Functional characterization of two potential breast cancer related genes
Meme kanseri ile ilişkili iki genin fonksiyonel karakterizasyonu
- Tez No: 313734
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. A. ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 204
Özet
Kanser; onkogen ve/veya tümör baskılayıcı genlerin deregülasyonu sonucu ortaya çıkmaktadır. Her ne kadar kanserle ilişikili genlerin bulunması ile ilgili birçok çalışma olsa da, tümör oluşumuna neden olan komplike yolaklar henüz tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada normal ve kanser hücrelerindeki bu temel mekanizmaları anlayabilmek amacıyla, meme kanseriyle ilişkili iki geni karakterize etmeyi amaçladık. Çalışmamınızın ilk kısmında henüz karakterize edilmemiş USP32 (Ubiquitin Specific Protease 32) geninin hücredeki lokalizasyonunu anlamaya yönelik çalışmalara odaklandık. USP32, gen açısından zengin 17q23 bölgesinde yeralan bir gendir ve deubikitinaz enzim ailesindendir (DUBs) . 17q23 üzerinde yer alan genlerin meme kanserinde ve tümörlerde amplifiye olduğu ve aşırı ifade edildikleri bilinmektedir. DUB'ların protein yıkımı, reseptör endositozisi ve vesikül trafiği gibi birçok hücresel fonksiyonda rol oynadıkları bilinmektedir. Bu nedenle USP32'nin fonksiyonunu daha iyi anlayabilmek amacıyla, GFP bağlanmış tam uzunluktaki USP32 proteinini Floresan Proteaz Koruma (FPP) deneyi ve konfokal mikroskop ile HeLa hücrelerindeki konumunu inceledik. Golgi'ye özgül bir belirteç olan BODIPY-TR ile yapılan örtüşenlokalizasyon çalışmaları sonucu USP32'nin Golgi'de olduğuna dair bulgular elde ettik. Ileride USP32'nin Golgi'deki rolünü anlamaya yönelik yapılacak çalışmalar, bu onkogenin fonksiyonunu netleştirecektir. Çalışmamızın ikinci kısmında potansiyel bir tümör baskılayıcı gen üzerinde yoğunlaştık. Bu amaçla, meme kanserinde tümör baskılayıcı olduğu düşünülen miRmiR-125b'yi fonksiyonel olarak karakterize ettik. mikroRNAların kanser hücrelerinde deregülasyona uğradıkları ve gen ifadesini kontrol ettikleri bilinmektedir. miR-125b'nin ifadesinin meme bazı meme kanseri hastalarında azaldığı gösterilmiştir. Bu çalışmada ise, meme kanseri hücre hatlarındamiR-125b'nin ifadesini, fonksiyonunu ve hedeflediği genleri araştırdık. Sonuçlarımız göstermiştir ki, miR-125b meme kanseri hücre hatlarında da ciddi oranda azalmaktadır. Bu tip hücrelerde miR-125b'nin ifadesinin tekrar sağlandığı çalışmalar yapıldığında, bu hücrelerin çoğalmasında ve göçünde azalma gözlemlenmiştir. Bunun yanı sıra miR-125b ifadesi sağlanan hücrelerde aktin filamentleri boyandığında sitoplazmik uzantıların azaldığı gözlemlenmiştir. Daha önceki çalışmalar, miR-125b'nin hücre hareketliliğine etkisinin ERBB2 genini hedeflemesi ile ilgili olduğunu işaret etmekle beraber, Sonuçlarımız miR-125b'nin hedeflediği ARID3B geninin hücre hareketliliği ve göçü ile ilgili olduğunu göstermektedir. Sonuçlarımız ERBB2 negatif meme kanseri hücre hatlarında miR-125b'nin birden fazla geni hedefleyerek hücre çoğalması ve göçünde rol oynayan önemli bir regülator olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Cancer may arise as a result of deregulation of oncogenes and/or tumor suppressors. Although much progress has been made for the identification of such cancer related genes, our understanding of the complex tumorigenesis pathways is still not complete. Therefore, to improve our understanding of how certain basic mechanisms work in normal and in cancer cells, we aimed to characterize two different breast cancer related genes. First part of the study focused on subcellular localization USP32 (Ubiquitin Specific Protease 32) to help understand the function of this uncharacterized gene. USP32 is a member of deubiquitinating enzymes (DUBs) and the gene maps to a gene rich region on 17q23. Genes on 17q23 are known to undergo amplification and overexpression in a subset of breast cancer cells and tumors. DUBs are known to be implicated in a variety of cellular functions including protein degradation, receptor endocytosis and vesicle trafficking. Therefore to elucidate the function of USP32, we localized the full length USP32 protein fused to GFP, in HeLa cells, using Fluorescence Protease Protection (FPP) assay and confocal microscopy. Results suggested a Golgi localization for USP32 as confirmed by co-localization study via BODIPY-TR, a Golgi specific marker. Additional investigations to find the role of USP32 in Golgi will further clarify the function of this candidate oncogene. Second part of the study focused on a potential tumor suppressor. For this purpose, we functionally characterized miR-125b, a microRNA gene as a potential tumor suppressor in breast cancer. microRNAs are regulators of gene expression and their deregulation is detected in cancer cells. miR-125b is reported as a down regulated microRNA in breast cancers. In this study, we investigated the expression, function and possible targets of miR-125b in breast cancer cell lines (BCCLs). Our results revealed a dramatic down regulation of miR-125b in a panel of BCCLs. Restoring the expression of miR-125b in low miR-125b expressing cells decreased the cell proliferation and migration as well as cytoplasmic protrusions, detected by staining of actin filaments. While connection of miR-125b and cell motility based on ERBB2 targeting has been reported earlier, here we present data on ERBB2 independent effects of miR-125b on cell migration in non-ERBB2 overexpressing breast cancer cells. Our results showed involvement of a miR-125b target, ARID3B, in cell motility and migration. Our findings showed miR-125b to be an important regulator of cell proliferation and migration in ERBB2 negative breast cancer cells, possibly through regulating multiple targets.
Benzer Tezler
- Determination of the tumoricidal effect by in-vitro methods for the acquiring of food-sourced bioactive protein and the formation of active pharmaceutical substance
Gıda kaynaklı biyoaktif protein eldesi ve aktif ilaç etken maddesinin oluşturulması amaçlı tümorisidal etkinin in vitro yöntemlerle belirlenmesi
REYHAN KOYUNCU
Doktora
İngilizce
2023
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
- Synthesis and evaluation of biological activity of some novelurea derivatives on VEGFR-2 enzyme
Bazı yeni üre türevlerinin sentezi ve VEGFR-2 enzimi üzerindeki biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
MOHAMMAD MUSA SHİRZAD
- Fenolik bağlayıcı kullanılarak sentezlenen hidroksiapatit-jelatin kompozit malzemesinin karakterizasyonu ve ilaç salım profilinin incelenmesi
Research on characterization and drug release performance of hydroxyapatite-gelatin composite materials syntheted by using phenolic linker
IRMAK BAŞER GÜMÜŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLHAYAT SAYGILI
- Dinamik manyetik rezonans görüntüleme ve ultrason kontrast ajanlı power doppler ultrasonografi ile meme lezyonlarında benign ve malign ayrımı
Başlık çevirisi yok
FAİK SUNGURLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
OnkolojiMarmara ÜniversitesiRadyodiagnostik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ERKİN ARIBAL
- Production of recombinant antibody fragments in bacteria and their development towards medical diagnosis
Rekombinant antikor fragmanlarının bakterilerde üretimi ve tıbbi tanıya yönelik geliştirilmesi
İLKAY KOÇER KULOĞLU
Doktora
İngilizce
2021
Kimya MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EDA ÇELİK AKDUR
PROF. DR. MATTHEW P. DELISA