Application of surface-enhanced raman scattering (SERS) method for genetic analyses
Yüzeyde-güçlendirilmiş raman saçılması (YGRS) metodunun genetik analizler için uygulaması
- Tez No: 286182
- Danışmanlar: PROF. DR. MÜRVET VOLKAN, PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Yüzeyde-Güçlendirilmiş Raman Spektroskopisi (YGRS), Yüzeyde-Güçlendirilmiş Raman Gen Probları, DNA, Übikütin-proteazom sistem (UPS), Surface-Enhanced Raman Scattering (SERS), SERGen probes, DNA, Ubiquitin-proteasome system (UPS)
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Raman spektrometresi çok iyi spektral seçicilik sağlar fakat duyarlılığının düşük olması nedeni ile kullanımı çok kısıtlı kalmıştır. Yüzeyde güçlendirilmiş Raman saçılması (YGRS) etkisinin keşfedilmesi pek çok madde için duyarlılığın 108 kat artmasını sağlayarak bu olumsuzluğu gidermiştir.Bu çalışmada yeni bir YGRS aktif substrat geliştirildi. Polivinilalkol (PVA) içerisine hapsedilmiş gümüş nano parçacıkla kaplı YGRS substrat, polimer matriks içerisindeki gümüşlerin hem kimyasal hem de elektrokimyasal olarak indirgenmesiyle hazırlandı. Bu substratların performansları biyolojik açıdan önemli birtakım bileşikler ile değerlendirildi.Son yıllarda spesifik DNA tanımlaması büyük önem kazanmıştır; çünkü artan bir şekilde farklı organizmaların DNA dizileri saptanmaktadır. Dizin bilgisi mikroorganizma ya da hastalık genlerininin tanımlanması için kullanılabilir. Bu çalışmada, spesifik proteazom gen dizileri hem boya kullanılmadan spektrofotometrik olarak hem de YGRS ile belirlendi. Spektrofotometrik yöntemde, proteazom gen prob ve eşleniği olan hedef dizisi ayrı ayrı altın nano parçacığa tutturuldu. Daha sonra, hedef ve prob oligonükleotid ile modifiye edilmiş altın nanoparçacıkları karıştırılarak hibridizasyon yapıldı ve altın nanoparçacıkların yüzey plazmon absorpsiyon bantlarındaki kayma takip edildi.Spesifik nükleik asit dizinlerinin YGRS ile belirlenmesi hedef DNA ların eşleniği olan YGRS aktif boya ile etiketlenmiş prob dizinleri ile hibridizasyonuna dayanır. Bu çalışmada, proteazom düzeyleri ve hastalık durumu arasındaki ilişkiyi göstermek için YGRS gen problarının kullanıldığı bir Raman spektroskopik yöntem öneriyoruz. Bu yeni yaklaşım, enzim aktifliği ölçüm yöntemlerine alternatif olarak, hastalardaki artan ya da azalan proteazom gen transkripsiyon düzeylerinin tayini ile ilgilidir. İlk olarak, YGRS gen problar, YGRS aktif boyalar ve spefisik proteazom gen dizileri kullanılarak hazırlandı. Daha sonra hedef DNA ile eşleniği olan YGRS gen prob dizinleri hibridize edilerek, SERS aktif pik takip edildi.
Özet (Çeviri)
Raman spectroscopy offers much better spectral selectivity but its usage has been limited by its poor sensitivity. The discovery of surface-enhanced Raman scattering (SERS) effect, which results in increased sensitivities of up to 108-fold for some compounds, has eliminated this drawback.A new SERS active substrate was developed in this study. Silver nanoparticle-doped polyvinyl alcohol (PVA) coated SERS substrate prepared through chemical and electrochemical reduction of silver particles dispersed in the polymer matrix. Performances of the substrates were evaluated with some biologically important compounds.The specific detection of DNA has gained significance in recent years since increasingly DNA sequences of different organisms are being assigned. Such sequence knowledge can be employed for identification of the genes of microorganisms or diseases. In this study, specific proteasome gene sequences were detected both label free spectrophotometric detection and SERS detection. In label free spectrophotometic detection, proteasome gene probe and complementary target gene sequence were attached to the gold nanoparticles separately. Then, the target and probe oligonucleotide-modified gold solutions were mixed for hybridization and the shift in the surface plasmon absorption band of gold nanoparticles were followed.SERS detection of specific nucleic acid sequences are mainly based on hybridization of DNA targets to complementary probe sequences, which are labelled with SERS active dyes. In this study, to show correlation between circulating proteasome levels and disease state we suggest a Raman spectroscopic technique that uses SERGen probes. This novel approach deals with specific detection of elevated or decreased levels of proteasome genes? transcription in patients as an alternative to available enzyme activity measurement methods. First, SERGen probes were prepared using SERS active labels and specific proteasome gene sequences. Then DNA targets to complementary SERGen probe sequences were hybridized and SERS active label peak was followed.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Ağızlık açma mekanizmalarının tasarımı
Başlık çevirisi yok
RECEP EREN
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiUludağ ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİL R. ALPAY
- Doğuştan kalça çıkıklı hastalarda kalça patolojilerinin bilgisayarlı tomografi ile değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
NECDET ŞÜKRÜ ALTUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Ortopedi ve TravmatolojiGazi ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ORHAN ASLANOĞLU
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER