Geri Dön

Virulence and genetic diversity of Colletotrichum lindemuthianum isolates collected from common bean varieties of Turkey

Türkiye?deki taze fasulyeler üzerinden toplanan Colletotrichum lindemuthianum izolatlarının virülans ve genetik çeşitliliği

PDF İndir

  1. Tez No: 301700
  2. Yazar: SERLİ KÜÇÜKYAN CANSEVEN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MÜGE TÜRET SAYAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Ziraat, Biology, Genetics, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

Taze fasulye (Phaseolus vulgaris L.) Phaseolus cinsleri arasında en geniş çaplı üretimi olan ve en çok tüketilen baklagil türüdür. En önemli taze fasulye üreticilerinden biri olarak Türkiye'de üretimin büyük kısmı Karadeniz Bölgesi'nde gerçekleşmektedir. Taze fasulye hastalıkları arasında, hemibiyotrofik C. lindemuthianum mantarının sebep olduğu antraknoz, tohum ile taşınan ve verime büyük oranda zarar veren bir hastalıktır. Türkiye'de bu hastalığa karşı kullanılan güncel stratejiler, patojenle ilgili virülans ve genetik çeşitlilik açısından bilgi eksikliği nedeniyle yetersiz kalmaktadır. Bu bilgiler dayanıklı gen kombinasyonlarının seçimiyle yapılacak üretim programları öncesinde elzem kabul edilmektedir. Dolayısıyla bu çalışma Türkiye'deki patojen izolatlarının (i) virulansını, (ii) CIAT-Binary kodlama sistemi ile ırklarının tespitini, (iii) ırkların coğrafik olarak dağılımını ve (iv) genetik çeşitlilik analizini amaçlamıştır. Bu çalışmada Türkiye'nin dört farklı bölgesinden toplanan kırk yedi patojen izolatı kullanılmıştır. İzolatların karakterizasyonu sonucu 37 farklı ırk tespit edilmiştir. İzolatlar arasında umulmadık derece yüksek patotip çeşitliliği (%78) gözlenmiştir. Ayrıca, Rep-PCR, RAMS ve RAPD markör sistem analizleri ile patotip çeşitliliğiyle ilişkilendirilemeyen çok yüksek oranda (%100 polimorfizm) genetik çeşitlilik de gözlenmiştir. Genelde izolatlar arasındaki yüksek virülansın hem Andean hem Mezoamerikan gen havuzu çeşitlerinde gözlenmesi Türkiye'de her iki patotip popülasyonunun da varlığını göstermiştir. Andean patotiplerinden ikisi (ırk 1 ve 2) ile Mezoamerikan patotiplerinden ikisi (ırk 3 ve 64) güneydoğu Amerika ve Avrupa ülkelerinde de rapor edilmiştir. Diğer 33 ırk ise hiçbir ülke tarafından henüz raporlanmamıştır. Umulmadık yüksek oranda patotip ve genetik çeşitliliğin gözlenmesi nedeniyle, izolatlar C. lindemuthianum'a özgün moleküler tespit metodları ile test edilmiştir. Sonuçlar, sadece Karadeniz Bölgesi'nden toplanan dört izolatın (ırk 2, 32, 64 ve 96) C. lindemuthianum türüne ait olduğu tespit edilmiştir. Bu dört C. lindemuthianum izolatından ırk 32 ve ırk 96 dünyada ilk defa bu çalışma ile raporlanmıştır.

Özet (Çeviri)

The common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the most widely distributed and consumed legume species of the genus Phaseolus. As one of the major producer in the world, common bean production is highly dominated by the Black Sea Region of Turkey. Among diseases of the common bean, anthracnose, caused by the hemibiotrophic fungus Colletotrichum lindemuthianum, is a potentially devastating seed-borne disease that affects the yield. The present disease management strategies mostly fail in production areas due to lack of information about pathogenic and genetic diversity of this fungus in Turkey. Availability of such knowledge is considered vital prior to development of resistance breeding programs using lines selected for necessary resistance gene combinations. Therefore in this thesis using pathogen isolates of Turkey we aimed to (i) evaluate virulence, (ii) characterize the races based on CIAT-binary code system, (iii) determine geographical distribution and (iv) assess genetic diversity based on marker system. Forty seven pathogen isolates collected from four geographical regions of Turkey were used in this study. Race characterization based on universal set of 12 differential cultivars demonstrated the presence of 37 races. Unusually high pathotype diversity (78%) with no bias distribution to geographical regions was observed among isolates. In addition, very high genetic diversity (100% polymorphism) was also detected using Rep-PCR, RAMS and RAPD marker systems with no relation to pathotype diversity. Predominantly high virulence among the isolates were observed towards both Andean and Mesoamerican genepool varieties have indicated the presence of both Andean and Mesoamerican pathotype populations in Turkey. Two of the Andean pathotypes (races 1 and 2) and two of the Mesoamerican pathotypes (races 3 and 64) were also detected both in Southeast American and European countries. The rest of the 33 races determined were not reported by any other countries. Unusually high pathotype and genetic diversity of isolates enforced us to confirm identity of isolates as C. lindemuthianum species using specific molecular detection approaches. The results indicated that only four of the isolates with races of 2, 32, 64 and 96 from Blacksea region were C. lindemuthianum species. Based on these confirmed C. lindemuthianum isolates, this study is the first report of race 32 and race 96 in the world.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    854790

    Investigation of genetic diversity of clinical enterococcus species in uti patients by using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis in Iraq

    Irak'ta idrar yolu enfeksiyonu hastalarında klinik enterokok türlerinin genetik çeşitliliğinin rastgele çıkartılmış polimorfik DNA (RAPD) analizi ile incelenmesi

    WALAA ABDULLA MAJEED MAJEED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ REMZİ ORKUN AKGÜN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HIND ISAM ABDULLAH ALMASHTAA

  2. Tez No

    840843

    İdrar yolu enfeksiyonu (İYE) olan hastalardan ve ortamdan izole edilen çoklu ilaçlara dirençli E. coli arasında bazı virülans ve ilaca dirençli genlerin moleküler tespiti

    Molecular determination of some virulance and drug-resistant genes between multi-drug-resistant E. coli isolated from patients with urinary tract infection (UTİ) and the environment

    ALI SALAM TAYEH TAYEH

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    Prof. Dr. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK

  3. Tez No

    307809

    Gıda ve klinik kaynaklı enterokokların vankomisin direnç özelliklerinin, genetik orjinlerinin ve virülans faktörlerinin karşılaştırılması

    Comparison of genotypic diversity, vancomycin resistance and virulence factors of enterococci from food and clinical sources

    MEVHİBE TERKURAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Gıda MühendisliğiÇukurova Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZERRİN ERGİNKAYA

  4. Tez No

    434137

    Genetics of virulence and pathogenic diversity for ascochyta blight chickpea

    Nohut antraknozu etmeninin virülensliği ve patojenik çeşitliliği

    BASEM ATTAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUKADDES KAYIM

  5. Tez No

    276119

    Doğu Karadeniz bölgesinden entomopatojenik fungusların izolasyonu, karakterizasyonu ve virülanslarının belirlenmesi

    Isolation and characterization of entomopathogenic fungi from the Eastern Black Sea region and determination of their virulence

    ALİ SEVİM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ

Geri Dön