Mercimekte SSR (simple sequence repeat) markörlerinin geliştirilmesi
Development of SSR (simple sequence repeat) markers in lentil
- Tez No: 283262
- Danışmanlar: PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Bu çalışmada Karacadağ mercimek genotipinin genomik DNA'sı kullanılarak 4 farklı nükleotid motifi (CA, GA, AAC, ATG) ile zenginleştirilmiş genomik kütüphaneler oluşturulmuştur. Oluşturulan genomik kütüphanelerden 432 klon elde edilmiş ve bu klonların sekansı yapılarak, tekrar bölgesi içermeyen ve aynı DNA dizilimine sahip olan klonlar elemine edildikten sonra geriye kalan 322 klonda paket programlar aracılığıyla SSR tekrarları aranmıştır. Bunun sonucunda, 322 klonda 360 SSR bölgesi saptanmış ve bu tekrar bölgelerinin hepsi için primer dizaynı yapılmıştır. Sentezlenen 360 primerden, 220'sinin DNA'ya bağlanma sıcaklığı belirlenmiş ve bağlanma sıcaklığı bilinen 220 primerden 149'u, Türkiye'de yetiştirilen 15 mercimek çeşidinde genetik çeşitlilik analizi yapmak için kullanılmıştır. Kullanılan 149 primerden 78'i mercimek çeşitlerinde birden fazla allel üretmiş, geri kalan 71 primer ise tek allel üretmiştir. Polimorfizm gösteren 78 primer toplam 400 allel üretmiş ve lokus başına düşen ortalama allel sayısı 5.1 olarak bulunmuştur. Primerlerin polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) değerleri 0.06 ile 0.89 arasında değişirken, ortalama PBİ değeri 0.58 olarak saptanmıştır. UPGMA tabanlı dendogramda bütün genotipler 2 gruba ayrılmıştır. Elde edilen dendogram analizleri kullanılarak, haritalama populasyonu oluşturmak ve yeni çeşit geliştirmek için kullanılması gereken genotiplerin seçimi mümkün olabilecektir. Geliştirilen SSR markörleri mercimekte mevcut genetik haritaların genişletilmesinde, QTL, MAS ve genetik çeşitlilik gibi çalışmalarda etkin bir şekilde kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
In this study, genomic libraries that were enriched with four different microsatellite motifs (CA, GA, AAC, and ATG) were developed by using genomic DNA of Karacadağ genotype. From these genomic libraries, total 432 clones were sequenced. Out of the 432 clones, 110 clones eliminated because some of these didn?t contain SSR repeats or had same duplicated sequences. Total 360 SSR regions were detected and primer pairs were designed for these SSR regions, from the remaining 322 clones. Optimum annealing temperature was determined for 220 out of 360 primer pairs. 149 primers pairs, which have a known optimum annealing temperature, were used for genetic diversity analysis in Turkish lentil cultivars. Out of the 149 primers, 71 primer pairs amplified monomorphic fragments and 78 primer pairs produced 400 polymorphic alleles in 15 lentil cultivars. The average number of allele per locus was 5.1 and the polymorphism information content (PIC) of primers ranged from 0.06 to 0.89 with an average of 0.58. The UPGMA based dendogram separated all lentil cultivars into two main groups. Using dendogram analysis, it will be possible to select genotypes which should be used for constructing map population and development of new cultivars for lentil. This developed SSR markers can be used in the studies such as development of present genetic maps in QTL, MAS and genetic diversity in lentil.
Benzer Tezler
- Mercimekte (Lens culinaris Medik.) AG ve AC mikrosatellitlerince zenginleştirilmiş genomik kütüphanelerden yeni ssrs (simple sequence repeats) markörlerin geliştirilmesi ve diğer baklagil türlerine transfer edilebilirliğinin test edilmesi
Development of new ssr (simple sequence repeats) markers for lentils (Lens culinaris Medik.) from genomic library enriched with AG and AC microsatellites and transferabilitiy of other legume species
ŞEHRİBAN DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİKE BAKIR
- Kültür mercimeğinde (Lens culinaris Medik.) geliştirilen genomik SSR Markörlerinin yabani mercimek türlerine transfer edilebilirliğinin belirlenmesi
Determination of transferability of genomic SSR Markers developed in cultured lentil (Lens culinaris Medik.) to wild lentil species
MERVE KEKLİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELİKE BAKIR
- Mapping of newly developed genomic simple sequence repeat markers to lentil (Lens culinaris Medik.) genome
Yeni geliştirilen genomik SSR markörlerin mercimek (Lens culinaris Medik.) genomuna haritalanması
BRIAN WAKIMWAYI KOBOYI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELİKE BAKIR
- Microsatellit (SSR) DNA markörlerinin mercimek genom haritalamasında kullanılması
Use of SSR (microsateliite) markers in construction of genetic linkage map of lentil
İBRAHİM VARLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
ZiraatHarran ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ABDULLAH KAHRAMAN
- Mercimek çeşit ve türlerinin SSR (Simple sequence repeat) markörleri ile moleküler karakterizasyonu
Characterisation of lentil species and cultivars using SSR (Simple sequence repeat) markers
ÜMRAN AKGÜN YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
ZiraatHarran ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ABDULLAH KAHRAMAN