Plazminojen (PLG) geninin denatüre yüksek basınçlı sıvı kromatografi (DHPLC) ile mutasyon analizi ve olası mutasyonlu örneklerin DNA dizi analizi ile değerlendirilmesi
Mutation analysis of plasminogen gene (PLG) with denaturated high pressure liquid chromatography (DHPLC) and DNA sequence analysis of samples that expected to have mutation
- Tez No: 301041
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİLAL ÖZDAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Plazminojen (PLG) geni altıncı kromozomun uzun kolu üzerinde 6q26 pozisyonunda yer almaktadır. PLG, kan pıhtısının eritilmesi yani fibrinolizis ile görevli plazmin enziminin inaktif proenzim formudur. PLG genindeki homozigot ya da birleşik heterozigot mutasyonlar, farklı vücut bölgelerinde çoğunlukla mukoz membranları etkileyen nadir görülen bir inflamatuvar hastalık olan Tip I plazminojen eksikliği ile ilişkilendirilmiştir. Rahatsızlığın en yaygın göstergesi, özellikle göz kapağına ait yüzeylerde normal mukozanın yerini alan odunsu yapıda beyaz, sarı-beyaz ya da kırmızı kalın kitleler ile karakterize psödomembranlar oluşturan lignöz (odunsu) konjuktivittir.Bu çalışmada lignöz konjuktivit hikayesi olan 16 indeks vaka PLG gen mutasyonları açısından incelenmiştir. Türk toplumu, muhtemelen aile içi evlilikler ve tarih boyunca çeşitli uygarlıklara ev sahipliği yaptığından PLG gen değişimleri açısından oldukça heterojendir. Bu kültürel miras yanında PLG geni ve Tip I plazminojen eksikliği ile ilişkili mutasyonların çoğunun ilk defa Türklerde tanımlandığı dikkate alınarak, Türk lignöz konjuktivit hastalarında daha önce rapor edilmemiş mutasyonları saptamak bu çalışmanın amacını oluşturmaktadır.Bu çalışmada PLG geni önce denature yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (DHPLC) ile taranmış, daha sonra örnekler profil farklılıklarına gore sınıflandırılmıştır. Sınıflandırmadan sonrasında yabanıl tip profilden farklılık gösteren her bir profili temsil eden birkaç referrans örnek mutasyon taşıması olasılığı nedeniyle DNA dizi analizi ile incelenmiştir.Çalışmanın sonucunda literatürde daha önce yer almayan Cys30Ter anlamsız, +1 IVS6 G>A ayıklama bölgesi mutasyonu, Glu161Lys, Gly199Val, Tyr264Cys, Gly401Asp, Gly684Asp yanlış anlamlı ve 582 C>T eş anlamlı mutasyonları hastalıkla ilişkili olarak bu çalışmayla ilk defa tanımlanmıştır. Yeni tanımlanan bu değişimlerin yanında literatürde var olan Lys19Glu, Asp453Asn, Pro744Ser yanlış anlamlı 330 C>T, 771 T>C, 1083 A>G, 2286 T>G eş anlamlı ve c.*45 A>G 3'UTR mutasyonları da saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
The plg gene maps to long arm of chromosome 6 on location 6q26. PLG is inactive proenzyme form of plasmin that dissolve fibrin trombi by a process called fibrinolysis. It has been shown that homozygous or compound-heterozygous type I PLG deficiency is a major cause of a rare inflammatory disease affecting mainly mucous membranes in different body sites. The most common clinical manifestation is ligneous conjunctivitis, characterized by development of fibrin-rich, woodlike (?ligneous?) pseudomembranous lesions.In this study, 16 index cases with ligneous conjuctivitis were investigated for PLG gene mutations. Turkish population is heterogeneous for PLG gene variations probably because of intermarriage and beeing home to many civilizations throughout history. In addition to this cultural heritage most of mutations associated with PLG and Type I plg deficiency were first identified in Turks. So, the aim of this study is identifying new mutations on Turkish ligneous conjunctivitis patients that have not been identified before.In this study, PLG gene was scanned for mutations with denaturated high pressure liquid chromatography (DHPLC) and then samples that have different profile compairing with wild type sample were classified. After classification several reference samples belonging to each group were analyzed by DNA sequencing.In 16 Turkish index cases with type I plasminogen deficiency we identified Cys30Ter nonsense mutation; +1 IVS6 G>A splice site mutation; Glu161Lys, Tyr264Cys, Gly199Val, Gly401Asp, Gly684Asp, Lys19Glu (K19E), Asp453Asn, Pro744Ser non-synonymous mutations; 330 C>T, 582 C>T, 771 T>C, 1083 A>G, 2286 T>G synonymous mutations and c.*45 A>G 3?UTR mutation in PLG gene. To the best of our knowledge, the following PLG gene mutations are newly described: Cys30Ter, +1 IVS6 G>A, Glu161Lys, Gly199Val, Tyr264Cys, Gly401Asp, Gly684Asp and 582 C>T.
Benzer Tezler
- Plazminojen aktivatör inhibitörü - Tip 1'in endometriyum kanserinde prognoza etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
COŞKUN TECİMER
- Plazminojen aktivatör inhibitör-1 (paı-1) ve mikroRNA 143/145' in renal hücreli kanser (RHK) patolojisinde ve klinik evrelemesindeki önemi
The significance of the plasminogen activator inhibitor-1 (pai-1) and microRNA 143/145 at the pathology and the clinical stage of RCC
MUHAMMED SULUKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
ÜrolojiMarmara ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YILÖREN TANIDIR
- Plazminojen Aktivatör İnhibitör-1 (PAI-1) ve Vitronektinin çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemi risk faktörleriyle ilişkisi
Plasma levels of total Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1) and vitronectin in children with akute lymphoblastic leukemia and their relationship with risk factors
SEMRA AYDURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Hematolojiİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER DEVECİOĞLU
- Pediatrik obezitede melanokortin 4 reseptör geni,plazminojen aktivatör inhibitör 1 geni (-675 4g/5g), tümör nekrozis faktör alpha (-308 g/a), yağ asiti bağlama proteini -87 T/C ve interlökin -6 (-174 G/C) gen değişimlerinin önemi ve siRNA yaklaşım ile fonksiyon tayini
Melanocortin 4 receptor gene, plasminogen activator inhibitor - 1 gene (-675 4g/5g), tumor necrosis factor alpha (-308 g/a) , interleukin -6 (-174 G/C) and fatty acid binding protein -87 T/C gene interactions in pediatric obesity
FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
Doktora
Türkçe
2006
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT AKAR
- Plazminojen aktivatör inhibitör-I 4G/5G polimorfizminin FV 1691 G-A taşıyan ve taşımayan derin ven trombüslü bireylerdeki etkileşimleri
Effect of plasminogen activator inhibitor-1 4G/5G polymorphism in Turkish deep vein thrombotic patients with and without FV 1691 G-A
ERKAN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
PatolojiAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT AKAR