Geri Dön

Investigation of the inflammatory pathways in spontaneously differentiating Caco-2 cells

Spontane farklılaşan Caco-2 hücrelerinde inflamasyon yolaklarının araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 305753
  2. Yazar: ERHAN ASTARCI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. NURSEN ÇORUH, YRD. DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 245

Özet

Barsak epitel farklılaşması, çok özel olarak sindirim, sekresyon ve immün görevleri olan özelleşmiş hücrelerin oluşumunu gerektirmektedir. Bu farklılaşma sırasındaki hücre-hücre ve hücre-mikroçevre etkileşimleri farklılaşma sürecinin değerlendirilmesinde kritik gözükmektedir. Birbirleri ile tamamen birleştikten sonra spontane olarak farklılaşmaya giden Caco-2 hücre hattını kullanarak, VCAM1 (vascular cell adhesion molecule-1) ifadesinde azalma görürken ICAM1 (intercellular cell adhesion molecule-1) ifadesinin farklılaşma süresinde stabil kaldığını gözledik. Farklılaşmamış hücrelerde Protein Kinaz alfa (PKC?) tarafından active edilen PKC? nın İnhibitör Kappa B (I?B) ve böylelikle Nükleer Faktör Kappa B (NF-?B) aktivasyonuna neden olduğunu ve bu eksenin farklılaşmış hücrelerde inhibe olduğunu gözledik. ICAM1 ifadesinin farklılaşmış hücrelerde stabil kalmasının nedeni transkripsiyonel olarak C/EBPß tarafındanartmasından kaynaklanmakta idi. Buna karşın farklılaşma sırasında hem ICAM-1 hemde VCAM-1 protein seviyelerinin azaldığını ve dahası post-translasyonel olarak lizozomlarda yıkıldıkları bulunmuştur. Fonksiyonel olarak farklılaşan Caco-2 hücrelerinin HUVEC hücrelerine adezyonunda azalma gözlenmiştir. Böylece her ikiside NF-?B hedef geni olduğu halde ICAM-1 ve VCAM-1 in farklılaşma sırasında birbirlerinden farklı düzenlendikleri gözükmektedir.MikroRNA ların birçok hücresel yolağı düzenledikleri bilinmektedir. NF-?B'yi hedeflediği bilinen miR-146a ifadesinin Caco-2 farklılaşması sırasında arttığı gösterilmiştir. Belirlenmiş hedef genlerinden MMP16 mRNA ve protein ifadesinin ise farklılaşma sırasında miR-146a ifadesi ile ters orantılı olarak azaldığı görülmüştür. miR-146a MMP16 3' UTR kısmına bağlanabilmiş ve ektopik ifadesi farklılaşmamış Caco-2 ve HT-29 hücrelerinde MMP16 mRNA ve protein ifadesinde azalmaya neden olmuştur. Fonksiyonel olarak jelâtin zimogram ile belirlenen jelatinaz aktvitesinde azalmaya ve buna ek olarak invazyon ve migrasyonda azalmaya neden olmuştur.Tezin son kısmında,15-Lipoksigenaz-1(15LOX1) ifade eden hücrelerde NF-?B inhibisyonunun PPAR? aracılıklı olduğu araştırılmıştırArakidonat arkının bir üyesi olan 15LOX1 ifadesi I?B? fosforilasyonunu ve NF-kB DNA bağlanma aktivitesini azaltmış ve bu durum 15LOX1 inhibitörü ile geriye çevrilebilmiştir. Bu inhibisyonun ERK1/2 fosforilasyonuna bağlı PPAR? fosforilasyonu aracılıklı olduğu bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

Intestinal epithelial differentiation entails the formation of highly specialized cells with specific absorptive, secretory, digestive and immune functions. Cell-cell and cell-microenvironment interactions appear to be crucial in determining the outcome of the differentiation process. Using the Caco-2 cell line that can undergo spontaneous differentiation when grown past confluency, we observed a loss of VCAM1 (vascular cell adhesion molecule-1) expression while ICAM1 (intercellular cell adhesion molecule-1) expression was seen to be stable in the course of differentiation. Protein kinase C theta (PKC?) acted downstream of PKC to inactivate Inhibitor of kappa B (IB) and activate NF-?B in the undifferentiated cells and this axis was inhibited in the differentiated cells. The increase in ICAM1 expression in the differentiated cells was due to a transcriptional upregulation by C/EBP. The protein expressions of both ICAM-1 and VCAM-1, however, were found to decrease in the course of differentiation, with both proteins getting post-translationally degraded in the lysosome. Functionally, a decrease in adhesion to HUVECcells was observed in the differentiated Caco-2 cells. Thus, the regulation of ICAM-1 and VCAM-1, although both NF-B target genes, appear to be different in the course of epithelial differentiation.microRNAs are known to regulate many cellular pathways. miR-146a, which is known to target NF-?B, was shown to be highly upregulated in differentiated Caco-2 cells. As a predicted target of miR-146a, mRNA and protein expression of MMP16 was inversely correlated with miR-146a during differentiation of Caco-2 cells. miR-146a could bind to the 3?UTR of MMP16 and ectopic expression of miR-146a resulted in a decreased mRNA and protein expression of MMP16 in the undifferentiated Caco-2 and HT-29 cells. Functionally, decreased gelatinase activity determined by gelatin zymography and reduced invasion and migration through Transwells was observed.In the final part of the thesis, the inhibition of NF-?B via PPAR? in 15-Lipoxygenase-1 (15LOX1) expressing cells was investigated. The expression of 15LOX1, a member of the inflammatory arachidonate cascade, could lower phosphorylation of I?B? and NF-?B DNA binding activity which was reversed with a 15LOX1 inhibitor. This inhibition was mediated by phospho-PPAR?, which in turn was phosphorylated by ERK1/2.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    663046

    Investigation of immune impairment status in primary immune deficiency and spinal cord injury

    Birincil bağışıklık yetersizliği ve omurilik yaralanmasında bağışıklık bozukluğu durumunun araştırılması

    İREM EVCİLİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İHSAN GÜRSEL

  2. Tez No

    618245

    Bazı şalkon türevlerinin biyokimyasal etki mekanizmalarının araştırılması

    Invistigation of biochemical action mechanisms of some chalcone derivatives

    MEHMET ONUR AKSOY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyokimyaAnadolu Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLŞEN AKALIN ÇİFTÇİ

  3. Tez No

    509291

    Dexketoprofen trometamol'ün genotoksik etkilerinin insan lenfosit hücrelerinde in vitro yöntemlerle araştırılması

    Investigation of genotoxic effects of dexketprofen trometamol, on human cells, in vitro

    MERVE KILIÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiAnadolu Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERRİN AYAZ TÜYLÜ

  4. Tez No

    730195

    Investigation of the effect of valproic acid, an hdac inhibitor, on the relationship between oxidative stress and autophagy in human eosinophil

    İnsan eosinofillerinde valproik asit ile oluşturulan oksidatif stres ve otofaji sonrası bağışık yanıtların incelenmesi

    GÖKSU ÜZEL TURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

  5. Tez No

    775605

    Yüksek yağlı diyetle beslenen annelerden doğan yenidoğan beynindeki inflamazom aktivasyonunun incelenmesi

    Investigation of inflammasome activation in neonatal brain born to HİGH-FAT dieted dams

    FATMA SILA SOY HALAÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Histoloji ve EmbriyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜLKER CANKURT

    DOÇ. DR. SERAP CİLAKER MIÇILI

Geri Dön