetic modifications in samples by detecting of P-35S and T-NOS. Qualitative PCR methods were conducted for target specific detection of cry and pat genes. Construct-specific and event-specific PCR assays were designed for detection of Bt11, Bt10 and Mon810 maize events.Specific primers and corresponding probes labeled with reporter and quencher dyes were designed for both absolute and relative quantification of Bt11 and Mon810 in samples by using TaqMan probe method. Comparing the absolute and relative quantification results indicates that there is correlation between them. In order to verify the accuracy of the quantification methods, three parallel applications were conducted according to the CRL validated protocol. The statistical analyses were performed to check the precision and repeatability of the quantification experiments by in-house validation methods. Regarding the Repeatability Relative Standard Deviation (RSDr) values of absolute and relative quantifications of Bt11 and Mon810 systems majority of the validation results accomplish the ENGL requirements for quantification of GMOs.According to screening assays, the overall results indicate that five samples (H3, H48, H73, 4M, 4G) were detected as GM positive. While the samples H3 and H48 were identified as Bt11, it was shown that the sample 4M and 4G contains both of the Bt11 and Mon810 maize events. Bt11 quantification results show samples H3 and 4G respectively with 1.06% and 5.36% exceed the 0.9% threshold level. Amount of Mon810 in samples was determined as 1.33 % for 4M and 17.32% for 4G which is higher than 0.9% threshold level. Sample H73 which was detected as GM positive did not contain Bt11 and Mon810 maize events.Since the methods developed in this study reduce dependence on commercial kits they would contribute to expansion of GMO testing in Turkey with lower cost. However the methods developed in this work should be extended to other maize events and their validation procedure should be completed.
Benzer Tezler
- Development of analysis methods for cry1ac and sam-k gene lines in tomato using PCR and real-time PCR
Domatesteki cry1ac ve sam-k gen hatları için PZR ve eş-zamanlı PZR kullanılarak analiz metodlarının geliştirilmesi
SAHRA UYGUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. G. CANDAN GÜRAKAN
DR. REMZİYE YILMAZ
- Development of reference materials for GMO detection
GDO tespiti amacıyla referans materyallerin geliştirilmesi
BATUHAN BİROL KESKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Yüzeyde güçlendirilmiş Raman spektroskopisi kullanılarak yüksek hassasiyette DNA analizine yönelik dönen çember amplifikasyonu yönteminin geliştirilmesi
Development of rolling circle amplification method for high sensitivity DNA analysis using surface enhanced Raman spectroscopy
BURCU GÜVEN
Doktora
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI BOYACI
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM