HIV-1 VIF-APOBEC3G eksen inhibitörünün karakterizasyonu ve DFT yöntemiyle moleküler modellenmesi
HIV-1 VIF-APOBEC3G axis inhibitor characterization and molecular modeling with dft method
- Tez No: 392413
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. YELDA YALÇIN GÜRKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Namık Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
RN-18, HIV-1 Vif-APOBEC3G eksen inhibitör çalışmalarında yapı-aktivite ilişkisini ve optimizasyonunu tarif etmekte kullanılır. RN-18 halkasının C, B halkası, A halkasının, köprü A-B ve köprü B-C hedefli modifikasyonlarının benzeri (4g ve 4i) ve geliştirilmiş 5, 8b ve 11 ile yeni inhibitörleri oluşturan çok önemli yapısal özelliklerini belirlemek için faaliyetleri gerçekleştirilmiştir. RN-18 analogları, iki etkili suda çözünür, aynı zamanda 17 ve 19'ların sonucunda ortaya çıkmıştir ve bu bileşik 19 ile farmakolojik çalışmaların sonuçlarını açıklamıştır. Bu çalışmada ise bulgular sonucunda hedef RN-18 protein ve analoglarının tanımlanması için daha etkili inhibitörler geliştirilmiştir. Sentez sırasında etkili olan yeni inhibitorleri geliştirmek için yapısal temel anlama üzerinde durulmuştur. Böylece A3G katalitik alanı yapısı önermek için RN-18 proteinden yola çıkılıp bir homoloji modelleme yaklaşımı yapılarak, HIV-1 viral enfeksiyon faktörlerine karşı küçük molekül inhibitörlerinin keşifleri geliştirilmiştir. Kuantum mekaniksel hesaplar gaz fazında yoğunluk fonksiyoneli teorisi DFT/B3LYP/631G* yöntemiyle yapılmıştır ve her molekülün optimum geometrik parametreleri termodinamik ve elektronik özellikleri hesaplanmıştır. Kemoterapilerde özellikle, HIV-1 ters transkriptaz proteaz ve HIV-1 proteini hedef inhibisyonunda, kazanılmış bağışıklık eksikliği sendromu (AIDS) hastaların hayatlarını uzatmak için yardımcı olmuştur. HIV-1 replikasyonunun yüksek oranda ortaya çıkması, Anti-HIV'in kemoterapi alanında ilaca direnç gösteren türleri ortaya çıkartmıştır. HIV-1 (MDR) ilacı HIV-1 MDR mutantlarına önemli ölçüde karşı direnç sağlamıştır. Sonuç olarak, sonuçlar VIF-APOBEC3G etkileşimi hedefleyen molekülleri optimize etmek ve yeni anti HIV ilaçların gelişiminde yol göstermek için kullanılabilir. Bu çalışma bilim açısından önemli bir yer edinecektir.
Özet (Çeviri)
RN-18, HIV-1 Vif-APOBEC3G axis inhibitor studies of structure-activity relationships and used to describe the optimization. Targeted modifications of RN-18 ring C, ring B, ring A, bridge A-B, and bridge B-C were performed to identify the crucial structural features, which generated new inhibitors with similar (4g and 4i) and improved (5,8b, and 11) activities. Two potent water-soluble RN-18 analogues, 17 and 19, are also disclosed, and we describe the results of pharmacological studies with compound 19. In this study, the finding result the target protein of RN-18 and analogues have been developed more effective inhibitors for identification. Focused on understanding the structural basis for developing new inhibitors that are effective during synthesis. Thus, to suggest that the structure of the catalytic domain of A3G RNA-18 road exiting from making a protein homology modeling approach, the discovery of small molecule inhibitors have been developed against HIV-1 viral infectivity factor. Calculations were carried out using the Density Functional Theory DFT/B3LYP/6-31G* levels. For this purpose, possible rections was examined estimately using Gaussion 09 package software. Chemotherapies that target inhibition of HIV-1 proteins, in particular HIV-1 protease and reverse transcriptase have been of immense help in prolonging the lives of patients with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). However, the high rate of HIV-1 replication has led to the emergence of drug-resistant strains that remain a major challenge in the field of anti-HIV chemotherapy. HIV-1 (MDR) drug have been provided resistance against HIV-1 MDR mutants considerably. As a result, the results may be used to optimize molecules targeting Vif-APOBEC3G interaction and lead to the development of novel anti-HIV drugs. This studies will have an important place for in science.
Benzer Tezler
- Investigation of the effects of HIV-1 tat gene on the expression of Secretory Leucocyte Protease Inhibitor in Primate Cell Lines.
HIV-1 tat geninin, primat hücrelerindeki salgısal lekosit proteaz inhibitörünün ifadelenmesi üzerine olan etkisinin incelenmesi.
SELÇUK ÖZDEMİR
Doktora
İngilizce
2015
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
- Design of proteolysis targeting chimeras (protacs) against HIV-1 Tat protein
HIV-1 Tat proteinine karşı proteoliz hedefleyen kimeraların tasarımı
SİNEM KÖSEOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR ALPTÜRK
DOÇ. DR. SEFER BADAY
- Investigation of the inhibitory effect of some secondary metabolites to Hiv-1 capsid protein oligomerization
Bazı sekonder metabolı̇tlerı̇n Hıv-1 kapsı̇t proteı̇nı̇ olı̇gomerizasyonuna etkı̇sı̇nı̇n araştırılması
SELİN GÜL TURGUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜMEYRA TAŞKENT SEZGİN
- Türk populasyonunda CC kemokin reseptör 5 geninde yer alan Δ32 allel sıklığının belirlenmesi
Frequency of the CC chemokine receptor 5 Δ32 allele in Turkish population
MEHMET ZEYNEL ÇİLEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SACİDE PEHLİVAN
- HIV-1 regulatory gene dependent expression of a toxic gene
Toksik bir genin HIV regulator genine bağlı olarak ekspresyonu
ZEYNEP YEĞİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ALPER ARSLANOĞLU