Geri Dön

Mercimekten (Lens culinaris Medik.) ADP-glukoz pirofosforilaz ve nişasta dallandırma enzimleri cDNA'larının izolasyonu

Isolation of ADP-glucose pyrophosphorylase and starch branching enzyme cDNAs from lentil (Lens culinaris Medik.)

  1. Tez No: 282747
  2. Yazar: IŞIL TULUM
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ, DOÇ. DR. İ. HALİL KAVAKLI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Botanik, Biology, Botany
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Botanik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 105

Özet

Bu tez çalışmasında nişasta biyosentezinde görev alan AGPaz enzimi büyük alt ünitesi (LS), küçük altünitesi (SS) ve nişasta dallandırma enzimleri cDNA'larının izolasyonu ve karakterizasyonu yapılmıştır. Aynı zamanda izole edilerek genetik dizileri belirlenen bu genlerin dokuya ve zamana bağlı anlatım profilleri de oluşturulmuştur.Mercimek, baklagiller (Leguminosae) familyasına ait bir bitki olup önemli oranlarda nişasta içermektedir. Türkiye ve gelişmekte olan ülkelerde önemli bir besin kaynağı olan mercimekte nişasta sentezinden sorumlu bu enzimleri kodlayan genler bilinmemektedir.Yapılan çalışma sonucunda tespit edilen yeni gen dizileri NCBI gen bankasında yerverilmiştir. Belirlenen bu gen dizileri bundan sonra bu bitki ile yapılacak olan çalışmalar için temel oluşturacaktır.Tez çalışmasının nihayi hedefi, nişasta sentezinde görev alan bu enzimleri kodlayan genlerin dizilerinin belirlenmesinin ardından ileriki çalışmalarda mercimekte nişasta sentez hızını artıracak çalışmalar yapmak ve bitki veriminin artırılmasını sağlamak olacaktır.Tezin amacı doğrultusunda iklim odalarında büyütülen mercimeklerden RNA izolasyonu ve cDNA sentezi yapılmış, bu cDNA'lardan Polimeraz Zincir Reaksiyonu sonucunda istediğimiz genlere ait parçalar elde edilmiştir. Bu parçalara DNA dizi analizi yapılarak değerlendirilmesi sonucu enzimleri kodlayan genlerin tam dizisi elde edilmiştir.Sonuç olarak izole edilen genlere NCBI gen bankasında, ADP-Glikoz pirofosforilaz büyük altünitesi L1 izoformu ulaşım kodu: GQ861440; ADP-Glikoz pirofosforilaz küçük altünitesi S1 izoformu ulaşım kodu: GQ919066 ile ulaşılabilmektedir. Genetik dizileri bu tez çalışmasında belirlenen bu genler ve izoformlarının kök, gövde, yaprak ve tohumda ifade düzeylerinin farklı olduğu tespit edilmiş olup, aynı dokuya ait örneklerde zamana bağlı bir anlatım düzeyinde farklılık da gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Lentil (Lens culinaris Medik.) is one of the most important members of Leguminosae family with high starch content.Starch biosynthesis occurs by the participation of three main enzymes; ADP-Glucose Pyrophosphorylase (AGPase), Starch Synthase (SS) and Starch Branching Enzyme (SBE). ADP-Glucose pyrophosphorylase catalyses the first commited step of starch biosynthesis in higher plants. Although lentil is an important nutritional source for Turkey and many developing countries, the genes encode for these enzymes haven?t been isolated yet.The ultimate aim is to enhance starch synthesis rate,hence, the yeild of the plant. For this purpose, RNA isolation and cDNA synthesis has performed from the lentil grown in the climate chambers and the fragments of the genes of interest has amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) using these cDNAs. After DNA sequencing we have determined the full lenght of these genes which will be reference for future studies.In this thesis, we have isolated and characterized the cDNAs of AGPase large subunit (LS), AGPase small subunit (SS) and starch branching enzyme (SBE). After the isolation of these genes the time depended and tissue spesific expression profiles have been determined. The expression profiles of these genes and isoforms which were determined in this thesis are observed to be different in various tissues like root, stem, leaf and seed. Also in the same tissue sample a time dependent expression difference has been detected.After the studies the isolated gene sequences were submitted to NCBI genebank. These sequences will be a basic reference for future studies about this plant. The genebank ID numbers are LS-L1: GQ861440, SS-S1: GQ919066.

Benzer Tezler

  1. Mercimek (Lens culinaris Medik.) bitkisinde ADP-glukoz pirofosforilaz enziminin kısa gün periyodundaki ekspresyon analizi

    Expression analyzes of ADP-glucose pyrophoshorylase enzym in lentil (Lens culinaris Medik.) in short-day period

    HANDE MORGİL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Biyoteknolojiİstanbul Üniversitesi

    Botanik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ

    DOÇ. DR. İ. HALİL KAVAKLI

  2. Structure function relationship of plant ADP-glucose pyrophosphorylase

    Bitki ADP-glikoz pirofosforilaz enziminin yapı işlev ilişkisi

    AYŞE BENGİSU SEFEROĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI

  3. Optimisation of Agrobacterium mediated gene transfer and micrografting systems in lentil (Lens culinaris Medik)

    Mercimekte (Lens culinaris Medik) Agrobakteri yoluyla gen transferi ve mikro aşılamaya dayalı rejenerasyon sistemlerinin optimizasyonu

    HAMDİ KAMÇI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

    YRD. DOÇ. DR. FÜSUN İNCİ EYİDOĞAN

  4. Mercimekte (Lens culinaris Medik.) AG ve AC mikrosatellitlerince zenginleştirilmiş genomik kütüphanelerden yeni ssrs (simple sequence repeats) markörlerin geliştirilmesi ve diğer baklagil türlerine transfer edilebilirliğinin test edilmesi

    Development of new ssr (simple sequence repeats) markers for lentils (Lens culinaris Medik.) from genomic library enriched with AG and AC microsatellites and transferabilitiy of other legume species

    ŞEHRİBAN DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİKE BAKIR

  5. Elektromagnetik alanın Lens culinaris Medik. (mercimek) üzerinde sitotoksik etkileri

    Cytotoxic effects of electromagnetic field on Lens culinaris Medik. (lentil)

    ŞÜKRİYE PINAR EREN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL ÜNAL