Visualization of protein-protein interaction networks
Protein-protein etkileşim ağlarının görselleştirilmesi
- Tez No: 286278
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CESİM ERTEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Bu çalışmamızda Protein-Protein Etkileşim (PPE) Ağlarının Gen İfade ve Gen Ontoloji verileri kullanılarak görselleştirilmesi ve doğrulanması için bir model sunuyoruz. Kümeli görselleştirme modelimiz merkez ve çevrel görünümden oluşmakta olup kullanıcı PPE ağlarını yaygın olarak kullanılan çizgesel unsurlara göre değil, biyolojik verilere göre kümeleyebilmektedir. Kümelerin içeriği çevrel görünümde görüntülenirken kümeler arası etkileşimler merkez görünümde görüntülenmektedir. Çalışmamızın sunduğu ikinci yenilik, etkileşim güvenilirliklerinin çizge yerleşim algoritmaları çalışırken hesaba katılıyor olmasıdır. Bu amaçla yaygın olarak kullanılan çizge yerleşim algoritmalarına kenar ağırlıklarını hesaba katacak şekilde değişiklik yaptık. Üçüncü yenilik ise Robinviz'in PPE ağlarını Gen İfade verileri üzerinde uygulanan ikili kümeleme (biclustering) sonuçlarına göre parçalayabiliyor olmasıdır. Son olarak, ürettiğimiz görseller aracılığıyla PPE Ağları ve Gen Ontoloji/Gen İfade verileri arasında çift yönlü doğrulama yapılabilmektedir. Bu özellikleri, Robinviz'in literatüre kattığı değeri kanıtlamaktadır.
Özet (Çeviri)
We provide a model to visualize and verify PPI Networks using Gene Expression and Gene Ontology data. A clustered dual (central/peripheral) visualization model is provided and user can cluster PPI Networks according to biological semantics rather than graph-theoretical measures which are common in the literature. Second novelty of our work is that interaction reliabilities are taken into account in the layout computations. For this purpose, weighted modifications on popular graph layouts are employed. Third novelty is that Robinviz can partition PPI Networks according to biclustering results on Gene Expression data and visualize the partitions. Finally, bidirectional verification between PPI Networks and Gene Ontology/Gene Expression data can be performed using our visuals. These features may prove Robinviz to be of value on its own.
Benzer Tezler
- A drawing tool for protein interaction maps in Kohn notation
Kohn notasyonu ile protein etkileşim haritalarını çizme aracı
MİNE EDES
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN ÖZTURAN
- Multi-resolution visualization of large scale protein networks enriched with gene ontology annotations
Gen ontoloji açıklamalı büyük ölçekli protein ağlarının yüksek çözünürlüklü görselleştirilmesi
SEVGİ YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Automation of PRISM algorithm for prediction of protein-protein interactions
Proteinler arasındaki etkileşimleri tahmin eden PRISM algoritmasının otomatikleştirilmesi
PELİN ATICI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Visualization of intersecting sets in biological networksand filtering based on their topological properties
Biyolojik ağlarda kesişen kümelerin görselleştirilmesi ve topolojik özelliklerine göre filtrelenmesi
ÜMİT BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiElektrik ve Bilgisayar Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU BAKIR GÜNGÖR
- Systems biological analysis of pathogen-host protein-protein interactions and the related drug-protein interactions to identify potential drugs for repurposing against infectious diseases
Patojen-konak protein-protein etkileşimlerinin ve ilgili ilaç-protein etkileşimlerinin enfeksiyon hastalıkları için yeniden konumlandırma adayı potansiyel ilaçları belirlemek için sistem biyolojisi yaklaşımıyla analizi
GAMZE YAZGELDİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyoistatistikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA DURMUŞ
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR