Classification of clinically different subtypes of multiple sclerosis
Multipl skleroz hastalığının farklı klinik alttiplerinin sınıflandırılması
- Tez No: 307075
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EDA TAHIR TURANLI, YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA KAMAŞAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Nöroloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology, Neurology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Multipl Skleroz farklı klinik özelliklere sahip farklı altgrupları olan, merkezi sinir sisteminin bağışıklık sistemi merkezli bir hastalığıdır. Günümüzde MS teşhisi koymak için gözden geçirilmiş McDonalds Kriterleri yaygın bir biçimde kullanılmaktadır. Ancak MS diğer sinir sistemi hastalıklarıyla karıştırılabilmektedir. Ayrıca, hastalığın prognozunu tayin etmekte kullanılan geçerli bir kriter listesi yoktur.Bu çalışma TAU, GFAP, NFL ve MOG proteinlerini ve klinik verileri kullanarak MS'in farklı klinik alttiplerinin sınıflandırılmasına odaklanmaktadır. Bu çalışmada yapılması amaçlananlar aşağıdaki şekilde özetlenebilir:?MS örnekleri, CIS örnekleri ve kontrol grubu arasında farklı aday proteinlerin ve klinik veri örüntülerinin araştırılması,?MS'in farklı klinik alttiplerinin protein verileri kullanılarak sınıflandırılabileceğinin gösterilmesi,?CIS'dan kesin MS'e geçişin (prognoz) tahmin edilmesi. Bu çalışma, bu tahminle MS'in prognozunun protein verileri ve klinik veriler kullanılarak tahmin edilebileceğini göstermeyi amaçlamaktadır.Bu çalışmada 67 RRMS, 46 CIS, 22 PPMS ve 22 kontrol (MS olmayan) örneğinin protein ve klinik verileri incelenmiştir. Bu çalışma için kullanılan protein verileri, hastaların BOS örneklerinden elde edilmiştir. Hastaların BOS örnekleri bir ataktan sonraki 3 gün içinde lomber ponksiyon (LP) yöntemiyle elde edilmiştir. LP ilaç kullanımından önce gerçekleştirilmiştir. Örneklerin TAU, GFAP, NFL, MOG ve MBP protein konsantrasyonları Western Blot yöntemiyle tayin edilmiştir. Protein bantları densitometre kullanılarak taranmıştır ve taranan protein bantları, niceliksel bir ölçüm elde edilebilmesi için ImageJ programı ile analiz edilmiştir. Protein miktarları kolorimetrik birim (CU) olarak elde edilmiştir. CU protein bant konsantrasyonunun yoğunluğunu gösteren ve 0 ile 255 arasında değer alan bir sayısal değerdir. Analiz edilmiş değerler yüklenen toplam protein konsantrasyonuna göre doğrusallaştırılmış ve normalize edilmiştir. Tüm proteinler aynı prosedür kullanılarak taranmış ve analiz edilmiştir. ANOVA gibi klasik istatistiksel analizler sonucunda TAU, GFAP, NFL ve MOG protein seviyelerinin farklı alttipler ve kontrol örnekleri arasında anlamlı bir farklılık gösterdiği bulunmuştur (p
Özet (Çeviri)
Multiple sclerosis(MS) is an immune-mediated disease of the central nervous system (CNS) with heterogeneous clinical presentation and course. Today, revised McDonald?s criteria is the gold standard for MS diagnosis. MS can be confused with other neurological diseases. Moreover, there is no absolute criteria for the prediction of prognosis of the disease.This study focuses on the classification of different clinical subtypes of MS using TAU,GFAP,NFL and MOG proteins and clinical data. The aim of this study are summarized as follows:?To investigate different candidate protein and clinical data patterns among the MS subtypes, CIS samples and control samples.?To show that clinical subtypes of MS can be classified using protein data and clinical data.?To predict the transition between CIS and MS. This study aims to show that the prognosis of MS can be predicted using protein and clinical data.Protein findings and clinical data of 67 Relapsing Remitting MS (RRMS), 46 Clinically Isolated Syndrome (CIS), 22 Primary Progressive MS (PPMS) patients and 22 control subjects were analyzed in this study. CSFs of patients were collected by lumbar puncture (LP) within 3 days of an acute attack. LP was performed before the medication. TAU,GFAP,NFL, MOG and MBP protein concentrations of samples were determined by Western Blot analysis. Protein bands were scanned by using densitometer and scanned protein bands were analyzed by using ImageJ analysis software to obtain quantitative measurement [1]. Quantities of proteins were taken as colorimetric unit (CU). CU is a numerical value showing the insensitivity of protein band concentration, ranged between 0 (most) and 255 (least). Analyzed values were linearized and normalized due to loaded total protein concentration. All samples were scanned and analyzed with the same standard procedure. After classical statistical analysis such as ANOVA, TAU,GFAP, NFL and MOG protein results found to be significantly different among subtypes and control samples (p
Benzer Tezler
- Multi-omics data integration in the prediction of potential biomarkers and therapeutics in human cancers
Kanserlerde potansiyel biyobelirteç ve terapötiklerin tahmininde çoklu omik verilerin entegrasyonu
GİZEM GÜLFİDAN YILDIZ
Doktora
İngilizce
2024
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARGA
DOÇ. DR. BESTE TURANLI
- Developing a label propagation approach for cancer subtype identification problem
Kanser alt tipi tanımlama problemi için bir etiket yayma yaklaşımı geliştirme
PINAR GÜNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiElektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU GÜNGÖR
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA COŞKUN
- Metaplastik meme karsinomlarında kök hücre belirteçleri (ALDH1, CD44, CD24) ve hücreler arası sıkı bağlantı proteinlerinin (CllAUDİN 3, claudin 4 ve claudin 7) ekspresyonlarının tanı, prognoz ve moleküler alt tipler ile ilişkisi
Correlations between expressions of stem cell markers (aldh1, CD44, CD24), tight junction proteins (claudin 3, claudin 4, claudin 7) and diagnosis, prognosis and molaculary subtypes of metaplastic carcinomas
ONUR GÖNÜLLÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Patolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN RIDVAN İLHAN
- Folliküler lenfomada tümör hücresi ve mikroçevre ilişkisinin immünfenotipik değerlendirilmesi
Evaluation immunophenotypically of relations between tumor cells and their microenvironment in follicular lymphoma
NURTEN BAŞEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
OnkolojiÇukurova Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERKSOY ŞAHİN
- Akut lösemi hastalarında 'Zinc Finger Protein 384' (ZNF384) geni füzyonlarının tespiti
Determination of 384 Zinc Finger Protein (ZNF384) gene fusions in acute leukemia patients
TUĞÇE SUDUTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜGE SAYİTOĞLU
DR. YÜCEL ERBİLGİN