Geri Dön

A tabu search approach for the nuclear magnetic resonance protein structure based assignment problem

Nükleer manyetik rezonans protein yapı tabanlı atama problemine tabu arama yaklaşımı

PDF İndir

  1. Tez No: 309308
  2. Yazar: GİZEM ÇAVUŞLAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BÜLENT ÇATAY, YRD. DOÇ. DR. MEHMET SERKAN APAYDIN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Endüstri ve Endüstri Mühendisliği, Industrial and Industrial Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 46

Özet

Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) spektroskopi, belirli atomların manyetik özelliklerindenyararlanarak protein yapısının çözelti içinde çalışılmasını sağlayan deneysel bir yöntemdir.NMR çalışmalarında en büyük engel, NMR tepelerini karşılık gelen atomlara atamaproblemidir. Yapı Tabanlı Atama (YTA), bu hesaplama açısından zorlu problemi, benzerbir proteinden elde edilen bilgiyi kullanarak çözme yaklaşımıdır. [17]'de YTA problemiNükleer Vektör Değiştirme (NVD) [29] çerçevesinde ikili tam sayı programlama problemi(NVD-ITP) olarak modellenmiştir. Bu çalışmada, verilen problemin NP-zor olduğunu ispatlayıp,bu problemi verimli çözmek için yönlendirilmiş bir karıştırma mekanizmalı tabu aramasezgiseli (NVD-TA) öneriyoruz. NVD-TA'da, NVD-ITP modelindeki Nükleer OverhauserEtkisi kısıtlarının amaç işlevinde cezalandırılmasıyla elde edilen, NVD-ITB modelinin ikincidereceden ceza gevşetilmesi kullanılmaktadır. Deneysel sonuçlar, algoritmamızın NVDITB'nin25 kalıp 7 hedef proteinden oluşan (31 - 126 amino aside sahip) veri kümesi içinen iyi sonucu verdiğini göstermektedir. Ayrıca, NVD-ITB'nin çözemediği iki büyük proteindenbiri olan MBP için 91%, diğeri olan EIN icin 41% doğrulukta (sırasıyla 348 ve 243amino asitli) doğrulukta sonuçlar vermektedir. Çalıştırılabilir yazılım dosyası ve giriş verilerihttp://people.sabanciuniv.edu/catay/NVR-TS/NVR-TS.html adresinden elde edilebilir.

Özet (Çeviri)

Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Spectroscopy is an experimental technique whichexploits the magnetic properties of specific nuclei and enables the study of proteins in solution.The key bottleneck of NMR studies is to map the NMR peaks to correspondingnuclei, also known as the assignment problem. Structure Based Assignment (SBA) is an approachto solve this computationally challenging problem by using prior information aboutthe protein obtained from a homologous structure. [17] used the Nuclear Vector Replacement(NVR) [29] framework to model SBA as a binary integer programming problem (NVR-BIP).In this thesis, we prove that this problem is NP-hard and propose a tabu search algorithm(NVR-TS) equipped with a guided perturbation mechanism to efficiently solve it. NVR-TSuses a quadratic penalty relaxation of NVR-BIP where the violations in the Nuclear OverhauserEffect constraints are penalized in the objective function. Experimental results indicatethat our algorithm finds the optimal solution on NVR-BIP?s data set which consists of 7proteins with 25 templates (31 to 126 residues). Furthermore, for two additional large proteins,MBP and EIN (348 and 243 residues, respectively) which NVR-BIP failed to solve, itachieves 91% and 41% assignment accuracies. The executable and the input files are availablefor download at http://people.sabanciuniv.edu/catay/NVR-TS/NVR-TS.html.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    394260

    Automating the usage of unambiguous noes in nuclear vector replacement for NMR protein structure-based assignments

    NMR protein yapı tabanlı atama problemi için belirli noeleri nükleer vektör değiştirmede kullanımını otomatikleştirme

    MURODZHON AKHMEDOV

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyoistatistikSabancı Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BÜLENT ÇATAY

    YRD. DOÇ. DR. MEHMET SERKAN APAYDIN

  2. Tez No

    405974

    Bölünmüş dağıtıma sahip araç rotalama problemleri için çözüm yaklaşımı ve bir uygulama

    Solution approach for the split delivery vehicle routing problem and an application

    ZEYNEP İDİL ERZURUM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiAnadolu Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ILGIN ACAR

  3. Tez No

    371726

    An approach for improving energy efficiency in a commercial building with learning consideration and availability constraints

    Öğrenme etkileri ve uygunluk kısıtları olan ortamda ticari binaların enerji verimliliğini arttırmaya yönelik bir yaklaşım

    CİHAN TUĞRUL ÇİÇEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    EnerjiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Yöneylem Araştırması Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATMA SEDEF MERAL

  4. Tez No

    575696

    Havacılık sektöründe ikram yükleme planlarının ve ikram yükleme lokasyonlarının optimizasyonu

    Optimizing onboard catering loading locations and plans for airlines

    SEREN BİLGE YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiTOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EDA YÜCEL

  5. Tez No

    371569

    Survivable virtual topology design in optical WDM networks using nature-inspired algorithms

    Doğa esinli algoritmalar kullanarak optik WDM ağlarda hataya bağışık sanal topoloji tasarlama

    FATMA CORUT ERGİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞEGÜL YAYIMLI

    DOÇ. DR. ŞİMA UYAR

Geri Dön