Geri Dön

Microsatellit (SSR) DNA markörlerinin mercimek genom haritalamasında kullanılması

Use of SSR (microsateliite) markers in construction of genetic linkage map of lentil

PDF İndir

  1. Tez No: 252142
  2. Yazar: İBRAHİM VARLI
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ABDULLAH KAHRAMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Harran Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 57

Özet

Bu çalışmada, SSR markörlerinin mercimek (Lens culinaris Medik) genomuna ait bağlantı haritasında kullanılması amaçlanmıştır. Çalışma materyali olarak mercimek hattı WA8649041 ile Precoz çeşidinin melezlemesinden elde edilen bireylerin tek tohuma dayalı (single seed descent) metotla 6 generasyon kendileme yapılarak elde edilen 93 adet rekombinant saf hatlardan (RIL, recombinant inbreed lines) oluşan populasyon kullanılmıştır. Deneme materyali, Washington State Üniversitesi, Pullman, ABD den temin edilmiştir.Genom haritalamasında SSR markörlerine ilaveten RAPD, AFLP, ISSR ve morfolojik markörler kullanılmıştır. Çalışmada 175 SSR primeri kullanılmış olup, 25 SSR primeri polimorfik, 109 SSR monomorfik ve 41 SSR çalışmamıştır. Polimorfik SSR markörleri genetik bağlantı haritasında belirli bir kromozom veya grupta toplanmayıp farklı bağlantı gruplarına dağılmıştır. Halihazırda mevcut 123 markörden oluşan genom haritasına (57 AFLP, 48 RAPD, 16 ISSR ve 2 morfolojik markör) bu çalışmayla 13 SSR markör ilave edilerek genom haritasındaki toplam markör sayısı 136 olmuştur. Genom haritası 11 bağlantı (linkaj) grubundan oluşmuş olup, toplam harita uzunluğu 1311.2 cM dir. WSU' dan temin edilen SSR primerlerinde (Rajesh ve ark., 2008) polimorfizm oranı düşük (% 6.45) olduğu belirlenmiştir. Duran ve ark. (2004) ile ICARDA' dan sağlanan SSR primerlerinin (Hamwieh ve ark., 2005) polimorfizm oranı nispeten yüksek bulunmuştur (sırasıyla, % 20 ve % 34.8). Tüm SSR primerleri toplu olarak değerlendirildiğinde, polimorfizm oranı %14.3 gibi düşük bulunmuştur. Bağlantı grupları 1, 3, 4 ve 7 hariç, diğer bağlantı gruplarında en az 1 SSR markörü haritalanmıştır.

Özet (Çeviri)

The objective of this study was to integrate the SSR (Simple sequence Repeats) markers in lentil genetic linkage map. To construct the linkage map, an F6 derived Recombinant inbreed line (RIL) population with 93 lines developed from the cross of WA8649041 x Precoz lentil lines was used. Linkage map was comprised of RAPD, ISSR, AFLP, SSR and morphological markers. One hundred seventy five (175) SSR markers were used in the study. 25 SSR markers were found polymorphic, while 109 SSR markers were monomorphic and 41 SSR markers did not work. SSR markers were distrubuted in different linkage groups rather than clustering in some linkage groups. Of the 25 SSR markers, 13 of them were mapped in lentil genome and the current genetic linkage map is comprised of 136 markers including 57 AFLP, 48 RAPD, 16 ISSR, 2 morphologicl and 13 SSR markers. Genetic linkage map is comprised of 11 linkage groups with 1311.2 cM in length and average genetic distance between two markers is 9.64 cM. Polymorphizm rate of SSR primers provided from Washington State University) was low (6.45%). Polymorphism rate of SSR primers obtained from ICARDA and Duran et al. (2004) were relatively higher (34.8 and 20 %, respectively). Almost in each linkage group had at least one SSR marker except 4 linkage groups (LG1, LG3, LG 4 and LG7)

Benzer Tezler

  1. Tez No

    283262

    Mercimekte SSR (simple sequence repeat) markörlerinin geliştirilmesi

    Development of SSR (simple sequence repeat) markers in lentil

    ENVER ERSOY ANDEDEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÖZKAN

  2. Tez No

    424228

    Safranda SSR (Simple sequence repeat) DNA markörlerinin geliştirilmesi ve yakın akraba türlere aktarılabilirliğinin araştırılması

    Development of SSR (Simple sequence repeat) DNA markers in saffron (Crocus sativus L.) and their transferability to the closer relative species of saffron.

    AYSUN GEDİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÖZKAN

  3. Tez No

    212622

    Mikrosatelit DNA belirleyicileri kullanarak yerel ekmeklik buğday çeşitlerinin tanımlanması

    Identification of bread wheat landraces using microsatellite DNA markers

    BETÜL DEDE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyoteknolojiGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET YILDIRIM

  4. Tez No

    323208

    Pamuk (Gossypıum L.) kromozom substitüsyon hatlarının mikrosatellit markırları kullanılarak belirlenmesi

    Identification of cotton (Gossypium L.) chromosome substitution lines microsatellite markers

    ADNAN AYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET KARACA

  5. Tez No

    542481

    Ekmeklik buğdayda (Triticum aestivum L.)kahverengi pas (Puccinia triticina) hastalığınadayanıklılık genlerinin basit dizi tekrarları (SSRS) moleküler markörü kullanılarak saptanması

    Determination of leaf rust (Puccinia triticina) resistance genes in bread wheat (Triticum aestivum L.) using simple sequence repeats (SSRS) markers

    PAKİZE ÖZLEM KURT POLAT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatBursa Uludağ Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KÖKSAL YAĞDI

Geri Dön