Dynamic expression of three ?RNA processing and modification? genes of Phanerochaete chrysosporium under Pb stress
Pb stresi altında Phanerochaete chrysosporium?un üç ayrı ?RNA işlenmesi ve modifikasyon? genlerinin dinamik ekspresyonu
- Tez No: 305054
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 126
Özet
RNA bağlanma proteinleri (RBP) devamlı ya da strese tepki olarak hücresel kompartmalar arasında gidip gelerek mRNA'nın lokalizasyonunu, translasyonunu ve yıkımını düzenlerler. Laboratuvarımızda Phanerochaete chrysosporium' un sitozolik proteom haritası çıkarılmış ve hücreler kurşun stresine maruz bırakıldığında sitozolik protein ifadelerindeki değişiklikler belirlenmiştir. Bu çalışmada tanımlanan RBP'ler ATP-bağımlı RNA helikaz ve splicing faktörü RNPS1 isimli seviyeleri Pb stresi ile artış gösteren iki proteinle birlikte sadece stres sonucunda ifade edildiği belirlenen polyadenilat bağlanma proteini (RRM süperfamilyası) olup her üç protein de stres yanıtında post-transkripsiyonel kontrolün çok önemli adaylarıdır. Bu bulgular bizleri ağır metal etkisi altında gen ifadelerindeki değişikliklerin mRNA düzeyinde daha iyi anlaşılması için Gerçek Zamanlı PZR çalışmalarına yöneltmiş olup şimdiki çalışma, kurşunun ATP-bağımlı RNA helikaz, splicing faktörü RNPS1 ve polyadenilat bağlanma proteinlerini kodlayan genlerin mRNA seviyeleri üzerine etkisinin incelenmesini amaçlamaktadır. Gerçek Zamanlı PZR'ye dayalı ekspresyon analizi ile gösterildiği üzere, 25, 50 ve 100 µM kurşun varlığında 40 saat büyütülmüş hücrelerde splicing faktör RNPS1'nın mRNA seviyesi sırasıyla 2.68, 2.62 ve 4.86 kat artış göstermiştir. ATP-bağımlı RNA helikaz'ın mRNA seviyesi 50 ve 100 µM kurşuna yanıt olarak sırasıyla 2 ve 1.84 kat artarken, 25 µM kurşun varlığında belirgin bir artış görülmemiştir. Diğer yandan, polyadenilat bağlanma proteininin mRNA seviyesinde 25, 50 ve 100 µM kurşun etkisi altında belirgin bir artış gerçekleşmemiştir. mRNA dinamikleri, kurşuna maruz kalma süresinin bir fonksiyonu olarak incelendiğinde, hücreler 1 saat süresince 100 µM kurşuna maruz bırakıldığında bu proteine karşılık gelen mRNA seviyesi 2.54 kat, splicing faktör RNPS1'e karşılık gelen mRNA seviyesi ise 2 saat süresince 50 µM kurşuna maruz bırakıldığında 19.22 katlık önemli bir artış göstermiştir. ATP-bağımlı RNA helikaz enziminin mRNA seviyeleri, hücrelerin kurşuna maruz bırakılma süresinden etkilenmemiştir.
Özet (Çeviri)
RNA-binding proteins (RBP) shuttle between cellular compartments either constitutively or in response to stress and regulate localization, translation and turn over of mRNAs. In our laboratory, cytosolic proteome map of Phanerochaete chrysosporium was established and upon Pb exposure, the changes in cytosolic protein expressions were determined. The identified RBPs were a newly induced polyadenylate-binding protein (RRM superfamily) as well as two up-regulated proteins, namely splicing factor RNPS1 and ATP-dependent RNA helicase, all being very important candidates of post-transcriptional control in response to stress. This finding inspired us to conduct Real Time PCR studies in order to have a better understanding of the changes in the expression of corresponding genes at mRNA level in response to Pb exposure, thus the present study aims at examining the effect of lead exposure on the transcript levels of the genes coding for ATP-dependent RNA helicase, splicing factor RNPS1 and polyadenylate binding protein. As shown via expression analysis based on Real Time PCR, the mRNA level of splicing factor RNPS1 showed 2.68, 2.62 and 4.86 fold increases in a dose-dependent manner when the cells were grown for 40 h in the presence of 25, 50 and 100 µM Pb, repectively. ATP-dependent RNA helicase mRNA level showed no significant increase in response to 25 µM Pb exposure while increased 2 and 1.84 fold in response to 50 and 100 µM Pb, respectively. Polyadenylate binding protein mRNA levels revealed no significant increase when exposed to 25, 50 and 100 µM Pb. As to the mRNA dynamics as a function of duration of lead exposure, the mRNA level of this protein showed 2.54-fold increase upon 1 h exposure to 100 µM Pb. Splicing factor RNPS1 mRNA level showed a significant increase of 19.22 fold at 2nd h of 50 µM Pb exposure. Expression level of ATP-dependent RNA helicase was not affected by the time of exposure to Pb.
Benzer Tezler
- Developmental expression of katanin p60, p80 and spastin
Gelişimsel süreçte katanin p60, p80 ve spastin proteinlerinin expresyonlarının tayini
NİHAN SİVRİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Pankreas kanser hücrelerinde epigallokateşin gallat'ın mikroRNA düzeylerine etkisi
The effect of epigallocatechin gallate on microRNA levels in pancreatic cancer cells
ALİ HAYDAR KAYĞUSUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
OnkolojiEge ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇIĞIR BİRAY AVCI
- MCF 7 meme kanseri hücrelerindeki mikro RNA üzerinde TGF-β etkisi
TGF-β effect on microRNA in MCF 7 breast cancer cells
ABDURRAHMAN SÜHA CENGİZ
- Epigenetic regulation of cancer-testis gene expression
Kanser-testis gen ifadesinin epigenetik denetlenmesi
AYDAN BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ O. GÜRE
- Genome-wide UV-induced DNA Damage and Nucleotide Excision Repair in the context of R-loops
UV ışınları tarafından oluşturulan DNA hasarı ve bu hasarın nükleotid eksizyon mekanizması ile tamirinin R-loop'lar üzerinde incelenmesi
SEZGİ KAYA
Doktora
İngilizce
2023
GenetikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OGÜN ADEBALİ