Identification of AbrB and Spo0A binding sites on B. subtilis yvfI promoter
AbrB ve Spo0A transkripsiyon faktörlerinin B. subtilis yvfI promotorundaki bağlanma bölgelerinin bulunmasi
- Tez No: 292183
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Basilisin, N ucunda L-alanine ve C ucunda doğal olmayan bir aminoasit olan L-anticapsine bulunduran iki aminoasitten oluşan bir dipeptidtir. Basilisinin biyosentezi, daha sonra bacABCDE olarak adlandırılan ywfBCDEF gen kümesi tarafından gerçekleşmektedir. Sonraki çalışmalarda, bacABC genlerinin antikapsin üretiminden sorumlu olduğu, bacD ve bacE genlerinin ise sırasıyla amino asid ligasyonu ve basilisine karşı korunma fonksiyonlarını gerçekleştirdiği kanıtlanmıştır.AbrB, Spo0A, ScoC ve Cody proteinleri düzenleyici protein sınıfının önemli üyelerinden birkaçıdır. AbrB ve Spo0A geçiş-düzenleyici proteinlerinin Basillus türlerinde antibiyotik ve toksin biyosentezinde önemli görevleri olduğu kesin olarak bilinmektedir. Basilisinin de abrB ve spo0A genleri tarafından regule edildiği gösterilmiştir. Son zamanlarda yapılan Tn10 mutagenesis çalışmaları, transkripsiyonel düzenleyiciye benzeyen yvfI geninin (GntR ailesi) basilisin biyosenteziyle ilgisi olduğunu kanıtlamıştır. Bununla birlikte, yvfI geninin basilisin üretiminden sorumlu olması nedeniyle, yvfI geninin düzenlenmesinde görev alan herhangi bir gen dolaylı olarak basilin üretiminden de sorumludur. Yukardaki çıkarımdan hareketle, DBTBS veritabanı kullanılarak yvfI geninin promoter dizisi, aday düzenleyici proteinlerin bağlanabileceği cis-elementlerinin bulunması için incelendi, ve AbrB ile Spo0A düzenleyici proteinleri için olası bağlanma bölgeleri bulundu. Elektromobility shift deneyi ile AbrB ve Spo0A proteinlerinin yvfI promoter dizisine bağlandıkları bulunduktan sonra, söz konusu düzenleyici proteinlerin yvfI promoter dizisinde bağlandıkları bölgeleri açığa çıkarmak için DNase I footprinting deneyi gerçekleştirildi. GeneMapper programı kullanılarak düzenlenen electrophoregramlar incelendi ve her bir düzenleyici protein için yvfI promoter dizisi üzerinde bir bağlanma bölgesi bulundu. Elde edilen sonuçlar, AbrB ve Spo0A düzenleyici proteinlerinin, basilisin üretimini yvfI geninin ekspresyonunu transkripsiyon düzeyinde değiştirerek düzenlediklerini açığa çıkarmıştır.
Özet (Çeviri)
Bacilysin is a dipeptide containing L-alanine at its N-terminal and the unusual amino acid L-anticapsine at its C terminal. The biosynthesis of the dipeptide bacilysin depends on the ywfBCDEF gene cluster which was renamed as bacABCDE. While bacABC genes carry the anticapsin synthesis function, the bacD and bacE genes encode for the function of amino acid ligation and self-protection to bacilysin, respectively.It is undoubtedly known that transition state regulator proteins, AbrB and Spo0A have crucial roles in the biosynthesis of antibiotics in Bacillus species. Bacilysin is also under the regulation of abrB and spo0A genes. Very recently, yvfI gene which is similar to transcriptional regulator (GntR family) was found responsible in bacilysin production. Since yvfI gene is essential for the bacilysin biosynthesis, any gene involved in the regulation of yvfI were considered as candidates in the regulation of bacilysin production indirectly. In this study, yvfI gene promoter by DBTBS database was examined putative binding sites for AbrB and Spo0A was found regulatory proteins. AbrB and Spo0A proteins were tested for their abilities to bind the yvfI promoter DNA in electromobility shift experiment. Furthermore, DNase I footprinting of the yvfI promoter was applied in order to discover the exact regions occupied by AbrB and Spo0A trans-acting regulatory factors. By using GeneMapper software, binding sites for each regulatory protein on yvfI promoter were determined. Data obtained in this study suggested that AbrB and Spo0A regulatory proteins have roles in the bacilysin biosynthesis by regulating yvfI gene expression on transcriptional level.
Benzer Tezler
- Genome-wide analysis of yvfI gene in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis?de yvfI geninin genom ölçeğinde analizi
ÖYKÜ İRİGÜL SÖNMEZ
Doktora
İngilizce
2012
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Identification of new genes related with bacilysin biosynthesis by Tn-10 mutagenesis method in Bacillus subtilis
Basillus subtilis'te bacilysin biyosentezi ile ilgili yeni genlerin Tn-10 transpozon mutajenez metodu ile tanımlanması
TÜRKAN EBRU AYDOĞDU KÖROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiYRD. DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Proteome-wide analysis of functional roles of bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis?de basilisin biyosentezinin fonksiyonel rolünün proteom ölçekli analizi
ASLI ARAS TAŞKIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Identification of by products in hydrogen producing bacteria Rhodobascter sphaeradies OU 001 grown in waste water of a sugar refinery
Şeker fabrikası atık suyundan hidrojen üretebilen Rhadobacter sphaeradies OU 001'in yan ürünlerinin karakterizasyonu
DENİZ ÖZGÜR YİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Lactococcus cinsine ait suşlarda faj dirençlilik sistemlerinin tanımlanması
Identification of phage resistance in genus: Lactococcus
PINAR ŞANLIBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK