Functional characterization of MicroRNA-125b expression in MCF7 breast cancer cell line
MikroRNA-125b ifadesinin MCF7 meme kanseri hücrelerinde fonksiyonel karakterizasyonu
- Tez No: 269377
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Neoplazmlar, Neoplasms
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
mikroRNA'lara bağlı gen ifadesinin kontrolü, farklılaşma, hücre büyümesi ve apoptoz gibi hücresel işlevlerde görev almaktadır. Önemli görevleri olan mikroRNA'ların kanser dahil hastalıklarda fonksiyonel önemi vardır. miRNA-125b, meme kanserinde gen ifadesi azalan önemli bir mikroRNA'dır. Bu sebeble, miRNA-125b geninin ifadesinin, MCF7 meme kanseri hücre hattında (MKHH) fonksiyonel karakterizasyonu yapılarak, bu mikroRNA'nın kanser oluşumunda görevlerinin bulunması amaçlanmıştır. mikroRNA-125 ailesinin gen ifadeleri, yarı nicel ikili RT-PCR metoduyla, 11 MKHH'da ve MCF10A hücrelerinde taranmıştır. Öncül-mikroRNA-125b-1 ifadesinini 11 MKHH'nın 7'sinde tamamem kaybolduğu ya da azaldığı gözlemlenmiştir. MCF7'ye, mikroRNA-125b-1 geni kalıcı olarak transfekte edilmiştir (MCF7-125b-1). Farklı teknikler kullanılarak, MCF7-125b-1 hücre hattında, boş vektör transfekte edilen hücrelere göre (MCF7-EV), hücre büyümesi ve hücre göçü özelliklerinde azalışlar tespit edilmiştir. Olası mikroRNA-125b hedef geni ARID3B, miRNA-125b'nin bağlanabileceği bölgeler açısından biyoinfomatik yöntemlerle analiz edilmiştir . ARID3B geninin protein kodlamayan 3' bölgesi, lusiferaz geni içeren pMIR vektörüne klonlanmıştır. Lusiferaz aktivitesi deneyleri sonucunda %60'lık azalış görülmüş, miRNA-125b ve ARID3B arasındaki etkileşim kanıtlamıştır. Doğrudan etkileşimini onaylamak için, yönlendirilmiş mutagenez yöntemi kullanılarak, evrimsel açıdan korunmuş bir miRNA-125b bağlanma bölgesi silinmiştir. Bu işlem, lusiferaz aktivitesinde %30'luk bir geri kazanıma sebeb olmuştur. Artış oranı, silinen bölgenin dışındaki bağlanma bölgelerinin de miRNA-125b ve ARID3B etkileşiminde rol alabileciğini göstermiştir. Elde edilen bulgular, miRNA-125b geninin, MCF7 hücrelerinde tümör baskılayıcı özellik gösterdiğini kanıtlamıştır. mikroRNA-125b ifadesinin fenotipik etkilerini ve hedef mRNA'larını bulmak, miRNA-125b'nin kanser hücrelerinde nasıl tümör baskılayıcı özellik gösterdiğinin bulunmasına yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
microRNA dependent gene expression regulation has roles in diverse processes such as differentiation, proliferation and apoptosis. Therefore, deregulated miRNA expression has functional importance for various diseases, including cancer. miR-125b is among the commonly downregulated miRNAs in breast cancer cells . Therefore we aimed to characterize the effects of miR-125b expression in MCF7 breast cancer cell line (BCCL) to better understand its roles in tumorigenesis. Here, we investigated mir-125 family members? expression levels in eleven BCCL and MCF10A, by semi-quantitative duplex RT-PCR. pre-miR-125b-1 levels were found to be low or absent in 7 of 11 BCCL. Among these, MCF7 cells were stably transfected with mir-125b-1 (MCF7-125b-1). MCF7-125b-1 cells demonstrated decreased proliferation and migration detected by MTT, in vitro wound closure and transwell migration assays compared to empty vector transfected cells (MCF7-EV). Putative miR-125b target, ARID3B, was bioinformatically analyzed for miR-125b binding sites. 3?UTR of ARID3B was cloned downstream of the luciferase gene in pMIR, a reporter vector. ~60% decrease in luciferase activity suggested the interaction between miR-125b and ARID3B 3?UTR. To further confirm this, a miR-125b binding site was deleted by site directed mutagenesis. Deletion of this predicted site in the ARID3B 3?UTR resulted with ~30% recovery in luciferase activity. Our results further showed the tumor suppressor functions of miR-125b in MCF7 cells. Revealing the phenotypic effects of miR-125b expression and its mRNA targets may help us shed light on why miR-125b may act as a tumor suppressor in breast cancer cells.
Benzer Tezler
- 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi
Başlık çevirisi yok
VEFA AHSEN
Doktora
Türkçe
1984
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- Çoklu amaçların çözümlemesinde amaç programlaması ile genelleştirilmiş ters yaklaşımı ve yem sanayiinde bir uygulama
Goal programming and generalieed inverse approaches in the multi-objective analysis and application in feed industry
HASAN BAL
- İki aşamalı en küçük kareler yöntemi üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
SEMRA AKSAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞABAN EREN