Kolorektal karsinoma tanısı alan hastalarda KRAS, BRAF onkogen yapısal mutasyonları ve bazı tümör süpresör genlerin (HIC-1, P16, DAPK1, SFRP2 ve MGMT) dokuya özgü metilasyon profillerinin karşılaştırılması
Comparision of KRAS, BRAF oncogene mutations and tissue spesific promoter hypermethylation of some tumor suppressor genes (HIC-1, P16, DAPK1, SFRP2 and MGMT)
- Tez No: 291763
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSA SARI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Biology, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Cumhuriyet Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Kanser genomda meydana gelen genetik ve epigenetik değişimlerin neden olduğu kontrolsüz hücre bölünmesidir. Kolorektal kanser dünya genelinde hem kadın hem de erkeklerde 3. en sık kanser türüdür. Bu güne kadar kolorektal kanser genetiği ile ilgili pek çok onkogen mutasyonu ve tümör süpresör gen hipermetilasyonu değerlendirilmiş ve kolorektal kanser oluşumundaki yerleri belirlenmeye çalışılmıştır. Bu tez kapsamında kolorektal kanser dokularında KRAS ve BRAF onkogen mutasyon sıklıkları, HIC1, SFRP2, P16, DAPK1 ve MGMT tümör süpresör genlerinin promotör hipermetilasyon profilleri ve bu genlerdeki hipermetilasyonların onkogen mutasyonları ile olası ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Bu amaçla çalışmaya 93 adet kolorektal kanser dokusu (32 kadın, 61 erkek; ortalama yaş 65.59±14.19) ve 14 adet (5 kadın, 9 erkek; ortalama yaş 63,89±5.9) kolorektal kanserli bireylere ait normal kolon mukozası dahil edilmiştir. Dokulardan izole edilen genomik DNA'larda 12 adet KRAS mutasyonu (kodon 12Val, kodon 12Asp, kodon 12Leu, kodon 12Ser, kodon 12Ala, kodon 12 Ile, kodon 12Cys, kodon 12Arg, kodon 13Cys, kodon 13Asp) revers-hibridizasyon strip test yöntemi ile araştırılmıştır. BRAF V600E mutasyonu restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (RFLP) yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Tümör süpresör genler DNA'nın bisülfit modifikasyonunun ardından metil spesifik PCR (MSP) ile amlifiye edilmiş ve revers-hibridizasyon strip test tekniği ile promotör hipermetilasyon profilleri belirlenmiştir.Yapılan deneyler sonrasında hasta grubunda KRAS mutasyon frekansı % 54.84 (n=51), BRAF mutasyon frekansı % 12.9 (n=12) olarak saptandı. SFRP2, DAPK1, MGMT, HIC1 ve p16 genlerinin promotör hipermetilasyon frekansları sırası ile % 66.7, % 45.2, % 40.9, %40.9, % 15.1 olarak belirlendi. KRAS gen mutasyonu ve tümör süpresör gen promotör hipermetilasyon birliktelikleri istatistiksel olarak anlam ifade etmezken BRAF V600E mutasyonları ile hipermetile SFRP2 (p=0.005) ve hipermetile p16 genlerinin (p=0.016) birlikte bulunmalarının anlamlı derecede sık olduğu saptandı.Sonuç olarak; bu araştırmadan elde edilen bulgular ışığında KRAS mutasyonu ve SFRP2 hipermetilasyonu kolorektal kanser onkogenezinde önemli rol oynamaktadır. BRAF V600E mutasyonu tümör süpressör gen hipermetilasyonu ile ilişkili bulunmuştur. Genetik ve epigenetik analizler tüm kanser türleri için kanser başlaması, seyri ve tedavi yöntemlerini seçimi için belirleyici rol üstlenmektedirler.
