Geri Dön

Laktik asit bakterilerinde tür içi ve türler arası ayrımda 16S-23s rDNA ISR-RFLP tekniğinin değerlendirilmesi

Evaluation of 16S-23s rDNA intergenic spacer region ISR-RFLP for inter and intraspecific differentiation of lactic acid bacteria

  1. Tez No: 311949
  2. Yazar: BİLGE ÇETİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 171

Özet

Laktik asit bakterilerinin (LAB) endüstriyel uygulamaları düşünüldüğünde, araştırmaların en temel amacı kullanılabilecek olan LAB suşlarının seçimidir. Suş bazında güvenilir tiplendirme yöntemleri hem LAB starter kültürlerin performanslarının incelenmesinde hem de fonksiyonel gıda ürünlerinde katkı maddesi olarak kullanılacak olan kültürlerin incelenmesinde önem kazanmaktadır. Bu nedenle, herhangi bir suşun spesifik ve belirgin olarak ayrımını sağlayan güvenilir yöntemlerin uygulanması oldukça önemlidir. Günümüzde, LAB tanımlama/tiplendirme çalışmaları ilgi odağı olan fenotipik yöntemlerden daha kesin ve hassas sonuçlar veren moleküler yöntemlere (genotipik) doğru kaymıştır.Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi Mikrobiyal Genetik laboratuarımızdaki kültür koleksiyonunda mevcut bulunan Laktik Asit Bakterilerine ait 144 adet suşun tanımlanması daha önceki çalışmalarda fenotipik testlerin kullanımı ile yapılmıştır. Çalışmamızda, bu 144 adet suşun tür/tür içi ayrımında 16S-23S ISR (intergenic spacer region) RFLP tekniğinin taksonomik potansiyelinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmamızda; 16S-23S ISR (intergenic spacer region) gen bölgesi evrensel primerlerin kullanımı ile amplifiye edilerek değişik restriksiyon endonükleazların kullanımı ile RFLP analizine tabi tutulmuştur. Bant paternlerine ait görüntüler daha ileriki analizlerde kullanılmak üzere GelCompar II, Version 4,1 (AppliedMath) bilgisayar yazılım programına aktarılmıştır. Bantların arasındaki benzerlik ise ?Dice product moment correlation coefficient? ile ifade edilip % değerine dönüştürüldükten sonra UPGMA (unweighted pair group method using arithmetic averages) analizi ile gruplandırma işlemi yapılmış ve neticede türler/suşlar arasındaki genetik benzerlik dendogram olarak gösterilmiştir. Grupları birbirinden ayırt etmek için korelasyon katsayısı %90 olarak belirlenmiştir. Kullanmış olduğumuz restriksiyon enzimlerine bağlı olarak tür/suş seviyesinde birbirleri ile oldukça yakın ilişkide bulunan LAB suşlarının ayrımında bu tekniğin ayrım gücü kısmen başarılı bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

As far as industrial applications of Lactic acid bacteria (LAB) are concerned, the aim of the researches is choosing the LAB strain which can be used. Reliable methods for identification and characterization of bacterial strains belonging to LAB are great interest in food industry in the study of the performance of LAB starter cultures and cultures used as additives in functional food type products as well as in fields of applied microbiology. Therefore, application of reliable methods on spesific and distinct discrimination of any strain is rather important. Nowadays, the main focus for the identification/tying of LAB has moved from phenotypic to genotypic methods as they yield more sensitive and accurate results.In our lab culture collection(Ankara University, Faculty of Science, Microbial Genetic Laboratory), we have 144 strains of LAB, the identification of which were previously carried out by phenotypic classification. It is the aim of this study to determine the taxonomic potential of 16S-23S ISR (intergenic spacer region) RFLP techniques in discrimination of 144 strains belonging to LAB at the species and the intra-species level. In our study; by use of universal primer sets, 16S-23S rDNA spacer regions (ISR) were amplified and the resultant amplicons were used in ISR RFLP analysis by use of several restriction endonucleases. These band patterns were exported into the AppliedMath GelCompare II, Version 4.1 software for further analysis. Calculation of similarities in the profiles of bands was based on Dice product-moment correlation coefficient (r) for 16S ARDRA. The UPGMA clustering algorithm was used to generate a dendogram. A coefficient of correlation of 90 % was selected to distinguish the clusters for 16S-23S rDNA ISR and RFLP. Depending on the restriction enzymes used throughout the studies, the result of the study demonstrated the slightly discrimination of these techniques towards the differentiation of related LAB strains on species and strains levels.

Benzer Tezler

  1. Laktik asit bakterilerinde tür içi ve türler arası ayrımda 16S-ARDRA tekniğinin değerlendirilmesi

    Evaluation of 16S-ARDRA for inter and intraspecific differentiation of lactic acid bacteria

    BAŞAK ORAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU

  2. Molecular evolution and population genetics of acid resistant pathway glutamate decarboxylase in lactic acid bacteria

    Laktik asit bakterilerinde aside dirençli yol glutamat dekarboksilazın moleküler evrimi ve populasyon genetiği

    BURCU TEKİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EFE SEZGİN

  3. Laktik asit bakterilerine (LAB) ait bazı suşların RAPD-PCR (rastgele çoğaltılmış polimorfik dna- polimeraz zincir reaksiyonu) ile karakterizasyonu ve genetik çeşitliliğin incelenmesi

    Characterization of some strains of lactic acid bacteria by RAPD-PCR (randomly amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction) and investigation of their genetic diversity

    DUYGU AKKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU

  4. Siyez buğdayı ve kavuzsuz arpa ekşi hamurlarından laktik asit bakterileri ve mayaların izolasyonu ve karakterizasyonu

    Isolation and characterization of lactic acid bacteria and yeast from einkorn wheat and hull-less barley sourdough

    ELİF ÇAKIR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Gıda MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMET ARICI

    DOÇ. DR. MUHAMMED ZEKİ DURAK

  5. Kuru incirlerde küf florası ve aflatoksigenik küflerin saptanması

    Başlık çevirisi yok

    SİBEL BÜYÜKŞİRİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL KARABOZ