Multi-resolution visualization of large scale protein networks enriched with gene ontology annotations
Gen ontoloji açıklamalı büyük ölçekli protein ağlarının yüksek çözünürlüklü görselleştirilmesi
- Tez No: 255116
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 47
Özet
Bilgisayar bilimi gözüyle baktığımızda, genom bazındaki protein-protein etkileşim ağları binlerce düğümden oluşan ağ ya da çizgelerdir. Protein-protein etkileşim ağları bir genomun proteinleri ya da genleri arasındaki pek çok etkileşimi ifade etmektedir. Hücresel işlevlerin etkileşen proteinler tarafından yerine getirilmesi ve hücredeki temel yapıların etkileşen proteinler tarafından oluşturulması nedeni ile proteinlerin işlevlerinin öngörülmesinde protein etkileşim verisi hayati önem taşımaktadır.Protein etkileşim öngörü ve analiz tekniklerindeki yakın dönemdeki artış genomlar için pek çok miktarda protein-protein etkileşim verisinin elde edilmesini sağladı. Bu da protein etkileşim ağları için sistematik bir görselleştirme ve analiz tekniğini kritik düzeye getirdi.Bildiğimiz kadarıyla, protein-protein etkileşimlerini görselleştiren araçlar, protein-protein etkileşimlerinin çok çözünürlüklü görselleştirilmesini dikkate almamaktadırlar. Tezimizde, protein-protein etkileşim ağlarını bileşik çizgeleri destekleyerek çok çözünürlüklü görselleştiren yeni bir yaklaşım gerçekleştirdik. Yaklaşımımız bileşik düzeneğe sahip çizgelerin gen ontolojisi açıklama analizi ile çok çözünürlüklü gösterimini desteklemektedir. Tezimizde protein-protein etkileşim ağlarının görselleştirilmesine yönelik yeni yöntemleri öneriyoruz.
Özet (Çeviri)
Genome scale protein-protein interactions (PPIs) are interpreted as networks or graphs with thousands of nodes from the perspective of computer science. PPI networks represent various types of possible interactions among proteins or genes of a genome. PPI data is vital in protein function prediction since functions of the cells are performed by groups of proteins interacting with each other and main complexes of the cell are made of proteins interacting with each other. Recent increase in protein interaction prediction techniques have made great amount of protein-protein interaction data available for genomes. As a consequence, a systematic visualization and analysis technique has become crucial. To the best of our knowledge, no PPI visualization tool consider multi-resolution viewing of PPI network. In this thesis, we implemented a new approach for PPI network visualization which supports multi-resolution viewing of compound graphs. We construct compound nodes and label them by using gene set enrichment methods based on Gene Ontology annotations. This thesis further suggests new methods for PPI network visualization.
Benzer Tezler
- Fast stereoscopic view-dependent visualization of terrain height fields
Arazi yükseklik verilerinin stereoskopik bakışa göre hızlı görüntülenmesi
TÜRKER YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UĞUR GÜDÜKBAY
- Yüksek çözünürlüklü uydu görüntüleri kullanarak benzer spektral özelliklere sahip doğal nesnelerin ayırt edilmesine yönelik bir metodoloji geliştirme
Developing a methodology for discriminating natural objects having spectrally similar features using very high resolution satellite imagery
İSMAİL ÇÖLKESEN
Doktora
Türkçe
2015
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHSİN YOMRALIOĞLU
- GPU üzerinde yazılım tabanlı anten gerçeklenmesi
Realization of software-defined antenna on GPU
ABDULLAH BAKIRTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK PAKER
- Immersive socialvisual analytics
Başlık çevirisi yok
AHMET BERTAN KAVUNCU
Doktora
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolImperial College LondonDR. YİKE GUO
- Dijital yükseklik modeli verisi kullanılarak üç boyutlu dijital harita modeli geliştirilmesi
Implementing 3D digital map modeling using digital elevation model data
EMİN EMRAH ÖZSAVAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAnkara ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. REFİK SAMET