Protein engineering of rhizopus oryzae lipase for improved thermostability
Rhızopus oryzae lipazının sıcaklık dayanıklılığının protein mühendisliği ile geliştirilmesi
- Tez No: 309437
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UGUR SEZERMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 169
Özet
Protein mühedisliği yapı-fonksiyon ilişkisini anlamak için kullanılan araçları temin eder ve bu ilişkiyi yöneten kuralları ortaya çıkarır. Enzimler muhtelif birçok reaksiyon katalizasyonunda rol alırlar ve tekstil endüstrisiden ilaç endüstrisine kadar geniş bir dizi uygulamada kullanılırlar. Günümüzde biyoteknoloji endüstrisinin en önemli konularından biri kimyasalların yerini enzimlerin almasını odaklamaktadır. Özellikle lipazların bu tür işlemlerde büyük önemleri vardır. Fakat mevcut aktif lipazlar endüstriyel uygulamaların gerektirdiği olağandışı koşullarda örnekle yüksek sıcaklık ve aşırı pH koşularında fonksiyon kaybı göstermektedirler. Bu nedenle bu tez çalışmasında Rhizopus oryzae lipazının yüksek sıcaklıkta kararlı hale getirilmesini ve bu sırada aktivitesini korumasını sağlayarak termokararlığı üstüne kurallar çkarılmasına yoğunlaşılmıştır. Öncelikle yararlı nokta mutasyonları tahmin eden hesaplamaya dayalı bir analiz içeren protokol geliştirilmiş ve tahmin edilen mutasyonların etkileri in silico analiz edilmiştir. Daha sonra bu tahminleri doğrulamak amacı ile mutant proteinler önce gen seviyesinde klonlanmış, ekpress edilmiş ve ardından saflaştırılmıştır. Sonucunda Rhizopus oryzae lipazindaki P195G mutasyonun proteinin tabi haline kıyasla yüksek sıcaklıkta aktivitede yüzde 80.5 daha fazla muhafaza sağladığı gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Protein engineering provides tools for understanding the structure function relationship and deduces the rules governing this relationship. Enzymes catalyze several types of reactions and have wide range of applications ranging from the textile industry to the pharmaceutical industry. Today one of the most important topics in biotechnology industry focus on replacing chemicals with enzymes accordingly turning all the industrial processes into green industry. Especially lipases have great importance in such processes. Unfortunately currently available active lipases do not function well under the harsh industrial conditions such as high temperature and extreme pH. In this thesis I have focused on the thermostability of Rhizopus oryzae lipase and tried to deduce the rules that make it stable at high temperatures while preserving their activity. I have developed a protocol involving the computational analysis predicting beneficial point mutations, and analyzed the effects of predicted mutations in silico. I have cloned, expressed and purified the mutant proteins to verify the predictions. I showed that the P195G mutation in Rhizopus oryzae lipase sustained 80.5 percent of the activity at high temperatures in comparison to the native lipase.
Benzer Tezler
- Bazı küflerin fındıkta lipolitik aktivitesinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
LEYLA SARIYAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK HEPERKAN
- Geobacillus kaustophilus alfa-glukuronidaz enziminin in-siliko yaklaşımlar ile protein mühendisliğinin gerçekleştirilmesi
Protein engineering of Geobacillus kaustophilus alfa-glucuronidase enzyme by in-silico approaches
ELİF ALTUNKÜLAH
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikKafkas ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUNUS ENSARİ
- Protein engineering of toluene monooxygenases for biotechnology applications
Toluene monooksijenaz enzimlerinin biyoteknoloji alanlarında kullanılmaları için protein mühendisliği teknikleri uygulanması
KÜBRA CANSU YILDIRIM
Doktora
İngilizce
2017
Biyomühendislikİstanbul ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA
- Küçük organik moleküllerin biyotransformasyonununu katalizleyen enzimlerin mühendisliği için yeni bir strateji: rıboswıtch-eşlenmiş tarama platformu
A novel strategy for engineering of enzymes for the catalysis of small organic molecule biotransformation: riboswitch-coupled screening platform
BURHAN BORA
- Protein engineering studies on Bacillus thermocatenulatus lipase
Bacillus thermocatenulatus lipazı üzerine protein mühendisliği çalışmaları
EMEL DURMAZ
Doktora
İngilizce
2012
BiyokimyaSabancı ÜniversitesiMühendislik Bilimleri Bölümü
DOÇ. DR. UĞUR O. SEZERMAN