Geri Dön

Shigella kökenlerinin antibiyotik direnç modelleri, plazmid profil analizi ve pulsed-fıeld jel elektroforezi ile incelenmesi

Investigation of Shigella strains by antibiotic resistance models, plasmid profile analysis and pulsed-field gel electrophoresis

PDF İndir

  1. Tez No: 271628
  2. Yazar: NACİYE BEGÜM SARAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BİRSEL ERDEM
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Antibiyotikler, Dizanteri-basilli, Elektroforez-agar jel, Shigellalar, İlaç alerjisi, İlaçlara direnç, İlaçlara direnç-mikrobiyal, Antibiotics, Dysentery-bacillary, Electrophoresis-agar gel, Shigella, Drug hypersensitivity, Drug resistance, Drug resistance-microbial
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada Ankara ilinde görülen Shigella türlerinin dağılımının belirlenmesi; Shigella türlerinde antibiyotiklere direnç oranlarının belirlenmesi; antibiyotik direnç modelleri, plazmid profil analizleri ve PFGE yöntemleriyle incelenmesi; Shigella türlerinin incelenmesinde tiplendirme yöntemi olarak antibiyotik direnç modeli, plazmid profil analizi ve PFGE'nin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya Ankara'da Ağustos 2001?Ekim 2001, Ağustos 2008?Ekim 2008 ve Temmuz 2009?Ekim 2009 tarihleri arasında standart yöntemlerle klinik örneklerden izole edilen 60 Shigella kökeni alınmıştır. İzolatların 49'u (%81,6) S. sonnei, 10'u (%16,6) S. flexneri, 1'i S. dysenteriae (%1,6) olarak tanımlanmıştır.Shigella kökenlerinin CLSI önerileri doğrultusunda disk diffüzyon yöntemi ile antibiyotiklere in-vitro duyarlılıkları incelenmiştir. Ampisiline 16 (%26,6), amoksisilin/klavulonik asite 10 (%16,6), kloramfenikole 9 (%15), nalidiksik asite 6 (%10), sefalotine 14 (%23,3), sefotaksime 4 (%6,6), tetrasikline 4 (%68,3), trimetoprim/sülfametoksazole 55 (%91,6) köken dirençli bulunmuştur. Shigella türlerinin antibiyotik direnci karşılaştırılmış S. flexneri'nin ampisilin, kloramfenikol, amoksisilin/klavulonik asit direnci S. sonnei'ye göre istatistiksel olarak anlamlı şekilde yüksek bulunmuştur (p<0.001).Shigella kökenlerinin incelenmesinde fenotipik tiplendirme yöntemi olarak antibiyotik direnç tiplendirimi kullanılmıştır. S. sonnei izolatlarında 12 farklı antibiyotik direnç modeli izlenmiş, en sık görülen tetrasiklin ve trimetoprim/sülfametoksazol direnç modelini (T Sxt) 23 (%46,9) köken göstermiştir. S. flexneri izolatlarında 4 farklı antibiyotik direnç modeli izlenmiş, en sık izlenen ampisilin, amoksisilin/klavulonik asit, kloramfenikol, tetrasiklin ve trimetoprim/ sülfametoksazol direnç modelini (A A/K C T Sxt) 7 köken (%70) göstermiştir. Simpson'un farklılık indeksine dayalı formülü ile antibiyotik direnç tipleme yönteminin ayırım gücü S. sonnei kökenleri için 0,75; S. flexneri kökenleri için 0,54 bulunmuştur.Shigella kökenlerinden Kado ve Liu yöntemi kullanılarak plazmid DNA'sı elde edilmiş ve plazmid profilleri araştırılmıştır. Plazmid taşımayan kökene rastlanmamıştır. Shigella kökenlerinin plazmid profil analizi sonucunda 1 ile 7 arasında değişik sayılarda ve 200 ile 3 kb arasında değişen büyüklüklerde plazmid taşıdıkları görülmüştür.S. sonnei kökenlerinde 27, S. flexneri kökenlerinde 9 plazmid profili izlenmiştir. Plazmid profil analizinin ayırım gücü S. sonnei kökenlerinde 0,97; S. flexneri kökenlerinde 0,98 bulunmuştur.Shigella kökenleri WHO ve CDC protokolleri doğrultusunda XbaI enzimi kullanılarak PFGE yöntemi ile incelenmiştir. S. sonnei kökenleri 4, S. flexneri kökenleri 5 PFGE paterni göstermiştir. S. sonnei izolatlarında en sık sa paterni (%85,7); S. flexneri izolatlarında en sık fa paterni görülmüştür (%50). PFGE yönteminin ayırım gücü S. sonnei kökenleri için 0,26; S. flexneri kökenleri için 0,76 bulunmuştur.Üç yöntem beraber değerlendirildiğinde ayırım gücünün 0,98'e yükseldiği gösterilmiştir. Epidemiyolojik amaçlarla Shigella kökenlerinin incelenmesinde PFGE'nin klonal ilişkileri değerlendirmede uygun olduğu; ancak Ankara'da aynı klonun uzun zamandır dolaşımda olması nedeniyle antibiyotik direnç modeli ve/veya plazmid profil analizi ile birlikte kullanılmasının ayırım gücünün yükseltilmesi için yararlı olacağı kanısına varılmıştır.

