Development of an oligonucleotide based sandwich array platform for the detection of transgenic elements from plant sources using label-free PCR products
İşaretlenmemiş PZR ürünlerini kullanarak bitkilerden transgenik elementlerin tespiti için oligonukleotit tabanlı sandviç dizi platformunun geliştirilmesi
- Tez No: 286091
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FÜSUN İNCİ EYİDOĞAN, PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
DNA mikro ve makrodizi teknolojilerindeki ilerlemeler bu yüksek çıktılı sistemleri daha ucuz, hızlı ve basit nicel ve nitel tespit yöntemlerini geliştirmede aday kılmıştır. Bu çalışmada işaretlenmemiş çeşitli rekombinat elementlerin genetiği değiştirilmiş bitkilerden hızlı ve hassas bir şekilde tespiti için basit ve ucuz sandviç hibridizasyonuna dayalı bir yöntem geliştirilmiştir. Çalışmamız daha sonra gerçek örneklerin tespitinde kullanılmak üzere, tek sarmal DNA kullanarak inkübasyon zamanı, konsantrasyon ve sıcaklık gibi parametrelerin optimizasyonu ile başlamıştır.Bu sandviç tipi DNA çip platformunda, tespiti hedeflenen DNA örneğinin ilk yarısına eşlenik olan yüzey probu (capture probe) poly-l-lizin kaplı mikroskop camına sabitlenmiştir. PZR ile çoğaltılmış fakat saflaştırılmamış hedef DNA ve hedef DNA' nın diğer yarısına eşlenik olan biotinle işaretlenmiş tespit probu sıvı fazda yüzey probu ile üçlü kompleks oluşacak şekilde hibridize olmuşlardır. Daha sonra streptavidin ile konjuge edilmiş kuantum noktacıklarının bu sandviç kompleksine dahil olası ile birlikte ultraviyole ışığı altında sinyal elde edilmiştir. Bu çalışmada geliştirilen sandviç tabanlı dizi sistemi tek bir DNA çip platformunda GDO elementlerinin çoklu taranmasını sağlamaktadır. 35S promotor, NOS terminatör, CRY1Ab ve BAR hedef sekansları başarılı bir şekilde aynı platform üzerinde tespit edilmiştir. Platform ayrıca transgenik bitkiden elde edilen 35S promotoru ile sertifikalı % 5 GDO içeren referans materyalden çoğaltılan NOS terminatörünü ve BAR transgenini tespit edebilmiştir.Geliştirilen DNA çip platformu ucuz, hızlı, güvenilir ve hassas sandviç yöntemi sayesinde tek bir platform üzerinde PZR ile çoğaltılmış ve işaretlenmemiş çoklu transgenik elementlerinin tespitini sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Advances in DNA micro and macroarray technologies made these high-throughput systems good candidates for the development of cheaper, faster and easier qualitative and quantitative detection methods. In this study, a simple and cost effective sandwich hybridization-based method has been developed for the rapid and sensitive detection of various unmodified recombinant elements in transgenic plants. Attention was first focused on the optimization of conditions such as time, concentration and temperature using commercial ssDNA, which in turn could be used for real sample detection.In this sandwich-type DNA chip platform, capture probes complementary to the first half of recombinant element (target adapter) were immobilized onto poly-L-lysine covered conventional microscope slides. PCR-amplified un-purified target adapter and biotin labeled detection probe, which is complementary to the second half of target adapter, were hybridized in solution-phase to complementary capture probes to create a sandwiched tripartite complex. Later, hybridization signal was visualized by the attachment of streptavidin conjugated Quantum Dot to the sandwiched complex under UV illumination. Sandwich based array system that has been developed in this study allows multiplex screening of GMO events on a single DNA chip platform. 35S promoter, NOS terminator, CRY1Ab and BAR target sequences were successfully detected on the same DNA chip platform. The platform was able to detect unlabeled PCR amplified DNA fragments of CaMV 35S promoter sequence and NOS terminator and BAR transgene sequences from transgenic potato plants and NK603 Certified GMO Reference material, respectively.The DNA-chip platform developed in this study will allow multiple detection of label-free PCR-amplified transgenic elements from real GMO samples on a single slide via a cost effective, fast, reliable and sensitive sandwich hybridization assay.
Benzer Tezler
- Development of sandwich type nucleic acid array platform for the detection of microRNAs in breast cancer
Meme kanseri tespiti için sandviç tabanlı nükleik asit dizi platformunun geliştirilmesi
SEREN ATILGAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Development of diagnostic platforms for single nucleotide polymorphism detection
Tek nükleotit polimorfizmi tespitine yönelik tanı platformlarının geliştirilmesi
OYA AKÇA
Doktora
İngilizce
2014
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Yüzeyde güçlendirilmiş Raman spektroskopisi kullanılarak yüksek hassasiyette DNA analizine yönelik dönen çember amplifikasyonu yönteminin geliştirilmesi
Development of rolling circle amplification method for high sensitivity DNA analysis using surface enhanced Raman spectroscopy
BURCU GÜVEN
Doktora
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI BOYACI
- Prokalsitonine karşı selex yöntemiyle aptamer geliştirilmesi
Development of aptamers against prokalsitonin by selex method
ÖMER EMECEN
Doktora
Türkçe
2024
Moleküler TıpOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZGİN GÜNEŞ
- Nucleic acid based lateral flow test (LFT) for COVID-19 diagnosis
Nükleik asit temelli yanal akış testi (LFT) ile COVID-19 teşhisi
ENES GÜLTEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyoteknolojiİnönü ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLEK ÇAM DERİN