Çinko eksikliği durumunda farklı anlatım yapan arpa genlerinin izolasyonu için baskılayıcı çıkarım hibridizasyon kütüphanelerinin kurulması ve biyoinformatik analizleri
Construction of suppression substraction libraries for cloning of barley genes differentially exppressed under zinc- deficient conditions and their bioinformatic analysis
- Tez No: 297185
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Çinko, Hordeum spontaneum, Baskılayıcı Çıkarım Hibridizasyon Yöntemi, Çinko eksikliği, EST, Biyoinformatik, Phred/ Phrap, CAP3, Zinc, Hordeum spontaneum, Suppressive Substractive Hybridization, Zinc deficiency, EST, Biyoinformatic, Phred/ Phrap, CAP3
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 184
Özet
ÇİNKO EKSİKLİĞİ DURUMUNDA FARKLI ANLATIM YAPAN ARPA GENLERİNİN İZOLASYONU İÇİN BASKILAYICI ÇIKARIM HİBRİDİZASYON KÜTÜPHANELERİNİN KURULMASI VE BİYOİNFORMATİK ANALİZLERİBaşak ÇELİK ALTINIŞIKBiyoloji Anabilim DalıYüksek Lisans TeziTez Danışmanı: Yrd. Doç. Dr. Şenay VURAL KORKUTÇinko elementi, tüm canlılar için temel bir mikrobesindir. Bu element 400' den fazla enzimin yapısında kofaktör olarak bulunur ve birçok protein için kritik yapısal role sahiptir. Çinko çeşitli transkripsiyon faktörleri için yapısal bileşen olduğundan gen anlatımında da önemlidir. Çinko eksikliği tüm Dünya'da yaygın bir sağlık problemidir. Bu sorunun giderilmesi için, Çinko eksikliği olduğu bilinen bölgelerde bulunan tarım alanlarında, bu eksikliğe dayanıklı bitkiler yetiştirilmelidir. Tahıllarda ve diğer bitki türlerinde çinkonun alımından, taşınımından ve depolanmasından sorumlu proteinleri kodlayan genlerin farklı anlatımından kaynaklanan genotipik varyasyonlar vardır. Bu nedenle bitkilerde çinko etkinliğinin belirleyicisi olan genler izole ve karakterize edilmelidir. Ayrıca bu genlerin hücre içindeki fonksiyonları ve anlatımlarının kontrol mekanizmaları belirlenmelidir. Bu şekilde tarımsal bitkilerde biyoteknolojik yöntemlerle çinko etkinliği özelliği geliştirilebilecektir.Bu çalışmada yabani arpa ( Hordeum spontaneum) bitkisinin çinko eksikliği durumunda farklı anlatım yapan genlerinin izolasyonu yapılmıştır. Baskılayıcı çıkarım hibridizasyon yöntemi kullanılarak, Hordeum spontaneum yaprak, kök ve gövdesinden üç ayrı cDNA çıkarımlı cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Yaprak kütüphanesinden 960 klon, kök kütüphanesinden 384 klon için dizin analizi yaptırılmıştır. cDNA dizinlerinin EST dizinleri olarak değerlendirilmesi için biyoinformatik analizler yapılmıştır. Dizinler NCBI' a ( National Center for Biotechnology Information) ait GenBank veritabanıyla BlastN ve BlastP uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır.Blast sonuçları incelendiğinde elde edilen cDNA dizinlerinin Rubisco, Ferredoxin- NADP reduktaz, Lipid Transfer Protenleri, Karbonik Anhidraz, Klorofil A- B binding, Translasyon Uzatıcı Faktör, Glutatyon- S- transferaz, Katalaz ve ZIP protein kodlayıcı genlere önemli derecede benzerlik gösterdiği bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
CONSTRUCTİON OF SUPPRESSION SUBSTRACTION LIBRARIES FOR CLONING OF BARLEY GENES DIFFERENTIALLY EXPPRESSED UNDER ZINC- DEFİCİENT CONDITIONS AND THEIR BIOINFORMATIC ANALYSISBaşak ÇELİK ALTINIŞIKDepartment of BiologyMSc. ThesisAdvisor: Assist. Prof. Dr. Şenay VURAL KORKUTZinc (Zn) is essential for all organisms as a micronutrient. Zinc is required as a cofactor for more than 400 enzymes and plays critical structural roles for many proteins. It also plays a significant role in gene expression as a structural component in a large number of Zn- dependent transcription factors. Zinc deficiency is considered as a widespread health problem throughout the world. Therefore there is a need for growing more zinc efficient plants in regions where zinc deficiency is common. Genotypic variations for zinc uptake efficiency have been found for crops and other plant species. These variations are due to the differential expression of many genes encoding proteins that functions in absorption, translocation and storage of zinc. The genes which determine zinc efficiency must be isolated and characterized. In addition their in vivo functions and control of expressions must be analyzed. This can lead to improvement of zinc efficiency treat using biotechnological methods.In this study wild barley ( Hordeum spontaneum) genes which are expressed differentially in response to zinc deficiency were isolated . Three separate substracted cDNA libraries were constructed from leaves, roots and stems of Hordeum spontaneum using Suppressive Substracted Hybridization ( SSH) method. 960 clones from leaf library and 384 clones from root library were sequenced. Bioinformatic Analysis were performed to convert raw sequence data to EST data . The sequences were compared to the GenBank database of NCBI using BlastN and BlastP tool.Blast results indicated that cDNA sequeces showed significant similarity to Rubisco, Ferredoxin- NADP reductase, Lipid Transfer Protein, Carbonik anhidrase, Chlorophyll A- B binding proteins, Translation Elongation Factor, Glutatyon- S- transferase, Catalase ve ZIP protein encoding coding genes.
Benzer Tezler
- Farklı çinko kaynaklarının buğday bitkisinin verim ve çinko alımına etkileri
Effects of zinc different zinc sources on the yield and zinc uptake of wheat plant
BEKİR EFTAL KENDİRCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatSelçuk ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAİT GEZGİN
- Farklı bitki besin elementlerinin eksikliklerinin nadph oksidaz aracılı reaktif oksijen türü sinyallemesi üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of deficiencies of di̇fferent plant nutrients on nadph oxidase- mediated reactive oxygen species signaling
HALİL ONUR TOPALOĞLU
- Manisa yöresinde demir eksikliği anemi prevalansı ve demir eksikliği anemisinde tarama testi olarak rutin hemogram, RDW ve ferritinin kullanımı
The prevalance of iron deficieny anemia in Manisa and using of hemogram, RDW and ferritin for searcing of iron deficiency anemia
VİLDAN ÜRK TAŞYENEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıCelal Bayar ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ALİ ONAĞ
- Development of selective iron-based fischer-tropsch catalysts to light olefins
Hafif olefinler için seçici demir bazli fischer-tropsch katalizörlerinin geliştirilmesi
YASEMİN FATİH AGHDAEI
Doktora
İngilizce
2023
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSNÜ ATAKÜL
DOÇ. DR. ALPER SARIOĞLAN
- Kültürel mirasın bir bileşeni olarak eğitim mirası: Trakya eğitim yapıları (1839-1923) ve korunmalarına yönelik öneriler
The heritage of education as a component of cultural heritage: Educational buildings in thrace (1839-1923) and recommendations for conservation
MERVE ARSLAN ÇİNKO
Doktora
Türkçe
2023
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP ERES ÖZDOĞAN