Özet (Çeviri)

In this study we aimed to determine the distribution of Shigella species isolated in Ankara city, determine antibiotic resistance among Shigella strains; investigate by antibiotic resistance models, plasmid profile analysis and PFGE methods, compare antibiotic resistance models, plasmid profile analysis and PFGE as typing methods in Shigella species.Totally 60 Shigella strains isolated by standart methods from clinical samples between August 2001- October 2001, August 2008- October 2008 and July 2009- October 2009 were included in this study. Of the isolates 49 (%81,6) were S. sonnei, 10 (%16,6) S. flexneri and 1 (%1,6) S. dysenteriae.Shigella strains were invesigated for in-vitro antibiotic susceptibilities by disc diffusion method according to the directions of CLSI. The number of isolates resistant to antibiotics and resistance rates were as follows; 6 (%26,6) for ampicillin, 10 (%16,6) for amoxicillin/clavulanic acid, 9 (%15) for chloramphenicol, 6 (%10) for nalidixic acid, 14 (%23,3) for cephalothin, 4 (%6,6) for cephotaxim, 4 (%68,3) for tetracycline and 55 (%91,6) for trimethoprim/sulfamethoxazole. Antibiotic resistance among Shigella species were compared and ampicillin, chloramphenicol, amoxicillin/clavulanic acid, resistance in S. flexneri were higher then S. sonnei which is found to be statistically significant (p<0.001).Antibiotic resistance typing is performed as a phenotypic typing method in investigation of Shigella strains. S. sonnei isolates demonstrated 12 antibiotic resistance models, the most common tetracycline and trimethoprim/sulfamethoxazole resistance model (T Sxt) was observed in 23 (%46,9) of the isolates. S. flexneri demonstrated 4 antibiotic resistance models, the most common ampisilin, amoxicillin/clavulanic acid, chloramphenicol, tetracycline, and trimethoprim/ sulfamethoxazole resistance model (A A/K C T Sxt) was observed in 7 (%70) of the isolates. Discriminatory power of the antibiotic resistance typing method was calculated according to the Simpson?s discriminatory index formula and found as 0,75 for S. sonnei and 0,54 for S. flexneri.Plasmid DNA of Shigella strains were extracted by the method of Kado and Liu and plasmid profiles were analysed. All strains were found to have plasmids. Plasmid profile analysis revealed that Shigella strains have different number of plasmids between 1-7 and different sizes of plasmids ranging from 200-3 kb.Totally 27 plasmid profiles in S. sonnei and 9 profiles in S. flexneri was observed. The discriminatory power of plasmid profile analysis is calculated as 0,97 for S. sonnei and 0,98 for S. flexneri.Shigella strains were examined by PFGE method using XbaI enzyme performed by following directions of WHO and CDC protocols. Four PFGE patterns were obtained in S. sonnei, 5 in S. flexneri. Sa patern in S. sonnei (%85,7) and fa pattern in S. flexneri (%50) were the most frequently found patterns. Discriminatory power of PFGE method is calculated as 0,26 for S. sonnei and 0,76 for S. flexneri.When the three method were evaluated together, the discriminatory power increases to 0,98. In investigation of Shigella strains for epidemiological purposes, PFGE is found to be convenient for evaluating clonal relations but because of the same clone is in circulation for a long time of period in Ankara, performing antibiotic typing method and/or plasmid profile analysis in addition to PFGE will be usefull in increasing discriminatory power of the method.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    225149

    Dışkı örneklerinde gastroenterit etkenlerinin araştırılması

    Dişki örneklerinde gastroenterit etkenlerinin araştirilmasi

    VESİLE YAZICI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BERNA GÜLTEKİN

  2. Tez No

    129974

    Edirne'de ishal etkenleri arasında campylobacter'lerin yerinin ve antimikrobiklere duyarlılıklarının araştırılması

    Research on campylobacter species as diarrheogenetic agents and their antimicrobial sensitivity patterns in Edirne

    ASİYE ATEŞ YILMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiTrakya Üniversitesi

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. H. MURAT TUĞRUL

  3. Tez No

    86785

    İstanbul'un su kaynaklarının patojen barsak bakterileri bakımından değerlendirilmesi

    Investigation for enteropathogenic bacteria in water sources of Istanbul

    FATMA KÖKSAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA SAMASTI

  4. Tez No

    171541

    Shigella sonnei ile infekte edilen immünsüprese ratlarda saccharomyces boulardii'nin tedavi edici etkisi ve translokasyonun araştırılması

    Theurapeutic effect of saccharomyces boulardii in shigella sonnei infecction and translocation in immunosupressed rats

    MUSTAFA BEHÇET

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    MikrobiyolojiDüzce Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. DEMET KAYA

  5. Tez No

    310176

    Klinik örneklerden üretilen shigella suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının ve ''Pulsed field gel electrophoresis'' genotipik profillerinin araştırılması

    Research of antibiotic suspectibility and pulsed field gel electrophoresis genotypical profiles of clinical shigella isolates

    GÜL GÜNER SOYLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiFatih Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA ULUKANLIGİL

Geri Dön