Hastane kaynaklı Pseudomonas aeruginosa Suşlarının SDS- PAGE ve PFGE Yöntemleri ile karakterizasyonu
Characterization of hospital -acquired Pseudomonas aeruginosa strains with SDS-PAGE and PFGE methods
- Tez No: 293205
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: P.aeruginosa typing, phenotyping, genotyping, SDS-PAGE, PFGE
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
P.aeruginosa, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde özelikle hastane kökenli infeksiyonlarda en önemli ajanlardan biridir. Hastanede yatış süresinin uzaması ve tedavi maliyetindeki artış hastane infeksiyonlarını hem gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkelerde önemli hale getirmiştir. P.aeruginosa enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hastane enfeksiyonlarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. Ancak, P. aeruginosa enfeksiyonlarının yüksek prevelansı nedeni ile kökenleri birbirinden ayırabilen yöntemlerle suşlarının tiplendirilmesi, en az izolasyon ve identifikasyon kadar değerlidir. Fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyinin düşük olması, suşları ayrım gücünün zayıf olması ve fenotipik olarak aynı ama genotipik olarak farklı suşları ayırt edememektedir. Bu sebeple son yıllarda tekrarlanabilirlik düzeyi ve suşları ayrım gücü yüksek, ayrıca fenotitpk profildeki değişimleri genom düzeyinde inceleyen genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde, fenotipik yöntemler ile genotipik yöntemlerin yeri ve değeri araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmaya, Kasım-2006 ile Eylül-2007 tarihleri arasında kalan toplam 10 aylık süre içerisinde P.aeruginosa?nın neden olduğu hastane enfeksiyonu örneklerinden izole edilen toplam 24 örnek dahil edilmiştir. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. İzole edilen suşlar PFGE ve SDS-PAGE yöntemleri ile incelendi. Jel elektroforezinde gösterdikleri DNA ve protein profiline göre tiplendirme yapıldı. Çalışma sonunda antibiyotipleme ile 24 izolattan 20 tip, SDS-PAGE yöntemi ile 13 tip ve PFGE yöntemi ile de 20 tip belirlendi. Sonuç olarak hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde genotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirliği, ayrım gücü ve genom düzeyinde tiplendirme yapabilmesi nedeni ile daha duyarlı olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Sözcük: P.aeruginosa tiplendirme, fenotipik tiplendirme, genotipik tiplendirme, SDS-PAGE, PFGE.
Özet (Çeviri)
P.aeruginosa is one of the most significant agent of hospital-acquired infections. Because of increased length hospitalization and cost of treatment , hospital infections are very important in developing and also in developed countries. Microbiologic diagnosis of P.aeruginosa infections is necessary for decreasing of hospital infections and developing an effective treatment plan.Because of high prevalance of P.aeruginosa infections, typing of strains with molecular methods is very important as well as isolation and identification of P.aeruginosa. Because of low reproducibility and discriminatory ability, phenotypic identification methods could not distinguish similar phenotypic strains with different genotypes.Recently, genotypic methods which analysed genom properties for phenotypic variations have been using for identifications. In this study, ıt?s aimed to investigate relationship of phenotypic and genotypic methods for identification of hospital-acquired P.aeruginosa strains. A total of 24 P. aeruginosa isolates which isolated from hospital-acquired infections over a ten- month period from November 2006 to September 2007 were included. Isolates were characterized by antibiotyping as determined by the disk diffusion method (Kirby-Bauer). PFGE and SDS-PAGE method were performed with isolated strains PFGE patterns obtained from twenty four pseudomonal strains were analysed. Typing of isolates were made according to DNA and protein profile. Of 24 P.aeruginosa isolates, 20 types were evaluated with antibiotyping, 13 type with SDS-PAGE and 20 type with PFGE methods. As a result, genotyping methods have more sensitivity because of reproducibility, discriminatory ability and allowing to typing at the base of genom properties.
Benzer Tezler
- Pseudomonas aeruginosa izolatlarında virulans faktörlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
Investigation of virulence factors in Pseudomonas aeruginosa isolates by phenotypic and genotypic methods
ERHAN ÖZSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UMUT SAFİYE ŞAY COŞKUN
- Hastanede yatan hastalardan izole edilen mikroorganizmaların biyofilm formasyon aktiviteleri
Biofilm formation activities of isolated microorganisms from hospitalized patients
ABDULHAMİT ÇALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEM ÇELİK
- Hastane kaynaklı çoklu antibiyotiğe dirençli Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonlarında risk faktörleri araştırması
Evaluation of risk factors for nosocomial multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa infections
CEMAL ÜSTÜN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH HOŞOĞLU
- Yoğun Bakım Ünitesi'nden izole edilen çok ilaca dirençli Pseudomonas aerugınosa ve Acınetobacter baumannıı suşlarına karşı çeşitli antibiyotiklerin ın vıtro aktivitelerinin araştırılması
In vitro activities various antimicrobials against multidrug-resistant strains of Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii isolated from intensive care units
ARZU ŞENOL AKTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıFırat ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLHAMİ ÇELİK
- Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde 2010-2011 yılları arası hastane kaynaklı idrar yolu enfeksiyonları ve olası risk faktörleri
Nosocomial urinary tract infections and likely risk factors between 2010-2011 years in the Kahramanmaras Sutcu İmam University Hospital
NURETDİN KUZHAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER FARUK KÖKOĞLU