Bazı karamidye (Mytilus galloprovincialis Lamarck) Populasyonlarında ITS bölgesine dayalı genetik çeşitlilik
Genetic diversity of some black mussels (Mytilus galloprovincialis Lamarck) population based on ITS region
- Tez No: 282790
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SİMTEN NERDİN KUBANÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Zooloji, Genetics, Zoology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Zooloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
Ülkemiz karasularının sahip olduğu farklı ekolojik koşullarda yaşayan kara midyeler (Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819) ; çevresel değişimlere karşı ekolojik toleransa sahip olan, çevresel kirliliğin miktarını, kaynağını, derecesini ve su kalitesini dolaylı olarak gösteren önemli biyoindikatör organizmalardır ve kıyı ekosistemlerinde yer alan önemli bir canlı grubudur. Aynı zamanda, kültür yetiştiriciliğinde oldukça yüksek miktarlarda üretimi gerçekleştirildiği için ekonomik değere sahip olan organizmalardır. Ekonomik ve ekolojik öneme haiz olması nedeniyle, Mytilus galloprovincialis konusunda yapacağımız çalışmanın esas amacı farklı zoolojik bölgelere yayılmış olan midye populasyonları arasındaki genetik değişimlerin orataya çıkarılarak, analiz edilmesine dayanmaktadır, böylece Mytilus galloprovincialis populasyonlarının genetik yapısı ortaya koyulabilir.Genel bilgiler bölümünde Mytilus galloprovincialis'in zoocoğrafik dağılımı ve bazı biyolojik özellikleri hakkında temel bilgi verilmiştir ve akuatik organizmalarda genetik farklılığa yol açan doğal sebepler üzerinde durulmuştur. Ayrıca, populasyonlar arasında genetik polimorfizmin değerlendirilmesinde kullanılan temel moleküler markır metotları, konu ile ilgile çalışmalarla karşılaştırmalı şekilde açıklanmıştır. Çalışmamıza uygun olarak, genetik polimorfizmi en iyi ortaya koyacak olan markır metodu ve niçin ITS (ing. Internal Transcribed Spacer) lokusunun tercih edildiği tartışılmıştır.Ribozomal DNA'da ITS'e ait nükleotid dizilerinin evrensel primerler ile dizilenmesi ve analizi, yüksek nükleotid çeşitliliğini (? = 0,37539) ortaya koymuştur Moleküler varyasyon analizi (AMOVA) populasyon içi, populasyonlar arası ve populasyonlara ait gruplar arası genetik varyasyonun oranını hesaplamak için kullanılmıştır. Çalışılan populasyonlar arası düşük genetik farklılaşma (Fst: 0.02809) bulunmuştur ve populasyonlar arası gen akışı (Nm: 1.88 ) düzeyi yüksek olarak hesaplanmıştır. 5 lokal populasyon arasında önemli derecede altbölüme ayrılma saptanamamıştır ve 5 populasyon içindeki genotipler arasındaki ilişki `' Maksimum-Parsimoni ağacı'' ile ortaya koyulmuştur. Bu sonuçlara göre genetik mesafe ile coğrafik mesafe arasında güçlü bir bağlantı olmadığı belirlenmiştir. Ayrıca; kendi Mytilus galloprovincialis örneklerimizi, Atlantik ve Pasifik bölgesindeki diğer Mytilus galloprovincialis örneklerini ITS bölgesine dayalı olarak, UPGMA kümeleme yöntemi ile karşılaştırdık. Bu analize göre, Marmara ve Karadeniz'deki Mytilus galloprovincialis genotiplerinin, Pasifik bölgesindeki Mytilus galloprovincialis genotiplerine göre birbirine daha yakın olduğu görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Black mussel (Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819) living in distinct ecological conditions in coastal waters of our country is important bioindicator organism which has ecological tolerance for opposing environmental change and representes indirectly source, amount, degree of environmental pollution , water quality and is so crucial organism group taken place at coastal ecosystem. Also; these organisms have economical importance because of producing intensively at culturing- farming. Main goal of our research on subject of Mytilus galloprovincialis is based on analysis for bringing out genetic diversity among mussel populations which disperse distinct zoogeographic region due to having trade volume and ecological importance, that's why, the genetic structure of populations of Mytilus galloprovincialis can be introduced.The basic knowledge about distribution and some biological properties of Mytilus galloprovincialis is given in the general information section and emphasises on natural causes bringing about genetic diversity in aquatic organism. Besides, basic molecular marker methods used in evaluating genetic polymorphism among population is comparatively explained by the studyies relevant with the subject. In accordance with our study, it has been discussed marker methods that best introduce the genetic polymorphism and why ITS (Internal Transcribed Spacer) locus is preferred.Sequencing and analysis of nucleotide sequences belonging to the internal transcribed spacer of rDNAs by using universal primers revealed high nucleotide diversity (? = 0,37539) . Analysis of molecular variance (AMOVA) was used to calculate the partitioning of the genetic variance within and among populations, and among groups of populations. Genetic differentiation (Fst) among the populations studied was 0.02809 indicating low level of genetic divergence and the high level of gene flow (Nm) was estimated to be 1.88 among populations. No significant population subdivision was detected among the six local populations and associations among the genotypes in six populations revealed by `?the Maximum Parsimony tree??. According to these result, there was no strong link between genetic distance and geographic location of the population. Also, We compared our Mytilus galloprovincialis samples with other Mytilus galloprovincialis samples from Atlantic and Pasific region based ITS sequences by using UPGMA cluster methods. The analysis indicated that Mytilus galloprovincialis genotypes from Atlantic and Mytilus galloprovincialis from Marmara and Karadeniz are closer each other than Mytilus galloprovincialis genotypes from Pasific region.
Benzer Tezler
- Dondurulmuş midyenin (Mytilus galloprovincialis, Lamarck, 1819) farklı yöntemlerle çözündürülmesi sırasında meydana gelen kalite değişimleri
Quality changes of frozen mussels (Mytilus galloprovincialis, Lamarck, 1819) during different thawing methods
HAKAN GÜNEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Su ÜrünleriEge ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. TUNCAY KINACIGİL
- Sinop ili deniz suyu ve kara midye (Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819)'nin mikrobiyolojik analizi ve izole edilen Escherichia coli suşlarının moleküler karakterizasyonu
Microbiological analysis of seawater and black mussels (Mytilus galloprovincialis Lamarck, 1819) of Sinop province and molecular characteriziation of isolated Escherichia coli strains
CUMHUR AVŞAR
- İstavrit ve midyelerde gıda güvenliği açısından bazı pestisitlerin belirlenmesi ve değerlendirilmesi
Determination and evaluation of some pesticides in horse mackerel and mussels, regarding food safety
ŞAFAK ULUSOY
Doktora
Türkçe
2014
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZKAN ÖZDEN
- İzmir ili kara midye (Mytilus galloprovincialis, lamarck 1819) yetiştiriciliği ve potansiyeli
Izmir province black mussel (Mytilus galloprovincialis, lamarck 1819) aquaculture and potantiel
İLKNUR ZORLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Su ÜrünleriEge ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞÜKRÜ YILDIRIM
- İki farklı istasyonda ağ fileler içerisinde midye (Mytillus galloprovincialis, Lamarck 1819) yetiştiriciliği
Başlık çevirisi yok
ŞÜKRÜ YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Su ÜrünleriEge ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATİLLA ALPAZ