Özet (Çeviri)
Cancer is uncontrolled cell proliferation which is caused by genetic and epigenetic alterations occurred in genome. Colorectal cancer is third frequent cancer in both woman and man worldwide. Until today a lot of oncogene mutations and tumor suppressor genes promoter hypermethylation were evaluated and the roles of these genes in colorectal carcinogenesis were tried to determine. Within the context of current thesis, frequencies of oncogen KRAS and BRAF mutations, promoter hypermethylation profiles of tumor suppressor genes HIC1, SFRP2, P16, DAPK1 and MGMT and possible associations between hypermethylations of these genes and KRAS and BRAF mutations were aimed to find out.For this purpose 93 colorectal cancer tissue (32 woman, 61 man; mean age: 65.59±14.19) and 14 normal colon mucosa which belong to colorectal cancer patients were included in the study. In the isolated genomic DNA, twelve KRAS gene mutation (codon 12Val, codon 12Asp, codon 12Leu, codon 12Ser, codon 12Ala, codon 12 Ile, codon 12Cys, codon 12Arg, codon 13Cys, codon 13Asp) were investigated with using reverse-hybridisation strip assay method. BRAF V600E mutations were investigated with using restriction fragment length polymorphism (RFLP). Tumor suppressor genes were amplified with MSP after bi-sulphide modification of DNA and by using reverse-hybridisation strip assay method, tumor suppressor gene promoter hypermethylation profiles of five genes were determined.In the patient group KRAS and BRAF frequency mutation were determined as 54.84% (n=51) and 12.9% (n=12) respectively. Promoter hypermethylation frequencies of tumor suppressor genes SFRP2, DAPK1, MGMT, HIC1 and p16 were determined as 66.7%, 45.2%, 40.9%, 40.9 %, 15.1% respectively. No statistically significant associations were found between KRAS gene mutation and tumor suppressor gene hypermethylation. Statistically significant associations were found between BRAF gene mutations and SFRP2 and p16 tumor suppressor gene hypermethylation (p=0.005 for SFRP2 and p=0.016 for p16).As a result in the ligth of the findings which are obtained from this study, KRAS mutations and SFRP2 tumor suppressor gene promoter hypermethylations play important role in colorectal cancer oncogenesis. BRAF V600E mutation was found to be related with tumor suppressor gene hypermethylation. Genetic and epigenetic analyses have determining role for all cancer types in the oncogenesis, prognosis and selection of treatment regimens.
Benzer Tezler
- 2001-2010 yılları arasında kolorektal karsinom tanılı olguların retrospektif incelenmesi ve kras mutasyonunun histopatolojik parametrelerle ilişkisi
The retrospective analysis of colorectal carcinoma patients diagnosed in 2001-2010 and relationships between kras mutation and histopathological parameters
ASLI UÇAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
PatolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA TEKİNALP GELEN
- Metastatik kolorektal kanserli hastalarda primer tümör lokalizasyonunun tedavi yanıtına ve sağkalıma etkisi: Retrospektif analiz
The effect of primary tumor localisation on survival and treatment response in metastatic colorectal cancer patients: Retrospective analysis
MERVE GÜNER OYTUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
OnkolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERHAN GÖKMEN
- Gazi Üniveristesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji bilim dalında endoskopi ve kolonoskopi yapılan hastalarda helikobakter pilori enfeksiyonu ve kolorektal polip sıklığı ve lokalizasyonu arasındaki ilişki
The relationship between helicobacter pilori infection and colorectal polyp prevalence and localization in patients who have endoscopy and colonoscopy in gastroenterology department of Gazi University Faculty of Medicine
NERGİS BASMACI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
GastroenterolojiGazi Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİYASEDDİN ŞÜKRÜ DUMLU
- İç hastalıkları anabilim dalı medikal onkoloji kliniğinde takip edilen kolorektal karsinom tanılı hastaların klinik ve demografik özellikleri
Clinical and demographic characteristics of patients with colorectal carcinoma followed at the medical oncology clinic of department of internal medicine
GÜLŞEN AKBULUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
OnkolojiAtatürk Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖMER TOPDAĞI
- Kolorektal karsinom karaciğer metastazlarındauygulanan mikrodalga ablasyon sonuçlarınıradiomiks ve klinik veriler kullanarak yapayzeka ile ön görmek
Predicting microwave ablation results in colorectal carcinoma liver metastases by artificial intelligence using radiomics and clinical data
ARZU SHAHVERANOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Radyoloji ve Nükleer TıpÇukurova ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN TUĞSAN BALLI